2346 genes were found for organism Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 24    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
MSED_0  tRNA  NC_009440  166335  166446  112  tRNA-OTHER    normal  0.674515  normal  0.0251104  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0001  CDS  NC_009440  331  1521  1191  ORC complex protein Cdc6/Orc1  YP_001190102  normal  normal  0.265686  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0002  CDS  NC_009440  1499  2017  519  hypothetical protein  YP_001190103  normal  normal  0.23639  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0003  CDS  NC_009440  2038  2973  936  thioesterase superfamily protein  YP_001190104  normal  normal  0.0806344  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0004  CDS  NC_009440  2970  3434  465  nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase  YP_001190105  normal  normal  0.142407  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0005  CDS  NC_009440  3446  4249  804  hypothetical protein  YP_001190106  normal  normal  0.148664  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0006  CDS  NC_009440  4230  4778  549  adenylate cyclase  YP_001190107  normal  normal  0.136902  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0007  CDS  NC_009440  4779  5789  1011  ribosomal RNA methyltransferase NOP2  YP_001190108  normal  normal  0.138281  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0008  CDS  NC_009440  5768  6238  471  hypothetical protein  YP_001190109  normal  0.221694  normal  0.118486  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0009  CDS  NC_009440  6305  7279  975  DNA repair and recombination protein RadA  YP_001190110  normal  0.416037  normal  0.130845  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0010  CDS  NC_009440  7314  7823  510  histidine triad (HIT) protein  YP_001190111  normal  0.0387329  normal  0.117285  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0011  CDS  NC_009440  7850  9058  1209  threonine dehydratase  YP_001190112  normal  0.059163  normal  0.133507  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0012  CDS  NC_009440  9305  9925  621  prephenate dehydratase  YP_001190113  hitchhiker  0.000330103  normal  0.121609  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0013  CDS  NC_009440  9918  10883  966  AsnC family transcriptional regulator  YP_001190114  hitchhiker  0.000293296  normal  0.0126394  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0014  CDS  NC_009440  10929  12335  1407  FAD dependent oxidoreductase  YP_001190115  hitchhiker  2.16552e-07  normal  0.0136445  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0015  CDS  NC_009440  12337  13350  1014  adenylosuccinate synthetase  YP_001190116  unclonable  1.96036e-10  normal  0.0126394  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0016  CDS  NC_009440  13486  14529  1044  5-formaminoimidazole-4-carboxamide-1-(beta)-D- ribofuranosyl 5'-monophosphate synthetase-like protein  YP_001190117  hitchhiker  2.76238e-06  hitchhiker  0.00501926  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0017  CDS  NC_009440  14526  15524  999  5-formaminoimidazole-4-carboxamide-1-(beta)-D- ribofuranosyl 5'-monophosphate synthetase  YP_001190118  normal  0.117033  decreased coverage  0.00153786  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0018  CDS  NC_009440  15575  16951  1377  adenylosuccinate lyase  YP_001190119  normal  0.146335  decreased coverage  0.000415583  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0019  CDS  NC_009440  17075  18016  942  AIR synthase-like protein  YP_001190120  normal  0.213041  decreased coverage  0.00139533  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0020  CDS  NC_009440  18084  19829  1746  radical SAM domain-containing protein  YP_001190121  normal  decreased coverage  0.00170872  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0021  CDS  NC_009440  19852  20472  621  5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase  YP_001190122  normal  hitchhiker  0.00371896  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0022  CDS  NC_009440  20640  21164  525  hypothetical protein  YP_001190123  normal  hitchhiker  0.00364109  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0023  CDS  NC_009440  21161  21868  708  phosphoribosyltransferase  YP_001190124  normal  hitchhiker  0.00393898  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0024  CDS  NC_009440  21947  23374  1428  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit B  YP_001190125  normal  hitchhiker  0.00417357  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0025  CDS  NC_009440  23377  23781  405  cytidine deaminase  YP_001190126  normal  hitchhiker  0.00901236  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0026  CDS  NC_009440  23756  24403  648  uracil phosphoribosyltransferase  YP_001190127  normal  hitchhiker  0.00981557  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0027  CDS  NC_009440  24408  24650  243  30S ribosomal protein S28e  YP_001190128  normal  hitchhiker  0.00920354  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0028  CDS  NC_009440  24724  24909  186  50S ribosomal protein L24E  YP_001190129  normal  hitchhiker  0.00870941  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0029  CDS  NC_009440  24911  25333  423  nucleoside diphosphate kinase  YP_001190130  normal  hitchhiker  0.0093347  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0030  CDS  NC_009440  25323  27116  1794  translation initiation factor IF-2  YP_001190131  normal  normal  0.0331491  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0031  CDS  NC_009440  27200  28486  1287  malate dehydrogenase  YP_001190132  normal  0.399579  normal  0.119769  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0032  CDS  NC_009440  28542  28793  252  DNA-directed RNA polymerase subunit H  YP_001190133  normal  0.256888  normal  0.101872  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0033  CDS  NC_009440  28796  32170  3375  DNA-directed RNA polymerase subunit B  YP_001190134  hitchhiker  3.39757e-05  normal  0.0488457  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0034  CDS  NC_009440  32163  34823  2661  DNA-directed RNA polymerase subunit A'  YP_001190135  decreased coverage  2.87475e-06  normal  0.0408299  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0035  CDS  NC_009440  34829  36007  1179  DNA-directed RNA polymerase subunit A''  YP_001190136  hitchhiker  5.31723e-06  normal  0.113614  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0036  CDS  NC_009440  36015  36326  312  50S ribosomal protein L30e  YP_001190137  hitchhiker  1.78932e-06  normal  0.0943991  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0037  CDS  NC_009440  36339  36770  432  transcription elongation factor NusA-like protein  YP_001190138  hitchhiker  2.24532e-06  normal  0.180707  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0038  CDS  NC_009440  36782  37222  441  30S ribosomal protein S12P  YP_001190139  hitchhiker  3.14149e-05  normal  0.098925  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0039  CDS  NC_009440  37242  37706  465  hypothetical protein  YP_001190140  hitchhiker  9.89405e-06  normal  0.0943991  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0040  CDS  NC_009440  37794  38378  585  30S ribosomal protein S7P  YP_001190141  hitchhiker  2.91032e-06  normal  0.0943991  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0041  CDS  NC_009440  38432  39739  1308  elongation factor 1-alpha  YP_001190142  hitchhiker  1.71412e-08  normal  0.193391  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0042  CDS  NC_009440  39760  40068  309  30S ribosomal protein S10P  YP_001190143  hitchhiker  1.20116e-06  normal  0.273764  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0043  CDS  NC_009440  40201  41490  1290  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide synthase (glutamine-hydrolysing) / cobyrinate a,c-diamide synthase  YP_001190144  hitchhiker  0.000316853  normal  0.33186  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0044  CDS  NC_009440  41464  42219  756  hypothetical protein  YP_001190145  normal  0.013501  normal  0.305707  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0045  CDS  NC_009440  42263  42730  468  hypothetical protein  YP_001190146  normal  0.0442605  normal  0.297756  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0046  CDS  NC_009440  42768  43430  663  3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase  YP_001190147  normal  0.0192439  normal  0.468717  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0047  CDS  NC_009440  43427  43897  471  riboflavin synthase  YP_001190148  normal  0.01198  normal  0.460836  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0048  CDS  NC_009440  43878  44333  456  6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase  YP_001190149  normal  0.019705  normal  0.470789  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0049  CDS  NC_009440  44339  45031  693  GTP cyclohydrolase IIA  YP_001190150  normal  0.0787957  normal  0.474293  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0050  CDS  NC_009440  45010  46110  1101  amidohydrolase  YP_001190151  normal  0.352004  normal  0.512598  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0051  CDS  NC_009440  46082  46825  744  DNA polymerase sliding clamp subunit B  YP_001190152  normal  0.574423  normal  0.466331  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0052  CDS  NC_009440  46825  47133  309  hypothetical protein  YP_001190153  normal  0.805655  normal  0.444536  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0053  CDS  NC_009440  47130  48773  1644  hypothetical protein  YP_001190154  normal  normal  0.594463  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0054  CDS  NC_009440  48813  51530  2718  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  YP_001190155  normal  normal  0.68416  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0055  CDS  NC_009440  51572  51862  291  50S ribosomal protein L14e  YP_001190156  normal  normal  0.464279  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0056  CDS  NC_009440  51863  52117  255  DKCLD domain-containing protein  YP_001190157  normal  normal  0.477818  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0057  CDS  NC_009440  52182  52883  702  PUA domain-containing protein  YP_001190158  normal  normal  0.510728  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0058  CDS  NC_009440  52871  53431  561  methyltransferase small  YP_001190159  normal  normal  0.505565  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0059  CDS  NC_009440  54355  55953  1599  hypothetical protein  YP_001190160  normal  normal  0.383995  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0060  CDS  NC_009440  57034  58632  1599  hypothetical protein  YP_001190161  normal  normal  0.214565  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0061  CDS  NC_009440  58947  59246  300  50S ribosomal protein L21e  YP_001190162  normal  0.257868  normal  0.16503  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0062  CDS  NC_009440  59260  59598  339  DNA-directed RNA polymerase, subunit F  YP_001190163  normal  0.20245  normal  0.0943991  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0063  CDS  NC_009440  59643  60278  636  hypothetical protein  YP_001190164  normal  0.531572  normal  0.098925  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0064  CDS  NC_009440  60275  60928  654  dimethyladenosine transferase  YP_001190165  normal  0.516904  normal  0.049347  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0065  CDS  NC_009440  60880  61479  600  putative methylase  YP_001190166  normal  0.181251  normal  0.0501466  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0066  CDS  NC_009440  61451  62146  696  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  YP_001190167  normal  0.0596195  hitchhiker  0.0096121  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0067  CDS  NC_009440  62180  62830  651  30S ribosomal protein S3Ae  YP_001190168  normal  0.0988671  normal  0.0101503  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0068  CDS  NC_009440  62802  64016  1215  nucleotidyl transferase  YP_001190169  normal  0.0170821  normal  0.011821  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0069  CDS  NC_009440  64095  65297  1203  translation-associated GTPase  YP_001190170  hitchhiker  1.83308e-05  normal  0.0114224  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0070  CDS  NC_009440  65368  66018  651  50S ribosomal protein L15e  YP_001190171  unclonable  5.12869e-11  normal  0.0100764  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0071  CDS  NC_009440  66024  66467  444  hypothetical protein  YP_001190172  unclonable  2.62103e-11  hitchhiker  0.00974404  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0072  CDS  NC_009440  66442  66981  540  hypothetical protein  YP_001190173  hitchhiker  8.75737e-10  normal  0.0105675  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0073  CDS  NC_009440  66962  67387  426  ribonuclease P-related protein  YP_001190174  hitchhiker  5.60284e-08  hitchhiker  0.00954201  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0074  CDS  NC_009440  67481  68203  723  proteasome subunit alpha  YP_001190175  hitchhiker  1.28954e-06  normal  0.0113396  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0075  CDS  NC_009440  68218  68916  699  putative RNA-associated protein  YP_001190176  hitchhiker  0.00402818  normal  0.0125546  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0076  CDS  NC_009440  68918  69661  744  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  YP_001190177  normal  0.141072  hitchhiker  0.00451109  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0077  CDS  NC_009440  69627  70364  738  exosome complex exonuclease Rrp41  YP_001190178  normal  0.206414  hitchhiker  0.00426445  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0078  CDS  NC_009440  70366  71208  843  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  YP_001190179  normal  0.175337  hitchhiker  0.00423326  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0079  CDS  NC_009440  71208  71426  219  50S ribosomal protein L37Ae  YP_001190180  normal  0.0714054  hitchhiker  0.000985782  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0080  CDS  NC_009440  71431  71910  480  ribosomal biogenesis protein, containing Brix domain  YP_001190181  normal  0.158541  hitchhiker  0.00026284  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0081  CDS  NC_009440  71907  72149  243  hypothetical protein  YP_001190182  normal  0.0434978  hitchhiker  0.000220669  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0082  CDS  NC_009440  72127  72513  387  prefoldin subunit beta  YP_001190183  normal  0.0164656  hitchhiker  0.000222575  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0083  CDS  NC_009440  72547  73239  693  ERCC4 domain-containing protein  YP_001190184  normal  0.131653  hitchhiker  4.30873e-05  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0084  CDS  NC_009440  73404  75614  2211  elongation factor EF-2  YP_001190185  normal  hitchhiker  1.02607e-05  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0085  CDS  NC_009440  75621  76346  726  HAD family hydrolase  YP_001190186  normal  0.658322  hitchhiker  5.71122e-06  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0086  CDS  NC_009440  76329  77633  1305  aminopeptidase  YP_001190187  normal  0.0111442  hitchhiker  7.1727e-06  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0087  CDS  NC_009440  77668  78240  573  hypothetical protein  YP_001190188  hitchhiker  0.000373944  hitchhiker  5.49385e-06  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0088  CDS  NC_009440  78253  79263  1011  3-isopropylmalate dehydrogenase  YP_001190189  hitchhiker  0.00287551  hitchhiker  6.27763e-06  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0089  CDS  NC_009440  79263  82463  3201  isoleucyl-tRNA synthetase  YP_001190190  hitchhiker  0.00020204  hitchhiker  1.51931e-05  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0090  CDS  NC_009440  82464  83192  729  hypothetical protein  YP_001190191  hitchhiker  1.42872e-07  hitchhiker  5.54802e-06  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0091  CDS  NC_009440  83347  84372  1026  50S ribosomal protein L3P  YP_001190192  hitchhiker  4.32349e-07  hitchhiker  6.58147e-06  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0092  CDS  NC_009440  84378  85169  792  50S ribosomal protein L4P  YP_001190193  hitchhiker  1.65336e-09  unclonable  3.83631e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0093  CDS  NC_009440  85166  85411  246  50S ribosomal protein L23P  YP_001190194  hitchhiker  2.49681e-09  unclonable  3.35999e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0094  CDS  NC_009440  85421  86137  717  50S ribosomal protein L2P  YP_001190195  hitchhiker  1.27555e-09  unclonable  4.29528e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0095  CDS  NC_009440  86170  86592  423  30S ribosomal protein S19P  YP_001190196  hitchhiker  6.07429e-10  unclonable  3.87819e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0096  CDS  NC_009440  86598  87068  471  50S ribosomal protein L22P  YP_001190197  hitchhiker  7.29368e-10  unclonable  4.29528e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0097  CDS  NC_009440  87072  87794  723  30S ribosomal protein S3P  YP_001190198  hitchhiker  1.79661e-07  unclonable  5.00549e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0098  CDS  NC_009440  87775  87981  207  50S ribosomal protein L29P  YP_001190199  hitchhiker  3.37188e-08  unclonable  4.12154e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0099  CDS  NC_009440  87968  88222  255  ribonuclease P, Rpp29  YP_001190200  hitchhiker  4.56403e-08  unclonable  4.38583e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Page 1 of 24    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>