More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_0078 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009440  Msed_0078  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  100 
 
 		 280 aa  556  1e-157  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.175337  hitchhiker  0.00423326 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1791  3' exoribonuclease  72 
 
 		 275 aa  407  1e-113  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0998927  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0580  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  50.57 
 
 		 272 aa  231  8.000000000000001e-60  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0168  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  47.37 
 
 		 279 aa  221  9.999999999999999e-57  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00118576  normal  0.188024 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1361  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  45.08 
 
 		 257 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.918762  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0181  3' exoribonuclease  45.69 
 
 		 270 aa  214  9.999999999999999e-55  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0578869  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0433  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  42.86 
 
 		 272 aa  206  3e-52  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00701931 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1938  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  43.12 
 
 		 276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0835  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  44.4 
 
 		 274 aa  191  1e-47  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.127977 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0932  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  43.64 
 
 		 274 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1380  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  44.69 
 
 		 273 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2507  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  40.62 
 
 		 260 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.142847  normal  0.578454 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0200  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  41.42 
 
 		 259 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.411269  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC02010  exosome complex exonuclease rrp45, putative  26.34 
 
 		 281 aa  107  2e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA08280  Opa-interacting protein OIP2, putative  39.87 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06111  exosome complex endonuclease 2/ribosomal RNA processing protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G08860)  27.78 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.000000732301  normal  0.0523643 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_59559  predicted protein  29.38 
 
 		 307 aa  93.6  3e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0551  ribonuclease PH  31.03 
 
 		 261 aa  91.7  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2240  ribonuclease PH  27.34 
 
 		 248 aa  91.3  1e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000519616  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2536  ribonuclease PH  28.06 
 
 		 248 aa  90.1  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0273793  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1338  ribonuclease PH  30.59 
 
 		 240 aa  86.3  5e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0051  ribonuclease PH  27.56 
 
 		 243 aa  85.5  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.264051  normal  0.249454 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1952  ribonuclease PH  28.12 
 
 		 258 aa  84.3  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00230423  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0519  ribonuclease PH  29.55 
 
 		 250 aa  82.4  0.000000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000647915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30583  predicted protein  31.4 
 
 		 285 aa  82.4  0.000000000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0123665 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1795  ribonuclease PH  30.77 
 
 		 238 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0594826  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1532  ribonuclease PH  28.02 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000668093  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0523  ribonuclease PH  28.46 
 
 		 257 aa  80.1  0.00000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0705  ribonuclease PH  29.96 
 
 		 241 aa  80.5  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.531661 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2035  ribonuclease PH  28.81 
 
 		 238 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0857  ribonuclease PH  27.66 
 
 		 255 aa  80.1  0.00000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0105956  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2446  ribonuclease PH  30.31 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354995 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2030  ribonuclease PH  28.85 
 
 		 244 aa  79  0.00000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0062  ribonuclease PH  30.49 
 
 		 238 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5013  ribonuclease PH  30.49 
 
 		 238 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4144  ribonuclease PH  30.49 
 
 		 238 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00364124  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3978  ribonuclease PH  30.49 
 
 		 238 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.055913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4068  ribonuclease PH  30.49 
 
 		 238 aa  77  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.010474  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03500  ribonuclease PH  30.04 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0681369  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0068  ribonuclease PH  30.04 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000387167  hitchhiker  0.000000182868 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3852  ribonuclease PH  30.04 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0309904  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03452  hypothetical protein  30.04 
 
 		 230 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0505808  n/a   
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48173  predicted protein  30.18 
 
 		 764 aa  76.3  0.0000000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.738632  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0778  ribonuclease PH  30.59 
 
 		 237 aa  76.3  0.0000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.225332  normal  0.269396 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2159  ribonuclease PH  28.12 
 
 		 238 aa  76.3  0.0000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0019254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3206  ribonuclease PH  26.85 
 
 		 245 aa  76.3  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4060  ribonuclease PH  29.39 
 
 		 238 aa  75.9  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.944116 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3933  ribonuclease PH  29.39 
 
 		 238 aa  75.9  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.310122  hitchhiker  0.0000391387 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4121  ribonuclease PH  29.39 
 
 		 238 aa  75.9  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.790075  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4325  ribonuclease PH  29.17 
 
 		 243 aa  75.9  0.0000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4014  ribonuclease PH  29.39 
 
 		 238 aa  75.9  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3951  ribonuclease PH  29.39 
 
 		 238 aa  75.9  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0850  ribonuclease PH  29.61 
 
 		 256 aa  75.9  0.0000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0581  exosome complex exonuclease 1  29.92 
 
 		 245 aa  75.9  0.0000000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6110  ribonuclease PH  28.74 
 
 		 239 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.229557  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2705  tRNA nucleotidyltransferase  29.18 
 
 		 241 aa  75.5  0.0000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0973  ribonuclease PH  30.52 
 
 		 238 aa  75.5  0.0000000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4389  ribonuclease PH  27.48 
 
 		 247 aa  75.1  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000316498  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0852  ribonuclease PH  27.34 
 
 		 238 aa  75.1  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0159871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3622  ribonuclease PH  27.27 
 
 		 244 aa  75.1  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0193731  normal  0.687684 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3965  ribonuclease PH  29.44 
 
 		 238 aa  75.5  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0503837  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1977  ribonuclease PH  31.06 
 
 		 242 aa  74.3  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.87042  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1960  ribonuclease PH  29.07 
 
 		 238 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0244748  normal  0.445772 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4395  ribonuclease PH  29.82 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00847728  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2280  ribonuclease PH  28.52 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.865381 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2343  ribonuclease PH  31.06 
 
 		 242 aa  74.3  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0096  ribonuclease PH  28.7 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.50257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0006  ribonuclease PH  32.22 
 
 		 239 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.105449 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0397  ribonuclease PH  31.5 
 
 		 239 aa  74.7  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70420  ribonuclease PH  28.34 
 
 		 239 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0595  ribonuclease PH  29.48 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0165  ribonuclease PH  27.6 
 
 		 253 aa  73.6  0.000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0447089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4106  ribonuclease PH  29.39 
 
 		 238 aa  73.6  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0374298  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0153  ribonuclease PH  28.95 
 
 		 238 aa  73.6  0.000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0413  ribonuclease PH  31.48 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_5981  predicted protein  24.89 
 
 		 257 aa  73.2  0.000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00562126  normal  0.193352 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3202  ribonuclease PH  28.52 
 
 		 245 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0193809  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2311  ribonuclease PH  27.48 
 
 		 239 aa  73.2  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_16560  predicted protein  26.14 
 
 		 269 aa  73.6  0.000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3361  ribonuclease PH  30.9 
 
 		 239 aa  73.2  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.32981  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0567  ribonuclease PH  29.82 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4586  ribonuclease PH  28.76 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.410943  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4377  ribonuclease PH  28.76 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0247337  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4218  ribonuclease PH  28.76 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00495722  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4234  ribonuclease PH  28.76 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4621  ribonuclease PH  28.76 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0007934  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4715  ribonuclease PH  28.76 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000515992  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0006  ribonuclease PH  32.9 
 
 		 239 aa  72.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173681 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4571  ribonuclease PH  28.76 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0634  ribonuclease PH  28.76 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000189888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1505  ribonuclease PH  28.52 
 
 		 261 aa  72.8  0.000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4847  ribonuclease PH  29.57 
 
 		 238 aa  72.4  0.000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.104243  hitchhiker  0.00000603572 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3443  ribonuclease PH  30.9 
 
 		 239 aa  71.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12235  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3507  ribonuclease PH  30.9 
 
 		 239 aa  71.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0453  tRNA nucleotidyltransferase  27.73 
 
 		 239 aa  71.6  0.00000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1971  ribonuclease PH  26.67 
 
 		 251 aa  71.2  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.402894  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4160  ribonuclease PH  29.46 
 
 		 238 aa  71.2  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40103  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4386  ribonuclease PH  27.27 
 
 		 239 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0782226 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2535  ribonuclease PH  29.8 
 
 		 237 aa  71.2  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0049  ribonuclease PH  29.46 
 
 		 238 aa  71.2  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>