More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_5642 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_5642  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
308 aa  630  1e-180  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3823  transcriptional regulator, AraC family  82.85 
 
 
309 aa  529  1e-149  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3826  AraC family transcriptional regulator  68.83 
 
 
307 aa  441  9.999999999999999e-123  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.753921  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0009  helix-turn-helix- domain containing protein  35.5 
 
 
315 aa  199  3.9999999999999996e-50  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.94 
 
 
310 aa  69.7  0.00000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1909  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.34 
 
 
314 aa  68.6  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  37.04 
 
 
310 aa  68.2  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 
286 aa  68.2  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31.11 
 
 
316 aa  67.4  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  36.79 
 
 
332 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  26.7 
 
 
440 aa  65.9  0.0000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29140  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  31.07 
 
 
279 aa  65.9  0.0000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  24.55 
 
 
327 aa  65.1  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2248  DNA-binding transcriptional regulator AraC  36.11 
 
 
305 aa  64.7  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000211757 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4889  two component AraC family transcriptional regulator  28.38 
 
 
288 aa  65.1  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  hitchhiker  0.00503781 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  24.62 
 
 
337 aa  64.3  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2890  transcriptional regulator, AraC family  31.45 
 
 
300 aa  64.3  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.178075  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2264  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.81 
 
 
310 aa  65.1  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2990  transcriptional regulator  25.72 
 
 
320 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1518  transcriptional regulator, AraC family  30.17 
 
 
288 aa  63.9  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 
311 aa  64.3  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00477  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  33.01 
 
 
211 aa  64.3  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1996  DNA-binding transcriptional regulator AraC  35.92 
 
 
310 aa  63.5  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1882  DNA-binding transcriptional regulator AraC  35.92 
 
 
310 aa  63.5  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1856  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 
320 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.922042  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0389  helix-turn-helix domain-containing protein  25.54 
 
 
308 aa  63.5  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.813465  normal  0.450006 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 
327 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  32.56 
 
 
160 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1890  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 
310 aa  62  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 
304 aa  62.4  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  34.26 
 
 
336 aa  62  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5187  AraC family transcriptional regulator  29.19 
 
 
317 aa  62  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3360  AraC family transcriptional regulator  23.71 
 
 
325 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2056  AraC family DNA-binding response regulator  28.19 
 
 
507 aa  62  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9084  transcriptional regulator AraC family  26.15 
 
 
315 aa  62  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5007  AraC family transcriptional regulator  23.71 
 
 
325 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  33.68 
 
 
303 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  40.7 
 
 
533 aa  61.2  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2356  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 
296 aa  61.6  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0928  AraC family transcriptional regulator  34.17 
 
 
766 aa  61.6  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.197774  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0219  helix-turn-helix domain-containing protein  29.35 
 
 
293 aa  61.2  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.882333  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4728  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 
318 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.900949 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 
333 aa  60.5  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2634  DNA-binding transcriptional regulator AraC  29.2 
 
 
294 aa  60.8  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2562  transcriptional regulator, AraC family  27.15 
 
 
306 aa  60.8  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0914693  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  28.83 
 
 
292 aa  60.5  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1334  putative transcriptional regulator  29.57 
 
 
317 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 
143 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 
275 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 
301 aa  60.5  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 
334 aa  60.5  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  25.14 
 
 
309 aa  60.5  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  25.6 
 
 
312 aa  60.1  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3104  AraC family transcriptional regulator  34.18 
 
 
282 aa  60.5  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 
285 aa  60.1  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 
306 aa  60.5  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  23.13 
 
 
356 aa  60.5  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0147  two component transcriptional regulator, AraC family  29.75 
 
 
525 aa  60.1  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  24.56 
 
 
214 aa  60.1  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5280  AraC family transcriptional regulator  23.57 
 
 
305 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910974  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2344  AraC family DNA-binding response regulator  27.52 
 
 
507 aa  59.7  0.00000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.627636  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  26.35 
 
 
300 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 
289 aa  60.1  0.00000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 
291 aa  59.7  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  24.47 
 
 
299 aa  59.7  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 
290 aa  59.3  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  24.12 
 
 
307 aa  59.3  0.00000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 
300 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  33.01 
 
 
289 aa  59.3  0.00000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18110  transcriptional regulator MmsR  31.96 
 
 
307 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 
305 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 
316 aa  59.3  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  25.93 
 
 
324 aa  59.3  0.00000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  32 
 
 
356 aa  59.3  0.00000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0543  AraC family transcriptional regulator  20.62 
 
 
285 aa  59.3  0.00000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0588  AraC family transcriptional regulator  20.62 
 
 
285 aa  59.3  0.00000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  27.48 
 
 
296 aa  58.9  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6170  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 
318 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396266 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  36.47 
 
 
349 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28 
 
 
360 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  34.04 
 
 
331 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1532  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 
340 aa  58.9  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.580066  normal  0.737753 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  24.68 
 
 
331 aa  58.5  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 
359 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  30.1 
 
 
180 aa  58.9  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  30.26 
 
 
311 aa  58.5  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 
330 aa  58.5  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 
248 aa  58.5  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  20.73 
 
 
318 aa  58.5  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2748  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
275 aa  58.2  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.195621  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  26.51 
 
 
317 aa  57.8  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 
312 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  34.74 
 
 
1201 aa  58.2  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 
298 aa  57.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4475  transcriptional regulator  27.86 
 
 
311 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00072916 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 
331 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 
309 aa  58.2  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  30.61 
 
 
334 aa  57.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07340  putative transcriptional regulator  40 
 
 
303 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 
346 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>