12 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_0062 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009440  Msed_0062  DNA-directed RNA polymerase, subunit F  100 
 
 		 112 aa  223  9e-58  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.20245  normal  0.0943991 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1807  RNA polymerase Rpb4  49.09 
 
 		 113 aa  128  3e-29  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0764  RNA polymerase Rpb4  32 
 
 		 104 aa  53.1  0.000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1960  RNA polymerase Rpb4  43.24 
 
 		 116 aa  51.6  0.000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1982  RNA polymerase Rpb4  29.76 
 
 		 115 aa  50.4  0.000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.583012  normal  0.968231 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1569  DNA-directed RNA polymerase, subunit F  35.06 
 
 		 122 aa  47.4  0.00007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0257686 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0548  RNA polymerase Rpb4  36.49 
 
 		 116 aa  47.4  0.00007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.160889  normal  0.500611 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0623  RNA polymerase Rpb4  30.91 
 
 		 118 aa  45.1  0.0004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.570875  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2278  RNA polymerase Rpb4  30.63 
 
 		 118 aa  44.3  0.0005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.452982  normal  0.153083 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1873  RNA polymerase Rpb4  32.43 
 
 		 116 aa  42.4  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.339371 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2673  RNA polymerase Rpb4  27.93 
 
 		 118 aa  41.6  0.004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.406988 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3027  RNA polymerase Rpb4  29.76 
 
 		 117 aa  40.4  0.008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>