More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0220 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0220  Shikimate kinase  100 
 
 		 167 aa  340  4e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000013813  normal  0.0131612 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2313  Shikimate kinase  48.77 
 
 		 168 aa  167  5e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0915782  hitchhiker  0.00353016 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3659  Shikimate kinase  41.56 
 
 		 169 aa  133  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3226  shikimate kinase  42.07 
 
 		 172 aa  129  1.0000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  41.52 
 
 		 190 aa  119  1.9999999999999998e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  47.15 
 
 		 166 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1534  Shikimate kinase  41.06 
 
 		 170 aa  112  3e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6268  Shikimate kinase  37.58 
 
 		 170 aa  112  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00441949  normal  0.76442 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  40.49 
 
 		 184 aa  112  3e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  39.1 
 
 		 207 aa  107  9.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  34.42 
 
 		 172 aa  105  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  40.13 
 
 		 206 aa  106  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  40 
 
 		 171 aa  103  9e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1476  shikimate kinase  38.82 
 
 		 198 aa  103  1e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01791  shikimate kinase  38.82 
 
 		 198 aa  103  1e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0539701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  39.6 
 
 		 175 aa  102  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  39.6 
 
 		 199 aa  101  5e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  37.74 
 
 		 181 aa  100  8e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  32.94 
 
 		 175 aa  100  1e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  37.74 
 
 		 193 aa  100  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  35.33 
 
 		 169 aa  100  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  38 
 
 		 177 aa  100  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  36.77 
 
 		 202 aa  99.8  2e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_10503  predicted protein  38.22 
 
 		 170 aa  97.4  7e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  37.11 
 
 		 180 aa  97.4  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  37.75 
 
 		 191 aa  96.7  1e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  41.01 
 
 		 186 aa  96.7  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0781  shikimate kinase  35.76 
 
 		 170 aa  96.3  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.275347  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  37.42 
 
 		 190 aa  96.3  2e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  37.42 
 
 		 229 aa  96.3  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  37.06 
 
 		 169 aa  96.3  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  35.1 
 
 		 173 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  35.1 
 
 		 173 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  35.1 
 
 		 173 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  37.33 
 
 		 593 aa  95.5  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  35.1 
 
 		 173 aa  95.5  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  35.1 
 
 		 173 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  35.1 
 
 		 173 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1763  shikimate kinase  35.47 
 
 		 264 aa  95.5  3e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  35.1 
 
 		 225 aa  95.1  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  35.1 
 
 		 225 aa  95.1  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  35.1 
 
 		 225 aa  95.1  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  37.13 
 
 		 185 aa  95.1  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01231  shikimate kinase  37.58 
 
 		 197 aa  95.1  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.428162 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  38.1 
 
 		 173 aa  94.7  5e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  33.76 
 
 		 176 aa  94.4  6e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  34.44 
 
 		 173 aa  94.4  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  36.11 
 
 		 176 aa  94.4  7e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0253  3-dehydroquinate synthase  34.87 
 
 		 551 aa  94  8e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  36 
 
 		 192 aa  94  8e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  35.1 
 
 		 173 aa  94  8e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  35.03 
 
 		 200 aa  94.4  8e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  39.04 
 
 		 186 aa  93.2  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  35.58 
 
 		 192 aa  93.6  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  38.16 
 
 		 208 aa  94  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01241  shikimate kinase  36.67 
 
 		 185 aa  92.8  2e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  34.44 
 
 		 173 aa  92.8  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  34.44 
 
 		 173 aa  92.8  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01231  shikimate kinase  37.33 
 
 		 185 aa  92.8  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  34.44 
 
 		 173 aa  92.8  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  34.44 
 
 		 173 aa  92.8  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  34.44 
 
 		 173 aa  92.8  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  31.54 
 
 		 168 aa  92.4  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  33.77 
 
 		 173 aa  92.8  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  33.11 
 
 		 172 aa  92  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  34.9 
 
 		 170 aa  92  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  37.09 
 
 		 591 aa  92  3e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  36.77 
 
 		 192 aa  92  3e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  38 
 
 		 190 aa  92  3e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  33.94 
 
 		 196 aa  92  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  33.77 
 
 		 174 aa  92  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  37.75 
 
 		 179 aa  91.7  4e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  34.9 
 
 		 170 aa  92  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  33.77 
 
 		 173 aa  91.7  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  36.91 
 
 		 181 aa  92  4e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  34.39 
 
 		 205 aa  91.7  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  34.39 
 
 		 204 aa  92  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  33.77 
 
 		 173 aa  91.7  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  34.87 
 
 		 173 aa  92  4e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  33.77 
 
 		 173 aa  91.7  4e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  36.81 
 
 		 188 aa  92  4e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  35.33 
 
 		 198 aa  90.9  7e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  30 
 
 		 168 aa  90.9  7e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  36 
 
 		 185 aa  90.9  7e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  35.53 
 
 		 178 aa  90.9  7e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2368  Shikimate kinase  32.93 
 
 		 165 aa  90.5  9e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0733676  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  34.03 
 
 		 176 aa  90.1  1e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  38.51 
 
 		 187 aa  89.7  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  37.42 
 
 		 216 aa  90.1  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  36.08 
 
 		 199 aa  90.1  1e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  41.46 
 
 		 176 aa  90.1  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  34.23 
 
 		 172 aa  89.4  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  36.2 
 
 		 184 aa  89.4  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  37.2 
 
 		 184 aa  89  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  37.09 
 
 		 184 aa  89  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  31.21 
 
 		 176 aa  88.6  3e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  37.84 
 
 		 187 aa  88.6  4e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_002950  PG1593  shikimate kinase  38.53 
 
 		 186 aa  88.6  4e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  35.37 
 
 		 179 aa  88.6  4e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1571  shikimate kinase  33.73 
 
 		 165 aa  88.6  4e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>