More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1889 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 188 aa  387  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  99.47 
 
 		 188 aa  386  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  73.12 
 
 		 187 aa  288  3e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  71.51 
 
 		 187 aa  285  2.9999999999999996e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  68.62 
 
 		 188 aa  274  7e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  67.2 
 
 		 187 aa  273  8e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  60 
 
 		 187 aa  241  3e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  63.44 
 
 		 187 aa  241  3e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  38.38 
 
 		 199 aa  132  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  38.38 
 
 		 199 aa  132  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 193 aa  131  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 204 aa  131  6e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  38.04 
 
 		 196 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 198 aa  123  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 196 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  34.43 
 
 		 197 aa  109  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  32.8 
 
 		 201 aa  105  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 197 aa  103  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  34.62 
 
 		 183 aa  102  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.17 
 
 		 189 aa  102  3e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 192 aa  98.6  4e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 203 aa  96.3  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  32.02 
 
 		 180 aa  95.1  5e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 224 aa  95.1  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 176 aa  94.7  7e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  33.89 
 
 		 188 aa  94.4  8e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 292 aa  94  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  30.95 
 
 		 225 aa  94  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 201 aa  92.4  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  30.91 
 
 		 182 aa  92  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 192 aa  91.7  5e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 180 aa  92  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  29.67 
 
 		 175 aa  91.7  5e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 212 aa  91.7  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4678  MerR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 276 aa  91.7  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.825044  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 180 aa  91.3  8e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  31.1 
 
 		 198 aa  90.9  9e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  33.15 
 
 		 187 aa  90.5  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  33.15 
 
 		 187 aa  90.5  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 222 aa  90.5  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  33.15 
 
 		 187 aa  90.9  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  33.15 
 
 		 187 aa  90.9  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  31.1 
 
 		 201 aa  90.5  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  33.15 
 
 		 187 aa  90.9  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  33.15 
 
 		 187 aa  90.9  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 180 aa  90.5  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  31.1 
 
 		 201 aa  90.5  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  30.95 
 
 		 233 aa  90.9  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  33.15 
 
 		 187 aa  90.9  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 222 aa  90.1  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 180 aa  89.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 180 aa  89.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 292 aa  89.7  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 180 aa  89.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0495  transcriptional regulator, XRE family  28.96 
 
 		 184 aa  89.4  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  30.81 
 
 		 187 aa  89  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  29.57 
 
 		 207 aa  89.4  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  29.41 
 
 		 232 aa  89  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  31.1 
 
 		 201 aa  89  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  30.27 
 
 		 190 aa  88.6  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 182 aa  88.6  5e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  30.37 
 
 		 215 aa  88.6  5e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  32.62 
 
 		 188 aa  88.2  6e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 219 aa  88.2  7e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  30.59 
 
 		 227 aa  88.2  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 219 aa  88.2  7e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 219 aa  88.2  7e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  30.18 
 
 		 187 aa  87.8  8e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 227 aa  87.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 179 aa  87  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  30.27 
 
 		 190 aa  87.4  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 210 aa  87  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 192 aa  86.7  2e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  32.54 
 
 		 209 aa  87  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 181 aa  87  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  29.57 
 
 		 207 aa  86.7  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1819  transcriptional regulator, XRE family  29.63 
 
 		 191 aa  86.3  3e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0201582  normal  0.3413 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  29.03 
 
 		 211 aa  85.9  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  30.05 
 
 		 188 aa  85.9  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  30.27 
 
 		 208 aa  85.9  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.95 
 
 		 201 aa  85.9  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 191 aa  85.5  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 178 aa  85.5  4e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 191 aa  85.5  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 191 aa  85.5  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 191 aa  85.5  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 181 aa  85.1  5e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 181 aa  85.5  5e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0402  transcriptional regulator, XRE family  30.64 
 
 		 189 aa  85.1  5e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.699228  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 192 aa  85.1  5e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 204 aa  85.1  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  29.73 
 
 		 207 aa  85.1  5e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  28.19 
 
 		 208 aa  85.1  6e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 198 aa  84.3  8e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 219 aa  84.7  8e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  30.9 
 
 		 224 aa  84.3  9e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  28.57 
 
 		 192 aa  84.3  9e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  29.76 
 
 		 215 aa  84  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  29.76 
 
 		 197 aa  84  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 197 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>