More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3513 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3582  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  94.84 
 
 
407 aa  776  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3513  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  100 
 
 
407 aa  835  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  2.66488e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  62.76 
 
 
427 aa  542  1e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  3.81605e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3540  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  61.18 
 
 
429 aa  520  1e-146  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.0948e-15  normal 
 
 
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  57.78 
 
 
432 aa  503  1e-141  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  53.21 
 
 
430 aa  452  1e-126  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3323  WD40 domain-containing protein  52.68 
 
 
435 aa  445  1e-124  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  4.01957e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  42.96 
 
 
443 aa  370  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0133  WD40 domain protein beta Propeller  45.6 
 
 
445 aa  267  3e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0755  TolB domain-containing protein  36.08 
 
 
457 aa  263  3e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2210  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  40.12 
 
 
438 aa  254  1e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  7.69838e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0747  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  38.44 
 
 
444 aa  251  2e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  2.57607e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1910  TolB protein, putative  38.44 
 
 
440 aa  248  1e-64  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0467  TolB domain-containing protein  39.22 
 
 
450 aa  246  5e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.84052  normal  0.495381 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2161  WD40 domain protein beta Propeller  38.07 
 
 
440 aa  235  1e-60  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  4.1437e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1711  WD40 domain protein beta Propeller  37.88 
 
 
444 aa  235  1e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  7.50977e-07  decreased coverage  9.15698e-05 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0859  WD40 domain-containing protein  35.69 
 
 
442 aa  233  5e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.318178  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1279  WD40 domain-containing protein  33.1 
 
 
428 aa  229  5e-59  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0614  TolB protein, putative  34.18 
 
 
449 aa  226  4e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00377452  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  31.35 
 
 
422 aa  220  3e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  31.35 
 
 
422 aa  220  3e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0659  TolB-like protein  36.47 
 
 
434 aa  218  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.481566  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0750  WD40 domain protein beta Propeller  36.36 
 
 
441 aa  218  2e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  2.57042e-08  normal  0.0548288 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2717  translocation protein TolB  35.42 
 
 
450 aa  217  3e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.599754  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4751  translocation protein TolB  35.93 
 
 
450 aa  217  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  34.65 
 
 
434 aa  216  7e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1311  translocation protein TolB  35.74 
 
 
444 aa  216  7e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  35.47 
 
 
429 aa  215  1e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0694  TolB domain protein  36.17 
 
 
434 aa  215  1e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659148  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3512  translocation protein TolB  35.44 
 
 
450 aa  214  2e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1812  translocation protein TolB  36.05 
 
 
449 aa  214  2e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.431319  normal  0.360787 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6881  translocation protein TolB  36.05 
 
 
462 aa  214  2e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0464057 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4147  translocation protein TolB  36.25 
 
 
449 aa  214  2e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0693  TolB domain protein  36.17 
 
 
434 aa  214  2e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.180783  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  34.19 
 
 
415 aa  213  3e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  4.1462e-08  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  31.89 
 
 
441 aa  213  4e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2627  translocation protein TolB  35.74 
 
 
436 aa  213  5e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2122  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  35.74 
 
 
446 aa  213  6e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256883  normal  0.227077 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  30.33 
 
 
428 aa  211  2e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  34.25 
 
 
426 aa  210  4e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0703  TolB domain-containing protein  35.13 
 
 
437 aa  209  5e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.408363  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3056  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  33.01 
 
 
450 aa  209  7e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557578  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  32.69 
 
 
421 aa  209  9e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4427  translocation protein TolB  36.05 
 
 
441 aa  208  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.500534 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  29.41 
 
 
427 aa  208  2e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3171  translocation protein TolB  36.53 
 
 
439 aa  208  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0216692  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3200  translocation protein TolB  35.42 
 
 
435 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  33.97 
 
 
443 aa  206  5e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  33.33 
 
 
425 aa  206  7e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  33.97 
 
 
440 aa  206  7e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1094  translocation protein TolB  30.75 
 
 
443 aa  206  8e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  32.01 
 
 
451 aa  205  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1218  translocation protein TolB  34.58 
 
 
443 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.27228  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3495  translocation protein TolB  34.8 
 
 
435 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.594815  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  33.13 
 
 
428 aa  203  4e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  33.33 
 
 
438 aa  201  1e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  32.24 
 
 
435 aa  200  4e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1944  translocation protein TolB  34.3 
 
 
427 aa  199  7e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.526613 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0144  translocation protein TolB  34.94 
 
 
442 aa  199  8e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3621  translocation protein TolB  34.48 
 
 
435 aa  199  9e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  29.29 
 
 
421 aa  198  2e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3972  tolB protein  29.88 
 
 
433 aa  197  3e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0956227  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1639  translocation protein TolB  33.54 
 
 
443 aa  197  3e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1415  translocation protein TolB  29.88 
 
 
433 aa  197  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00100672  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2731  translocation protein TolB  31.96 
 
 
442 aa  196  5e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00144802  decreased coverage  4.3993e-06 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3119  translocation protein TolB  33.33 
 
 
439 aa  196  6e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1017  translocation protein TolB  34.59 
 
 
461 aa  196  7e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0328  translocation protein TolB  31.01 
 
 
454 aa  196  7e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0562  translocation protein TolB  34.42 
 
 
444 aa  196  9e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271593  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  31.35 
 
 
436 aa  195  1e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1697  translocation protein TolB  33.23 
 
 
443 aa  195  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4436  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  35.94 
 
 
442 aa  195  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314306  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2322  translocation protein TolB  34.42 
 
 
444 aa  195  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0205331  normal  0.53419 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0669  translocation protein TolB  34.42 
 
 
444 aa  195  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.303969  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  33.13 
 
 
437 aa  194  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  32.33 
 
 
450 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1857  translocation protein TolB  30.93 
 
 
442 aa  194  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00113428  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  29.25 
 
 
428 aa  195  2e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  32.12 
 
 
432 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  31.82 
 
 
434 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  31.11 
 
 
446 aa  194  3e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3387  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  35.31 
 
 
442 aa  193  4e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.413738  normal  0.777637 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  32.49 
 
 
434 aa  193  5e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  33.78 
 
 
445 aa  193  5e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5302  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  35.8 
 
 
446 aa  192  8e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.842711 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0592  TolB-like protein  38.51 
 
 
438 aa  192  9e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2564  translocation protein TolB  31.62 
 
 
440 aa  192  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  8.66572e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1785  translocation protein TolB  30.06 
 
 
442 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  9.78843e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1746  translocation protein TolB  30.06 
 
 
442 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  1.49314e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1699  translocation protein TolB  33.43 
 
 
442 aa  192  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.182328  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0270  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  32.72 
 
 
448 aa  191  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.989147  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  31.96 
 
 
442 aa  191  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  1.08344e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2538  translocation protein TolB  30.06 
 
 
442 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  1.86682e-08  hitchhiker  1.62747e-05 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4760  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  35.49 
 
 
446 aa  191  2e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.577654  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01564  translocation protein TolB  29.56 
 
 
439 aa  191  2e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.188797  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  29.51 
 
 
432 aa  191  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1742  translocation protein TolB  30.06 
 
 
442 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  7.14613e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5227  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  35.49 
 
 
446 aa  191  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.175544  normal  0.115662 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2748  translocation protein TolB  31.27 
 
 
442 aa  191  3e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1068  translocation protein TolB  33.94 
 
 
439 aa  190  3e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.360403  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>