More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_3330 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  51.35 
 
 
847 aa  769  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  100 
 
 
896 aa  1758  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  40 
 
 
871 aa  586  1e-166  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  35.43 
 
 
896 aa  582  1e-164  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  40.15 
 
 
872 aa  580  1e-164  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  35.51 
 
 
877 aa  536  1e-151  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  34.36 
 
 
855 aa  535  1e-150  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  35.56 
 
 
902 aa  522  1e-146  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  35.18 
 
 
861 aa  516  1e-145  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  37.18 
 
 
851 aa  496  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  36.56 
 
 
866 aa  481  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  31.79 
 
 
815 aa  474  1e-132  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  37.94 
 
 
837 aa  470  1e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  36.46 
 
 
863 aa  466  1e-130  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  34.18 
 
 
864 aa  466  1e-130  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  35.8 
 
 
867 aa  463  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  35.9 
 
 
845 aa  462  1e-128  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  37.02 
 
 
856 aa  457  1e-127  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  34 
 
 
853 aa  456  1e-127  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  35.5 
 
 
881 aa  453  1e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  35.13 
 
 
883 aa  454  1e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  36.81 
 
 
888 aa  449  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  36.46 
 
 
927 aa  449  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  36.27 
 
 
886 aa  447  1e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  34.54 
 
 
834 aa  445  1e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  38.93 
 
 
846 aa  443  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  36.19 
 
 
932 aa  441  1e-122  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  34.55 
 
 
847 aa  441  1e-122  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  34.22 
 
 
940 aa  441  1e-122  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  35.05 
 
 
882 aa  439  1e-122  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  36.13 
 
 
913 aa  440  1e-122  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  34.48 
 
 
833 aa  440  1e-122  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  33.59 
 
 
848 aa  439  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  35.89 
 
 
822 aa  438  1e-121  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  35.75 
 
 
837 aa  435  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  decreased coverage  5.43878e-06 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  36.74 
 
 
927 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  33.51 
 
 
893 aa  435  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  34.19 
 
 
882 aa  436  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  36.04 
 
 
936 aa  429  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  34.85 
 
 
825 aa  431  1e-119  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  3.59668e-09 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  37.1 
 
 
868 aa  432  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  34.14 
 
 
833 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  35.83 
 
 
949 aa  432  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  36.04 
 
 
936 aa  430  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  36.74 
 
 
868 aa  431  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  33.48 
 
 
843 aa  427  1e-118  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  35.1 
 
 
954 aa  424  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  36 
 
 
901 aa  425  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  35.51 
 
 
832 aa  425  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  32.56 
 
 
813 aa  424  1e-117  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  34.03 
 
 
845 aa  422  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  34.76 
 
 
833 aa  422  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  33.65 
 
 
900 aa  419  1e-115  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  35.01 
 
 
911 aa  416  1e-115  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  35.06 
 
 
871 aa  418  1e-115  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  34.73 
 
 
895 aa  415  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  33.26 
 
 
818 aa  413  1e-114  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.09107e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  36.03 
 
 
840 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  34.34 
 
 
837 aa  404  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  34.19 
 
 
865 aa  405  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  34.6 
 
 
825 aa  405  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  35.29 
 
 
847 aa  400  1e-110  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  35.91 
 
 
817 aa  397  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  33.49 
 
 
866 aa  397  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  33.23 
 
 
914 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  33.73 
 
 
815 aa  365  2e-99  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  42.91 
 
 
534 aa  363  1e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  32.47 
 
 
646 aa  346  9e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  36.92 
 
 
684 aa  325  3e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  36.5 
 
 
658 aa  324  4e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  32.92 
 
 
658 aa  322  1e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  42.14 
 
 
846 aa  322  2e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  34.27 
 
 
656 aa  307  5e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  49.26 
 
 
737 aa  306  8e-82  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  49.5 
 
 
789 aa  304  4e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  30.83 
 
 
1001 aa  295  3e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  32.15 
 
 
644 aa  293  8e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  32.98 
 
 
914 aa  286  1e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0884  ATP dependent DNA ligase  48.37 
 
 
726 aa  276  1e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.911309  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  33.65 
 
 
918 aa  275  4e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  33.23 
 
 
939 aa  274  6e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  32.68 
 
 
930 aa  272  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  30.79 
 
 
651 aa  266  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  30.91 
 
 
657 aa  250  9e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  30.45 
 
 
651 aa  247  7e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  37.94 
 
 
847 aa  244  6e-63  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.57 
 
 
858 aa  242  2e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  35.06 
 
 
852 aa  241  5e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.36 
 
 
797 aa  238  3e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  35.62 
 
 
477 aa  233  9e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  37.76 
 
 
828 aa  233  1e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  37.25 
 
 
816 aa  231  6e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  34.27 
 
 
759 aa  230  1e-58  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  34.89 
 
 
758 aa  224  5e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  34.89 
 
 
758 aa  224  5e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  33.52 
 
 
763 aa  223  1e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.97 
 
 
778 aa  222  2e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.95 
 
 
299 aa  221  3e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  42.38 
 
 
306 aa  219  1e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  39.67 
 
 
303 aa  218  4e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>