More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00477 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_00477  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 211 aa  436  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0773  AraC family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 237 aa  145  5e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 263 aa  88.2  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0868  transcriptional regulator, AraC family  37.96 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.670337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  36.28 
 
 		 315 aa  76.6  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54190  proline utilization regulator  28.08 
 
 		 250 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0889  transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 		 239 aa  74.7  0.0000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 249 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0920  AraC family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 313 aa  73.9  0.000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0175793  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 327 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4739  proline utilization regulator  27.59 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0308  transcriptional regulator, AraC family  38.95 
 
 		 324 aa  72.8  0.000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0162295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3301  transcriptional regulator, AraC family  36.52 
 
 		 331 aa  72.4  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.688791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7240  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 199 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321623  normal  0.193055 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1052  transcriptional regulator, AraC family  38.24 
 
 		 314 aa  69.3  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2685  normal  0.950103 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0667  putative transcriptional regulator  42.53 
 
 		 303 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  35.64 
 
 		 289 aa  68.9  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5187  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 317 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2895  AraC family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 325 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.130917  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2748  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 275 aa  68.2  0.00000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.195621  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 248 aa  68.2  0.00000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  33.94 
 
 		 303 aa  67  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  35.64 
 
 		 289 aa  67  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1711  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 307 aa  67  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1065  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 306 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.261016  normal  0.339627 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 309 aa  66.6  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07340  putative transcriptional regulator  43.53 
 
 		 303 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4422  transcriptional regulator, AraC family  32.19 
 
 		 327 aa  66.6  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.465856  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1482  transcriptional regulator, AraC family  31.4 
 
 		 345 aa  66.6  0.0000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 305 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0074  transcriptional regulator, AraC family protein  37.89 
 
 		 289 aa  65.5  0.0000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28970  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 310 aa  65.1  0.0000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91786  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2769  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 297 aa  65.1  0.0000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424718 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3823  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 309 aa  65.1  0.0000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1039  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 320 aa  64.7  0.0000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00683379  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1055  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 320 aa  64.7  0.0000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.300458 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 317 aa  63.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 309 aa  64.3  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5642  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 308 aa  64.3  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5242  helix-turn-helix domain-containing protein  34.31 
 
 		 302 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4375  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 348 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5663  transcriptional regulator, AraC family  34.86 
 
 		 333 aa  64.7  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3991  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 348 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  32.11 
 
 		 305 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0661  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 325 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.260355  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1722  two component AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 508 aa  63.5  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1223  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 284 aa  63.5  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0726394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1012  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 345 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 319 aa  63.9  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0219  helix-turn-helix domain-containing protein  34.38 
 
 		 293 aa  63.9  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.882333  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4017  transcriptional regulator, AraC family  33.59 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1432  transcriptional regulator, AraC family  36.96 
 
 		 387 aa  63.2  0.000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.185359  normal  0.618503 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 322 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0886  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 332 aa  63.2  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  30.63 
 
 		 331 aa  62.8  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 302 aa  63.2  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 333 aa  62.8  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2492  transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 		 322 aa  62.8  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5544  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 463 aa  62.4  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.258636  normal  0.142482 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1714  AraC-type transcriptional regulator-like protein  37.89 
 
 		 289 aa  62.8  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00197834  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 314 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4424  transcriptional regulator, AraC family  29.53 
 
 		 337 aa  62.8  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.353998  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3360  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 325 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5280  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 305 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5007  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 325 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 311 aa  62.8  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  32.67 
 
 		 289 aa  62.4  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0074  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 168 aa  62.4  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 353 aa  62.4  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  36.79 
 
 		 337 aa  62.4  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  33.66 
 
 		 306 aa  62.4  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0082  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 168 aa  62.4  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3826  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 307 aa  62  0.000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.753921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 214 aa  62  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2618  hypothetical protein  25.69 
 
 		 251 aa  61.6  0.000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1770  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 320 aa  61.6  0.000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  33.64 
 
 		 327 aa  61.6  0.000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0527  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 		 318 aa  61.6  0.000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4938  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  61.6  0.000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4420  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 325 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.863458  hitchhiker  0.00323313 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0071  AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 288 aa  61.6  0.000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3533  AraC family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 348 aa  61.6  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0910  HTH-type transcription regulator, AraC-family  30.39 
 
 		 298 aa  61.6  0.000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.576456  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2470  hypothetical protein  26.13 
 
 		 251 aa  61.2  0.00000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  30.91 
 
 		 325 aa  61.2  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 293 aa  60.8  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 291 aa  61.2  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2360  AraC-like transcriptional regulator  33.68 
 
 		 310 aa  61.2  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3619  histidine kinase  33.33 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.499169  normal  0.14127 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1095  transcriptional regulator, AraC-family  35.42 
 
 		 294 aa  61.2  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 312 aa  60.8  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 326 aa  60.5  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0083  transcriptional regulator, AraC family  25.79 
 
 		 240 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  28.76 
 
 		 324 aa  60.1  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>