More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_0722 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  100 
 
 		 198 aa  394  1e-109  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  56.99 
 
 		 191 aa  190  1e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  56.36 
 
 		 179 aa  190  1e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  54.71 
 
 		 208 aa  184  9e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  54.91 
 
 		 206 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  53.45 
 
 		 593 aa  183  2.0000000000000003e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  53.45 
 
 		 200 aa  180  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  51.96 
 
 		 204 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  51.98 
 
 		 201 aa  178  4.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  53.67 
 
 		 203 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  51.96 
 
 		 205 aa  176  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  56.29 
 
 		 187 aa  176  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  52.6 
 
 		 200 aa  175  5e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  53.14 
 
 		 579 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  53.14 
 
 		 579 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  53.14 
 
 		 604 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  50.29 
 
 		 206 aa  169  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  54.49 
 
 		 615 aa  168  4e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  46.49 
 
 		 200 aa  168  5e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  46.49 
 
 		 217 aa  168  5e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  50.58 
 
 		 216 aa  167  8e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  51.46 
 
 		 552 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  47.78 
 
 		 195 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  54.97 
 
 		 237 aa  161  7e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  51.87 
 
 		 594 aa  160  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  48.89 
 
 		 591 aa  159  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  48.82 
 
 		 196 aa  158  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  47.57 
 
 		 196 aa  156  2e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  47.06 
 
 		 196 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  53.18 
 
 		 224 aa  152  4e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0038  shikimate kinase  42.35 
 
 		 181 aa  152  4e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  50.31 
 
 		 180 aa  151  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  47.4 
 
 		 188 aa  149  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  49.69 
 
 		 193 aa  149  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  49.69 
 
 		 181 aa  149  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  43.68 
 
 		 192 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  46.79 
 
 		 197 aa  143  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0395  shikimate kinase  50.87 
 
 		 214 aa  136  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  46.48 
 
 		 190 aa  133  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  50.34 
 
 		 185 aa  131  5e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  43.71 
 
 		 199 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  46.62 
 
 		 190 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  43.71 
 
 		 184 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  43.71 
 
 		 209 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  43.64 
 
 		 177 aa  124  9e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  43.64 
 
 		 177 aa  124  9e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  43.64 
 
 		 177 aa  124  9e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  43.64 
 
 		 177 aa  124  9e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  43.64 
 
 		 177 aa  124  9e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  42.35 
 
 		 178 aa  123  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  41.92 
 
 		 183 aa  121  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  41.92 
 
 		 183 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  43.35 
 
 		 183 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  40.96 
 
 		 190 aa  118  4.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  41.92 
 
 		 184 aa  118  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  42.51 
 
 		 184 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  42.42 
 
 		 172 aa  117  9e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  40.24 
 
 		 167 aa  116  1.9999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  42.42 
 
 		 172 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  41.92 
 
 		 184 aa  115  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  39.29 
 
 		 219 aa  114  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  40 
 
 		 171 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15020  shikimate kinase  41.72 
 
 		 204 aa  112  3e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0201152  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  40.49 
 
 		 172 aa  112  3e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  37.5 
 
 		 207 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  37.64 
 
 		 186 aa  111  5e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  38.46 
 
 		 173 aa  111  7.000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  38.46 
 
 		 173 aa  111  7.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  38.69 
 
 		 174 aa  111  7.000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  43.29 
 
 		 182 aa  111  7.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  38.46 
 
 		 173 aa  111  7.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  38.46 
 
 		 173 aa  110  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  39.39 
 
 		 171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  37.21 
 
 		 186 aa  109  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  41.82 
 
 		 192 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  37.57 
 
 		 191 aa  110  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  41.61 
 
 		 195 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  42.57 
 
 		 180 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  37.72 
 
 		 180 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  38.18 
 
 		 173 aa  109  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  41.32 
 
 		 172 aa  109  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  39.39 
 
 		 171 aa  109  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  40 
 
 		 171 aa  109  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  39.39 
 
 		 171 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  39.39 
 
 		 171 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  39.39 
 
 		 171 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  39.02 
 
 		 179 aa  109  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  39.39 
 
 		 171 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  40 
 
 		 171 aa  109  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  40 
 
 		 171 aa  109  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  40 
 
 		 171 aa  109  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  37.87 
 
 		 173 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  38.69 
 
 		 173 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  37.87 
 
 		 174 aa  108  4.0000000000000004e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  38.69 
 
 		 173 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  38.79 
 
 		 171 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  38.69 
 
 		 173 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  38.69 
 
 		 173 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0989  shikimate kinase  42.95 
 
 		 189 aa  108  4.0000000000000004e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.764928  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  38.69 
 
 		 173 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>