87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4219 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_3655  ATP-dependent OLD family endonuclease  51.37 
 
 		 793 aa  754    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523201  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4219  ATP-dependent endonuclease, OLD family  100 
 
 		 780 aa  1613    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1800  ATP-dependent endonuclease  44.94 
 
 		 782 aa  660    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.163523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6476  ATP-dependent endonuclease, OLD family  44.55 
 
 		 762 aa  652    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0294  ATP-dependent endonuclease, OLD family  46.84 
 
 		 773 aa  669    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0724498 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60070  hypothetical protein  44.34 
 
 		 807 aa  605  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000312719  hitchhiker  0.0000000420342 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3887  hypothetical protein  47.74 
 
 		 546 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.333396  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2720  hypothetical protein  30.18 
 
 		 784 aa  351  4e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5469  hypothetical protein  30.81 
 
 		 763 aa  344  2.9999999999999997e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.913319  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2417  hypothetical protein  31.79 
 
 		 748 aa  338  1.9999999999999998e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.295746  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1439  hypothetical protein  29 
 
 		 744 aa  316  9.999999999999999e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0880018  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6911  ATP-dependent OLD family endonuclease  30.72 
 
 		 669 aa  303  1e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0857845  hitchhiker  0.000559752 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4970  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.91 
 
 		 677 aa  295  2e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358529 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2791  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.91 
 
 		 677 aa  295  2e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0639956 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4907  hypothetical protein  27.87 
 
 		 769 aa  293  7e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.50635  normal  0.10457 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3807  hypothetical protein  33.09 
 
 		 691 aa  268  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0465768  normal  0.185185 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2848  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.77 
 
 		 674 aa  266  1e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.351188  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0206  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.52 
 
 		 689 aa  258  4e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0001  hypothetical protein  27.88 
 
 		 707 aa  207  7e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.426286  unclonable  0.0000000168459 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003289  pathogenesis related protein  28.89 
 
 		 714 aa  194  4e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.31747  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3277  hypothetical protein  27.39 
 
 		 728 aa  177  5e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0296184  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0681  overcoming lysogenization defect protein  28.17 
 
 		 696 aa  177  8e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0597  hypothetical protein  25.38 
 
 		 773 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2666  hypothetical protein  30.99 
 
 		 553 aa  91.3  7e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2572  hypothetical protein  31.22 
 
 		 650 aa  90.1  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00339016  normal  0.0605496 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5488  putative nucleoside triphosphate hydrolase domain-containing protein  25.23 
 
 		 598 aa  89  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3543  SMC protein-like  28.97 
 
 		 695 aa  86.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0766  SMC domain protein  24.62 
 
 		 623 aa  85.5  0.000000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000557605  normal  0.0228262 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0038  hypothetical protein  31.55 
 
 		 594 aa  84.7  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.19507  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1644  hypothetical protein  30.19 
 
 		 596 aa  83.6  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.595797  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1874  hypothetical protein  28.42 
 
 		 703 aa  80.1  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75491  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3408  hypothetical protein  28.1 
 
 		 594 aa  79.3  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.043782  normal  0.188523 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3144  SMC (structural maintenance of chromosomes) family protein  23.24 
 
 		 682 aa  78.6  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.872592  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2561  ATP-dependent endonuclease  30.62 
 
 		 613 aa  76.6  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2354  hypothetical protein  25.63 
 
 		 565 aa  75.1  0.000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1604  hypothetical protein  27.31 
 
 		 685 aa  74.7  0.000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3272  OLD family-like ATP-dependent endonuclease  31.52 
 
 		 758 aa  73.9  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0046  hypothetical protein  28.96 
 
 		 661 aa  73.9  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.489022  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3224  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.82 
 
 		 615 aa  73.6  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0676  hypothetical protein  25.31 
 
 		 712 aa  68.9  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54535 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06203  hypothetical protein  21.85 
 
 		 669 aa  68.9  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1866  ATP-dependent OLD family endonuclease  30.39 
 
 		 595 aa  68.9  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3175  SMC domain protein  23.99 
 
 		 634 aa  68.2  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0609812  unclonable  0.0000000000000447606 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3955  AAA ATPase  27.93 
 
 		 642 aa  67  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262295  hitchhiker  0.00100841 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1883  SMC protein-like protein  30.06 
 
 		 688 aa  66.6  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0996  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.64 
 
 		 637 aa  66.6  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3193  plasmid-related protein  22.06 
 
 		 674 aa  64.3  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0945381 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4711  ATP-dependent endonuclease of the OLD family- like protein  23.08 
 
 		 648 aa  60.8  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3680  hypothetical protein  23.65 
 
 		 667 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228767  hitchhiker  0.00106717 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2954  putative exonuclease  25.58 
 
 		 659 aa  60.8  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0753  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.99 
 
 		 594 aa  59.3  0.0000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.362493  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1844  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.73 
 
 		 640 aa  58.2  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3525  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  27.01 
 
 		 657 aa  58.2  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.297188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1869  hypothetical protein  26.49 
 
 		 569 aa  57.8  0.0000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.620953  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3383  hypothetical protein  26.49 
 
 		 569 aa  57.8  0.0000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4418  ATP-dependent OLD family endonuclease  21.62 
 
 		 639 aa  57  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1621  hypothetical protein  27.95 
 
 		 596 aa  56.6  0.000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0801  SMC domain protein  27.23 
 
 		 564 aa  55.5  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.779455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3013  hypothetical protein  29.83 
 
 		 520 aa  53.5  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.364148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0196  ATPase  29.07 
 
 		 666 aa  54.3  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0870  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.27 
 
 		 591 aa  53.5  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2290  ATP-dependent OLD family endonuclease  33.33 
 
 		 669 aa  53.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.23738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0640  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  24.12 
 
 		 601 aa  53.1  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2559  hypothetical protein  22.39 
 
 		 645 aa  52.4  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.251758 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1049  AAA ATPase  27.03 
 
 		 537 aa  51.6  0.00006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0949  hypothetical protein  22.81 
 
 		 603 aa  51.2  0.00008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3363  hypothetical protein  27.13 
 
 		 607 aa  50.8  0.00009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.194578  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4276  Fis family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 645 aa  50.4  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.237058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1111  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.86 
 
 		 603 aa  48.9  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0042  hypothetical protein  37.5 
 
 		 634 aa  47.8  0.0008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.581488  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3650  hypothetical protein  42.59 
 
 		 426 aa  47  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.574815  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0505  ATP-dependent endonuclease, OLD family protein  26.67 
 
 		 663 aa  47  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0949649  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1497  ATP-dependent OLD family endonuclease  21.9 
 
 		 573 aa  47  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2624  hypothetical protein  26.88 
 
 		 505 aa  47.8  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4449  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  29.14 
 
 		 564 aa  47.4  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1960  hypothetical protein  28.74 
 
 		 522 aa  46.6  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4848  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.02 
 
 		 626 aa  46.6  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1846  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.64 
 
 		 589 aa  46.2  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147928 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1858  hypothetical protein  27.27 
 
 		 390 aa  45.8  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.111795 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1811  hypothetical protein  27.27 
 
 		 390 aa  45.8  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.93186  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0137  hypothetical protein  23.26 
 
 		 666 aa  45.8  0.003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3140  ATP-dependent endonuclease, OLD family protein  25.64 
 
 		 681 aa  46.2  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.239895  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1792  hypothetical protein  27.27 
 
 		 390 aa  45.4  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.118132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0225  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.64 
 
 		 578 aa  45.4  0.004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000140656 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3757  hypothetical protein  21.78 
 
 		 532 aa  44.3  0.009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1709  SMC domain protein  27.92 
 
 		 584 aa  44.3  0.01  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  decreased coverage  0.000133048  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4982  hypothetical protein  30.93 
 
 		 464 aa  43.9  0.01  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.577043  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>