More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_0071 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_0071  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 245 aa  500  1e-140  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1874  diaminopimelate epimerase  43.7 
 
 		 232 aa  200  9.999999999999999e-51  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1270  diaminopimelate epimerase  38.56 
 
 		 236 aa  176  2e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000437124  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1416  diaminopimelate epimerase  38.56 
 
 		 236 aa  176  2e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1883  diaminopimelate epimerase  32.27 
 
 		 249 aa  120  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1702  diaminopimelate epimerase  32.67 
 
 		 249 aa  119  3e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1516  diaminopimelate epimerase  32.67 
 
 		 249 aa  119  3e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1771  diaminopimelate epimerase  32.28 
 
 		 247 aa  119  6e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0054  diaminopimelate epimerase  34.01 
 
 		 249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000506343  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5091  diaminopimelate epimerase  33.06 
 
 		 259 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000217016  normal  0.274183 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0127  diaminopimelate epimerase  32.92 
 
 		 261 aa  112  5e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.555314 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1614  diaminopimelate epimerase  32.56 
 
 		 264 aa  109  4.0000000000000004e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0044  Diaminopimelate epimerase  29.76 
 
 		 274 aa  107  2e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.315608 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1165  diaminopimelate epimerase  32.95 
 
 		 277 aa  106  4e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2316  diaminopimelate epimerase  30.74 
 
 		 274 aa  105  5e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0072  diaminopimelate epimerase  33.65 
 
 		 247 aa  105  5e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2160  diaminopimelate epimerase  29.59 
 
 		 272 aa  104  1e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1977  diaminopimelate epimerase  31.78 
 
 		 268 aa  104  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00347642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0755  diaminopimelate epimerase  29.3 
 
 		 292 aa  103  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.277533  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0454  diaminopimelate epimerase  32.33 
 
 		 279 aa  103  2e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.691704  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1455  diaminopimelate epimerase  31.64 
 
 		 257 aa  102  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0568169  normal  0.427819 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0259  diaminopimelate epimerase  30.3 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0560  diaminopimelate epimerase  32.53 
 
 		 274 aa  102  8e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00795649 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0107  diaminopimelate epimerase  28.73 
 
 		 272 aa  101  1e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12773  Diaminopimelate epimerase  30.89 
 
 		 261 aa  100  3e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2431  diaminopimelate epimerase  30.6 
 
 		 275 aa  99  6e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.410157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2046  diaminopimelate epimerase  29.8 
 
 		 257 aa  98.2  1e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0208  diaminopimelate epimerase  33.08 
 
 		 261 aa  97.4  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0882102 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0492  diaminopimelate epimerase  30.7 
 
 		 247 aa  95.9  5e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0790  diaminopimelate epimerase  30.48 
 
 		 276 aa  95.9  6e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0273  diaminopimelate epimerase  28.35 
 
 		 264 aa  94.4  1e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000651876  decreased coverage  0.0000261892 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0018  diaminopimelate epimerase  30.33 
 
 		 260 aa  94.4  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0181  diaminopimelate epimerase  30.12 
 
 		 272 aa  93.6  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00086691  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0348  diaminopimelate epimerase  27.82 
 
 		 249 aa  94.4  2e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0218  diaminopimelate epimerase  31.33 
 
 		 266 aa  93.2  4e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0648  diaminopimelate epimerase  28.96 
 
 		 279 aa  92.8  5e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.312023  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2694  diaminopimelate epimerase  31.37 
 
 		 268 aa  92  8e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000359695  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4694  diaminopimelate epimerase  31.13 
 
 		 261 aa  91.7  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.483748  normal  0.0110449 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1841  diaminopimelate epimerase  33.65 
 
 		 247 aa  91.3  1e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0304  diaminopimelate epimerase  31.4 
 
 		 256 aa  91.3  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.684099  hitchhiker  0.00244199 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0342  diaminopimelate epimerase  31.2 
 
 		 270 aa  89.7  4e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00240422  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0057  diaminopimelate epimerase  28.52 
 
 		 287 aa  89.4  5e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.809521 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4175  diaminopimelate epimerase  26.91 
 
 		 274 aa  89  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.132697  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4275  diaminopimelate epimerase  26.91 
 
 		 274 aa  89  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  26.91 
 
 		 274 aa  89  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4227  diaminopimelate epimerase  26.91 
 
 		 274 aa  89  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.642483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  26.91 
 
 		 274 aa  89  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1404  diaminopimelate epimerase  28.31 
 
 		 278 aa  89  6e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000282005 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  26.91 
 
 		 274 aa  87  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  26.91 
 
 		 274 aa  87  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  26.91 
 
 		 274 aa  87  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  26.91 
 
 		 274 aa  87  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1446  diaminopimelate epimerase  29.56 
 
 		 280 aa  86.7  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.788738  normal  0.737233 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  26.91 
 
 		 274 aa  87  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  26.91 
 
 		 274 aa  87  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  26.91 
 
 		 274 aa  87  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  26.91 
 
 		 274 aa  87  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  26.55 
 
 		 274 aa  86.3  4e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0183  diaminopimelate epimerase  27.64 
 
 		 274 aa  85.9  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.190067  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  28.03 
 
 		 278 aa  85.9  6e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0805  hypothetical protein  28.63 
 
 		 258 aa  84.7  0.000000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.15567 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0998  diaminopimelate epimerase  30.35 
 
 		 260 aa  83.6  0.000000000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3514  diaminopimelate epimerase  28.31 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0771524 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3983  diaminopimelate epimerase  26.55 
 
 		 274 aa  83.6  0.000000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.983346  normal  0.2689 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  25.82 
 
 		 274 aa  82.4  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0077  diaminopimelate epimerase  29.3 
 
 		 276 aa  82.4  0.000000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0714  diaminopimelate epimerase  29.18 
 
 		 269 aa  82  0.000000000000008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2979  diaminopimelate epimerase  29.1 
 
 		 278 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583058 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  28.95 
 
 		 274 aa  81.3  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0671  diaminopimelate epimerase  28.68 
 
 		 309 aa  80.9  0.00000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00498295 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0063  diaminopimelate epimerase  28.69 
 
 		 273 aa  80.9  0.00000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09731  diaminopimelate epimerase  27.14 
 
 		 286 aa  80.1  0.00000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.137092  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0119  diaminopimelate epimerase  30.66 
 
 		 278 aa  80.5  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  26.28 
 
 		 274 aa  79.3  0.00000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0182  diaminopimelate epimerase  25.36 
 
 		 274 aa  79.3  0.00000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.998768  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1873  diaminopimelate epimerase  30.77 
 
 		 281 aa  79.3  0.00000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00642624 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  26.64 
 
 		 290 aa  79  0.00000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1230  diaminopimelate epimerase  26.84 
 
 		 307 aa  79  0.00000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.017842 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0125  diaminopimelate epimerase  26.64 
 
 		 274 aa  79  0.00000000000007  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15041  diaminopimelate epimerase  25.9 
 
 		 323 aa  78.6  0.00000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.476128 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0912  diaminopimelate epimerase  28.21 
 
 		 286 aa  78.2  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  29.33 
 
 		 281 aa  77.8  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09711  diaminopimelate epimerase  27.35 
 
 		 286 aa  77  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.646782  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0630  diaminopimelate epimerase  26.35 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.822901  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1297  diaminopimelate epimerase  27.1 
 
 		 282 aa  77  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0270469  normal  0.083937 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4011  diaminopimelate epimerase  25.91 
 
 		 274 aa  76.3  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1798  diaminopimelate epimerase  29.17 
 
 		 283 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000300974  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0405  diaminopimelate epimerase  26.33 
 
 		 283 aa  76.3  0.0000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.759979  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0541  diaminopimelate epimerase  25.91 
 
 		 274 aa  76.3  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0205  diaminopimelate epimerase  25.91 
 
 		 274 aa  76.3  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.834964  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2595  diaminopimelate epimerase  28.57 
 
 		 278 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1439  diaminopimelate epimerase  29.57 
 
 		 272 aa  75.9  0.0000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00205  diaminopimelate epimerase  26.98 
 
 		 269 aa  75.9  0.0000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  25.18 
 
 		 279 aa  75.9  0.0000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  25.56 
 
 		 308 aa  75.5  0.0000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2235  Diaminopimelate epimerase  29.59 
 
 		 268 aa  75.5  0.0000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.40141 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0816  diaminopimelate epimerase  28.57 
 
 		 274 aa  74.3  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2992  diaminopimelate epimerase  26.72 
 
 		 282 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000459249  normal  0.46742 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1764  diaminopimelate epimerase  29.7 
 
 		 269 aa  74.3  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3323  diaminopimelate epimerase  25.91 
 
 		 278 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>