More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3823 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3823  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 309 aa  630  1e-180  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5642  transcriptional regulator, AraC family  82.85 
 
 		 308 aa  529  1e-149  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3826  AraC family transcriptional regulator  68.28 
 
 		 307 aa  444  1e-123  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.753921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0009  helix-turn-helix- domain containing protein  34.75 
 
 		 315 aa  197  3e-49  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 337 aa  73.9  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.7 
 
 		 310 aa  70.9  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  26.71 
 
 		 310 aa  70.5  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1909  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31.11 
 
 		 314 aa  70.5  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31.11 
 
 		 316 aa  70.1  0.00000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9084  transcriptional regulator AraC family  26.67 
 
 		 315 aa  69.7  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2890  transcriptional regulator, AraC family  28.64 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.178075  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2452  two component transcriptional regulator, AraC family  28.14 
 
 		 509 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0693402  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2264  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31.06 
 
 		 310 aa  67  0.0000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  34.41 
 
 		 286 aa  67  0.0000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2248  DNA-binding transcriptional regulator AraC  36.11 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000211757 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  36.79 
 
 		 332 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29140  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  30.77 
 
 		 279 aa  66.2  0.0000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2562  transcriptional regulator, AraC family  27.81 
 
 		 306 aa  65.9  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0914693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1890  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 310 aa  65.5  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 327 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1996  DNA-binding transcriptional regulator AraC  35.92 
 
 		 310 aa  65.5  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1882  DNA-binding transcriptional regulator AraC  35.92 
 
 		 310 aa  65.5  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00477  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  33.98 
 
 		 211 aa  65.1  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  31.07 
 
 		 180 aa  64.3  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2056  AraC family DNA-binding response regulator  31.53 
 
 		 507 aa  64.3  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  32.94 
 
 		 160 aa  65.1  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  26.75 
 
 		 346 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  24.06 
 
 		 318 aa  63.9  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 311 aa  63.5  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1856  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 320 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.922042  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 440 aa  63.2  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 285 aa  63.5  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  33.71 
 
 		 305 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  29.45 
 
 		 331 aa  63.2  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 143 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5187  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 317 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0423  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 331 aa  62.8  0.000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  25.13 
 
 		 309 aa  62.8  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  27.05 
 
 		 320 aa  62.8  0.000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 316 aa  62.4  0.000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1518  transcriptional regulator, AraC family  25.43 
 
 		 288 aa  62.4  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 317 aa  62.4  0.000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0308  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 324 aa  62.4  0.000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0162295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  24.81 
 
 		 327 aa  62.4  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 296 aa  62  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 361 aa  62  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2990  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  62  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  33.68 
 
 		 303 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  23.26 
 
 		 324 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2356  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 296 aa  61.2  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 291 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3586  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.67 
 
 		 294 aa  61.6  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.700608 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 311 aa  61.2  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 306 aa  61.6  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 289 aa  61.6  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 533 aa  61.2  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2556  AraC-like transcriptional regulator  30.85 
 
 		 297 aa  60.8  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.496188  normal  0.238367 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0147  two component transcriptional regulator, AraC family  30.58 
 
 		 525 aa  60.8  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4889  two component AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 288 aa  60.5  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  hitchhiker  0.00503781 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  30.15 
 
 		 318 aa  60.8  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 304 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  23.2 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4475  AraC-like transcriptional regulator  25 
 
 		 297 aa  60.5  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000020415 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1334  putative transcriptional regulator  29.57 
 
 		 317 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2344  AraC family DNA-binding response regulator  29.73 
 
 		 507 aa  60.8  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.627636  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 291 aa  60.5  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  34.41 
 
 		 298 aa  60.1  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2506  transcriptional regulator, AraC family  23.08 
 
 		 303 aa  60.1  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.707887  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3104  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 282 aa  60.5  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  36.47 
 
 		 349 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  27.54 
 
 		 331 aa  60.1  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 276 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  22.11 
 
 		 333 aa  60.1  0.00000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2564  AraC family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 349 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.972599 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 312 aa  60.1  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0555  AraC family DNA-binding response regulator  27.91 
 
 		 529 aa  60.1  0.00000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0345  helix-turn-helix domain-containing protein  28.03 
 
 		 305 aa  60.1  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  24.1 
 
 		 300 aa  59.7  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0928  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 766 aa  59.7  0.00000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.197774  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1072  AraC family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 316 aa  59.3  0.00000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 309 aa  59.3  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  36.96 
 
 		 250 aa  59.3  0.00000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0539  AraC family DNA-binding response regulator  28.12 
 
 		 529 aa  59.7  0.00000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  30.11 
 
 		 291 aa  59.3  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2183  transcriptional regulator, AraC family  22.81 
 
 		 297 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 336 aa  59.3  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  27.69 
 
 		 1344 aa  59.3  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1223  transcriptional regulator, AraC family  27.69 
 
 		 284 aa  59.3  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0726394  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  25 
 
 		 307 aa  59.3  0.00000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2634  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.32 
 
 		 294 aa  59.3  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 290 aa  59.3  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 356 aa  58.9  0.00000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 311 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  27.5 
 
 		 328 aa  58.5  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1407  transcriptional regulator, AraC family  21.43 
 
 		 320 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.51399  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>