More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2877 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 244 aa  497  1e-140  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  72.13 
 
 		 256 aa  364  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  61.89 
 
 		 244 aa  323  2e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  60.25 
 
 		 244 aa  295  4e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  56.33 
 
 		 250 aa  280  2e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  55.51 
 
 		 247 aa  276  2e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  57.38 
 
 		 262 aa  275  3e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  57.79 
 
 		 252 aa  271  8.000000000000001e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  50.2 
 
 		 245 aa  236  3e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  51.03 
 
 		 264 aa  235  4e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  50.2 
 
 		 245 aa  234  6e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  50.2 
 
 		 245 aa  234  7e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  48.36 
 
 		 264 aa  222  4e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  44.08 
 
 		 245 aa  221  8e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 		 244 aa  220  1.9999999999999999e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 		 244 aa  219  3e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 		 244 aa  212  4.9999999999999996e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  45.93 
 
 		 246 aa  209  3e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 		 244 aa  207  1e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 248 aa  207  2e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 248 aa  206  3e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  45.08 
 
 		 246 aa  205  5e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  45.08 
 
 		 246 aa  205  5e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 245 aa  203  2e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  44.26 
 
 		 249 aa  203  2e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  43.44 
 
 		 259 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  42.51 
 
 		 247 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  41.39 
 
 		 244 aa  194  1e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  41.46 
 
 		 250 aa  189  4e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  45.93 
 
 		 261 aa  188  7e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  43.72 
 
 		 250 aa  187  2e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  43.37 
 
 		 258 aa  185  5e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  42.91 
 
 		 244 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1626  tRNA pseudouridine synthase A  37.08 
 
 		 268 aa  184  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.895885  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  39.42 
 
 		 261 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 261 aa  182  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  39.42 
 
 		 264 aa  182  5.0000000000000004e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  43.21 
 
 		 262 aa  181  6e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 		 248 aa  181  7e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  39.42 
 
 		 262 aa  180  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17411  tRNA pseudouridine synthase A  35.42 
 
 		 268 aa  180  1e-44  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  39.42 
 
 		 263 aa  180  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  39.42 
 
 		 264 aa  179  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 271 aa  179  2.9999999999999997e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  36.71 
 
 		 259 aa  179  4e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  36.93 
 
 		 261 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  38.59 
 
 		 264 aa  178  8e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 269 aa  178  8e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 302 aa  177  9e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  40.25 
 
 		 261 aa  176  3e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  39.42 
 
 		 261 aa  176  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  38.96 
 
 		 247 aa  175  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 243 aa  175  5e-43  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  35.66 
 
 		 245 aa  175  5e-43  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 264 aa  175  5e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 		 265 aa  175  6e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 274 aa  174  8e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 261 aa  175  8e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 		 245 aa  174  9e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 		 245 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  38.59 
 
 		 261 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  39.36 
 
 		 247 aa  174  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 261 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 261 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 		 245 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 		 245 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 252 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  38.71 
 
 		 274 aa  172  5e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 		 245 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 261 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 		 245 aa  171  7.999999999999999e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  39.92 
 
 		 278 aa  171  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 		 245 aa  171  1e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 283 aa  171  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  40.33 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17151  tRNA pseudouridine synthase A  33.75 
 
 		 268 aa  170  2e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.137278  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 248 aa  170  2e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  40.34 
 
 		 262 aa  170  2e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  39.42 
 
 		 261 aa  170  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  40.5 
 
 		 266 aa  170  2e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 		 245 aa  169  3e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 		 259 aa  169  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0504  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 		 248 aa  168  6e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00170943  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  38.59 
 
 		 273 aa  168  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  39.42 
 
 		 271 aa  168  7e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 252 aa  168  7e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  36.1 
 
 		 261 aa  168  9e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  40.08 
 
 		 289 aa  167  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  38.11 
 
 		 264 aa  167  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  36.89 
 
 		 271 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2726  tRNA pseudouridine synthase A  41.2 
 
 		 259 aa  167  2e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  38.59 
 
 		 261 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17251  tRNA pseudouridine synthase A  34.58 
 
 		 268 aa  167  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  36.89 
 
 		 271 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 252 aa  166  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  33.88 
 
 		 245 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 256 aa  166  2.9999999999999998e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  38.59 
 
 		 261 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0411  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 255 aa  166  4e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451787  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>