92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0860 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0860  Rhomboid family protein  100 
 
 		 250 aa  508  1e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07080  putative transmembrane rhomboid family protein  30.13 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3809  Rhomboid family protein  30.94 
 
 		 304 aa  105  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.199592 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5567  Rhomboid family protein  32.13 
 
 		 308 aa  103  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0016  hypothetical protein  29.79 
 
 		 290 aa  104  2e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6620  Rhomboid family protein  35.32 
 
 		 292 aa  95.5  8e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000794004  hitchhiker  0.00987109 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0483  Rhomboid family protein  26.55 
 
 		 286 aa  82  0.000000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0209  rhomboid family protein  28.3 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0277  Rhomboid family protein  30.46 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.499185  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1403  rhomboid family protein  29.89 
 
 		 288 aa  62.4  0.000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.327287 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  28.17 
 
 		 197 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  30.54 
 
 		 279 aa  58.2  0.0000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  29.1 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  27.92 
 
 		 223 aa  56.2  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2451  Rhomboid family protein  28.47 
 
 		 326 aa  54.7  0.000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  31.68 
 
 		 207 aa  53.9  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  28.1 
 
 		 198 aa  53.1  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  29.05 
 
 		 222 aa  52.8  0.000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  31.97 
 
 		 239 aa  52.4  0.000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  31.41 
 
 		 224 aa  52.4  0.000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  28.97 
 
 		 264 aa  52  0.000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  28.83 
 
 		 197 aa  52  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  29.61 
 
 		 232 aa  51.6  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0132  rhomboid family protein  29.91 
 
 		 190 aa  51.2  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  26.8 
 
 		 265 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1552  Rhomboid family protein  26.55 
 
 		 200 aa  51.2  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000315131 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  34.41 
 
 		 258 aa  50.8  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2965  Rhomboid family protein  31.15 
 
 		 318 aa  51.2  0.00002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.58204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  32.26 
 
 		 249 aa  50.8  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  26.92 
 
 		 205 aa  50.4  0.00003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  31.61 
 
 		 291 aa  50.1  0.00004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  28.8 
 
 		 231 aa  49.7  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0633  hypothetical protein  36.21 
 
 		 263 aa  49.7  0.00005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  26.06 
 
 		 226 aa  48.9  0.00008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0239  rhomboid family protein  28.95 
 
 		 190 aa  48.5  0.00009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  23.3 
 
 		 248 aa  48.5  0.00009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_139  rhomboid  29.82 
 
 		 190 aa  48.5  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  24.69 
 
 		 261 aa  48.5  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  37.37 
 
 		 293 aa  48.1  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  24.7 
 
 		 220 aa  48.5  0.0001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  29.17 
 
 		 234 aa  47.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  36.36 
 
 		 234 aa  47.8  0.0002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  31.07 
 
 		 232 aa  47.8  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  28.75 
 
 		 228 aa  47.4  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  30.28 
 
 		 227 aa  46.6  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  39.08 
 
 		 292 aa  47  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  24.1 
 
 		 220 aa  47  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2518  Rhomboid family protein  26.75 
 
 		 225 aa  46.6  0.0003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  32.12 
 
 		 236 aa  46.2  0.0004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  44.44 
 
 		 232 aa  46.2  0.0005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  23.2 
 
 		 225 aa  46.2  0.0005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1654  hypothetical protein  25.42 
 
 		 302 aa  46.2  0.0005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  33.33 
 
 		 201 aa  45.8  0.0006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  29.09 
 
 		 215 aa  45.8  0.0006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5568  Rhomboid family protein  44.64 
 
 		 259 aa  45.8  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  34.12 
 
 		 362 aa  45.8  0.0007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  24.83 
 
 		 209 aa  44.7  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  37.35 
 
 		 209 aa  45.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  28.48 
 
 		 220 aa  44.7  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  25 
 
 		 222 aa  45.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0018  rhomboid family protein  37.5 
 
 		 306 aa  45.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.417524  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  30.1 
 
 		 247 aa  44.7  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  28.93 
 
 		 224 aa  44.3  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0482  Rhomboid family protein  28.34 
 
 		 241 aa  44.3  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1026  hypothetical protein  29.35 
 
 		 259 aa  43.9  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.877096  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  28.85 
 
 		 240 aa  44.3  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0599  AN1-type Zinc finger protein  28.77 
 
 		 321 aa  43.5  0.003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.715069  normal  0.614872 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  28.06 
 
 		 327 aa  43.5  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  30.39 
 
 		 243 aa  43.5  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  31.75 
 
 		 223 aa  43.9  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  29.59 
 
 		 324 aa  43.5  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  28.99 
 
 		 231 aa  43.1  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00614  hypothetical protein  31.63 
 
 		 625 aa  43.1  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2632  Rhomboid family protein  25.95 
 
 		 310 aa  43.1  0.004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  30.48 
 
 		 241 aa  43.5  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00624  conserved hypothetical protein  31.63 
 
 		 625 aa  43.1  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2191  Rhomboid family protein  24.84 
 
 		 262 aa  43.5  0.004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  30 
 
 		 231 aa  43.1  0.004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2989  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.63 
 
 		 625 aa  43.1  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  28.32 
 
 		 251 aa  43.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  28.97 
 
 		 252 aa  42.7  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1263  Rhomboid family protein  29.73 
 
 		 245 aa  43.1  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2653  rhomboid family protein  31.03 
 
 		 266 aa  42.7  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.541803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  28.21 
 
 		 276 aa  42.7  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  27.44 
 
 		 278 aa  42.7  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  30.86 
 
 		 444 aa  42.7  0.006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  44.07 
 
 		 356 aa  42.4  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  27.05 
 
 		 229 aa  42.4  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  26.73 
 
 		 227 aa  42.4  0.008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  30.25 
 
 		 260 aa  42  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0861  Rhomboid family protein  30.28 
 
 		 277 aa  42  0.009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  32.06 
 
 		 303 aa  42  0.009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>