More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amuc_0749 on replicon NC_010655
Organism: Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 244 aa  496  1e-140  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  50.22 
 
 		 241 aa  228  9e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  51.9 
 
 		 304 aa  219  3e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  46.02 
 
 		 306 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  46.22 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  48.88 
 
 		 371 aa  199  3e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  48.84 
 
 		 302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0676  tRNA pseudouridine synthase B  44.74 
 
 		 235 aa  197  1.0000000000000001e-49  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000650493 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  48.84 
 
 		 311 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  48.84 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  48.84 
 
 		 321 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  48.84 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  48.84 
 
 		 321 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  48.84 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  48.84 
 
 		 311 aa  194  7e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  48.37 
 
 		 311 aa  193  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  46.52 
 
 		 311 aa  192  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  48.34 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  48.82 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  48.34 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  47.49 
 
 		 314 aa  190  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  48.34 
 
 		 322 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  48.34 
 
 		 310 aa  189  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  47.87 
 
 		 310 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  47.87 
 
 		 310 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  42.92 
 
 		 303 aa  188  8e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  48.28 
 
 		 304 aa  187  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0948  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  45.67 
 
 		 225 aa  186  4e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276253  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  48.08 
 
 		 318 aa  185  5e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  48.85 
 
 		 299 aa  185  6e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  45.41 
 
 		 299 aa  185  7e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  42.39 
 
 		 306 aa  184  9e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  48.08 
 
 		 318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  45.71 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  47.12 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  46.55 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  47.12 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  45.71 
 
 		 304 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  46.12 
 
 		 295 aa  182  3e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3547  tRNA pseudouridine synthase B  48.33 
 
 		 228 aa  181  7e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  45.5 
 
 		 302 aa  181  7e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  47.89 
 
 		 289 aa  181  8.000000000000001e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  45.71 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  45.41 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  45.58 
 
 		 309 aa  180  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  46.54 
 
 		 295 aa  179  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  44.29 
 
 		 293 aa  180  2e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  42.15 
 
 		 309 aa  179  2.9999999999999997e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  47.62 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  44.86 
 
 		 299 aa  178  7e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  47.64 
 
 		 304 aa  178  7e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  43.91 
 
 		 338 aa  178  8e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  46.48 
 
 		 289 aa  177  2e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  44.7 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1246  tRNA pseudouridine synthase B  47.26 
 
 		 244 aa  176  3e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.193687 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  46.22 
 
 		 315 aa  175  6e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  39.84 
 
 		 322 aa  175  7e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0570  tRNA pseudouridine synthase B  44.55 
 
 		 229 aa  174  9.999999999999999e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  40.87 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  43.93 
 
 		 292 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  40.93 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  45.05 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  40.64 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04550  putative tRNA pseudouridine synthase  44.08 
 
 		 238 aa  173  1.9999999999999998e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  46.48 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  41.43 
 
 		 308 aa  172  2.9999999999999996e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0727  tRNA pseudouridine synthase B  44.71 
 
 		 319 aa  172  5.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  42.27 
 
 		 313 aa  171  6.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  43.78 
 
 		 308 aa  171  7.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  47.22 
 
 		 279 aa  171  1e-41  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  44.29 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  46.75 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1673  tRNA pseudouridine synthase B  42.44 
 
 		 232 aa  170  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 293 aa  170  2e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0789  tRNA pseudouridine synthase B  42.73 
 
 		 241 aa  170  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.559665 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 307 aa  170  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  42.19 
 
 		 302 aa  169  3e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  42.58 
 
 		 323 aa  169  3e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  45.89 
 
 		 313 aa  169  3e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  40.95 
 
 		 318 aa  169  4e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  47.39 
 
 		 328 aa  169  4e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  42.99 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  40.16 
 
 		 359 aa  169  5e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  44.5 
 
 		 307 aa  168  9e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  42.25 
 
 		 347 aa  168  9e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  39.75 
 
 		 380 aa  167  1e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  42.58 
 
 		 306 aa  167  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  37.89 
 
 		 300 aa  167  1e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0819  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 		 310 aa  167  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0113178 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  39.91 
 
 		 299 aa  166  2.9999999999999998e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  41.7 
 
 		 325 aa  166  4e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2825  tRNA pseudouridine synthase B  40.19 
 
 		 315 aa  165  5e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.791691  hitchhiker  0.00423146 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  44.34 
 
 		 297 aa  165  5e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  44.34 
 
 		 297 aa  165  5e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  44.34 
 
 		 297 aa  165  5e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  43.4 
 
 		 249 aa  164  8e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 299 aa  164  8e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>