223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3809 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3809  Rhomboid family protein  100 
 
 		 304 aa  615  1e-175  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.199592 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5567  Rhomboid family protein  58.44 
 
 		 308 aa  350  2e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0016  hypothetical protein  48.67 
 
 		 290 aa  297  1e-79  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0483  Rhomboid family protein  36.51 
 
 		 286 aa  206  4e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6620  Rhomboid family protein  37.97 
 
 		 292 aa  202  4e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000794004  hitchhiker  0.00987109 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07080  putative transmembrane rhomboid family protein  36.18 
 
 		 299 aa  183  2.0000000000000003e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0209  rhomboid family protein  37 
 
 		 287 aa  177  2e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1654  hypothetical protein  31.79 
 
 		 302 aa  166  5.9999999999999996e-40  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0277  Rhomboid family protein  33.88 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.499185  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1403  rhomboid family protein  35.55 
 
 		 288 aa  122  9.999999999999999e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.327287 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  31.29 
 
 		 283 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0860  Rhomboid family protein  30.94 
 
 		 250 aa  117  3e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  29.93 
 
 		 273 aa  113  3e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  29.29 
 
 		 278 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  28.16 
 
 		 291 aa  109  5e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  29.31 
 
 		 264 aa  106  4e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2191  Rhomboid family protein  29.12 
 
 		 262 aa  106  5e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  28.72 
 
 		 273 aa  101  2e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  29.73 
 
 		 276 aa  99.8  5e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  28.08 
 
 		 273 aa  97.4  3e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3495  rhomboid family protein  28.12 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.335831 
 
 
-
 
NC_002950  PG1404  rhomboid family protein  31.01 
 
 		 238 aa  75.5  0.000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.334243 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1588  Rhomboid family protein  27.76 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.186801  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  32.17 
 
 		 207 aa  74.3  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0482  Rhomboid family protein  32.58 
 
 		 241 aa  73.2  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  29.5 
 
 		 209 aa  72  0.00000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  31.25 
 
 		 279 aa  71.6  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2965  Rhomboid family protein  31.58 
 
 		 318 aa  69.3  0.00000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.58204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2632  Rhomboid family protein  30.9 
 
 		 310 aa  67.8  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  30.12 
 
 		 220 aa  67.4  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  27.57 
 
 		 220 aa  67.4  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  28.85 
 
 		 197 aa  67  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  25.88 
 
 		 220 aa  66.2  0.0000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  31.13 
 
 		 224 aa  63.9  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  31.13 
 
 		 232 aa  63.9  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1155  rhomboid-like protein  39.05 
 
 		 155 aa  63.2  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  31.02 
 
 		 444 aa  63.2  0.000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  28.42 
 
 		 205 aa  62  0.00000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_139  rhomboid  32.26 
 
 		 190 aa  60.1  0.00000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  32.35 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  29.73 
 
 		 348 aa  59.3  0.00000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0239  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 190 aa  59.3  0.00000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  28.12 
 
 		 267 aa  58.5  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1387  hypothetical protein  30.57 
 
 		 202 aa  57.8  0.0000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0256989  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1552  Rhomboid family protein  35.05 
 
 		 200 aa  58.2  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000315131 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  33.99 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1317  rhomboid family protein  31.09 
 
 		 202 aa  57.4  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.175415  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  29.05 
 
 		 376 aa  57  0.0000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  34.74 
 
 		 293 aa  56.6  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2451  Rhomboid family protein  30.94 
 
 		 326 aa  56.2  0.0000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0599  AN1-type Zinc finger protein  28.48 
 
 		 321 aa  56.2  0.0000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.715069  normal  0.614872 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  28.06 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  31.88 
 
 		 228 aa  56.2  0.0000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  27.91 
 
 		 237 aa  56.2  0.0000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  27 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  30.4 
 
 		 253 aa  55.1  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2078  rhomboid family protein  30.38 
 
 		 226 aa  55.8  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.347543  normal  0.269308 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1130  integral membrane protein  27.88 
 
 		 196 aa  55.1  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283045  normal  0.0126937 
 
 
-
 
NC_002936  DET0132  rhomboid family protein  32.63 
 
 		 190 aa  54.3  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  35 
 
 		 260 aa  55.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  35 
 
 		 260 aa  55.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4634  rhomboid family protein  40.91 
 
 		 273 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.248838  normal  0.0634854 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2417  glpG protein  26.54 
 
 		 277 aa  55.1  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140187  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  27.04 
 
 		 197 aa  54.3  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  35 
 
 		 229 aa  54.3  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6787  Rhomboid family protein  25.41 
 
 		 280 aa  53.9  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.132625 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4502  rhomboid family protein  30.71 
 
 		 212 aa  53.9  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0633  hypothetical protein  36.51 
 
 		 263 aa  53.5  0.000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1128  Rhomboid family protein  30 
 
 		 319 aa  52.8  0.000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  37.84 
 
 		 201 aa  52.8  0.000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07075  rhomboid family protein  27.23 
 
 		 247 aa  52.8  0.000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1360  Rhomboid family protein  30.72 
 
 		 492 aa  52.8  0.000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.165337  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  32.84 
 
 		 227 aa  52  0.00001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  32.53 
 
 		 274 aa  51.6  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1039  serine protease  34.29 
 
 		 202 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224714  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  30.77 
 
 		 223 aa  51.2  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  30.07 
 
 		 324 aa  51.6  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0287  hypothetical protein  27.92 
 
 		 279 aa  51.2  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.742971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  38.03 
 
 		 224 aa  51.2  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0883  rhomboid family protein  47.92 
 
 		 172 aa  51.2  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0018  rhomboid family protein  39.76 
 
 		 306 aa  51.2  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.417524  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0021  S54 family peptidase  34.29 
 
 		 202 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0391  S54 family peptidase  34.29 
 
 		 202 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1192  S54 family peptidase  34.29 
 
 		 202 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.970208  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1449  Rhomboid family protein  28.46 
 
 		 263 aa  50.8  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.6312  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  34.55 
 
 		 226 aa  50.8  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  25.54 
 
 		 261 aa  50.4  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2217  Rhomboid family protein  28.99 
 
 		 274 aa  50.1  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0928322 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0015  rhomboid family membrane protein  38.6 
 
 		 264 aa  50.4  0.00004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5597  Rhomboid family protein  35.35 
 
 		 371 aa  50.4  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  30.14 
 
 		 198 aa  50.1  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  27 
 
 		 554 aa  50.1  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  27.88 
 
 		 247 aa  50.1  0.00005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2260  rhomboid family protein  31.61 
 
 		 274 aa  49.7  0.00006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.145597 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4665  rhomboid-like protein  23.44 
 
 		 285 aa  49.7  0.00006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  32.97 
 
 		 292 aa  49.7  0.00006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0786  rhomboid family protein  35 
 
 		 172 aa  49.7  0.00006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.169699  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2535  Rhomboid family protein  30.41 
 
 		 274 aa  49.3  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.87171 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  26.41 
 
 		 487 aa  49.3  0.00007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  26.41 
 
 		 487 aa  49.3  0.00007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>