More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_0007 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009440  Msed_0007  ribosomal RNA methyltransferase NOP2  100 
 
 
336 aa  687    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.138281 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1228  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  49.71 
 
 
339 aa  361  1e-98  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_2054  predicted protein  38.65 
 
 
485 aa  225  8e-58  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_25394  predicted protein  37.62 
 
 
528 aa  203  3e-51  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_91345  nucleolar RNA methyltransferase  35.83 
 
 
625 aa  200  3e-50  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.179856 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0282  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  35.57 
 
 
302 aa  195  1e-48  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB02220  nucleolus protein, putative  35.02 
 
 
695 aa  193  4e-48  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0735574  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08073  nucleolar RNA methyltransferase (Nop2), putative (AFU_orthologue; AFUA_5G01760)  36.19 
 
 
788 aa  191  1e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.322316  normal  0.90309 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2113  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  36.86 
 
 
503 aa  187  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000343432 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01806  predicted methyltransferase  36.33 
 
 
479 aa  181  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.88495  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01794  hypothetical protein  36.33 
 
 
479 aa  181  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0341  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  34.54 
 
 
302 aa  181  1e-44  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2064  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  36.33 
 
 
481 aa  181  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.2344  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02352  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  38.23 
 
 
501 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003425  ribosomal RNA small subunit methyltransferase F  37.37 
 
 
478 aa  181  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.837447  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2103  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  36.33 
 
 
481 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0235271  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1538  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  38.78 
 
 
473 aa  180  4e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1352  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  36.49 
 
 
481 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.312061  normal  0.0948873 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1807  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  36 
 
 
481 aa  179  7e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0366277  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1797  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  36.51 
 
 
481 aa  179  7e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.396046  normal  0.0585336 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1926  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  36.51 
 
 
481 aa  179  7e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.79578  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2136  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.58 
 
 
484 aa  179  7e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1110  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.96 
 
 
503 aa  179  8e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153136  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0526  tRNA (cytosine-5-)-methyltransferase  33.55 
 
 
499 aa  179  8e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2695  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  38.14 
 
 
325 aa  178  9e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1993  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  36.7 
 
 
513 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1848  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.37 
 
 
484 aa  177  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2568  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.81 
 
 
479 aa  177  3e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.401694  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1989  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  36.7 
 
 
513 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00458134 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1583  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.59 
 
 
486 aa  177  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.855297  normal  0.597939 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1465  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  36.7 
 
 
479 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.331125  normal  0.160256 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1281  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  36.7 
 
 
479 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0638049  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2051  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  36.7 
 
 
513 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.390449  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0666  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  33.77 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.728996  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1986  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.91 
 
 
478 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0149307 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1665  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.25 
 
 
509 aa  172  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1936  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  33.44 
 
 
481 aa  171  2e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00306451  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1541  RNA methylase  39.56 
 
 
275 aa  171  2e-41  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.719796  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1740  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.25 
 
 
510 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2039  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.74 
 
 
467 aa  171  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.137623  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2236  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.48 
 
 
484 aa  171  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1267  Fmu (Sun) domain protein  33.12 
 
 
460 aa  170  4e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1770  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.9 
 
 
510 aa  169  5e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.475142  normal  0.596617 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2046  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.13 
 
 
505 aa  169  6e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.362171  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2224  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.62 
 
 
481 aa  168  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.508935 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2609  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.22 
 
 
474 aa  167  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2033  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  33 
 
 
302 aa  167  2e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1108  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  37.93 
 
 
301 aa  167  2e-40  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000188231  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1927  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.62 
 
 
488 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2644  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.05 
 
 
478 aa  167  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0597695 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1752  sun protein  35.65 
 
 
444 aa  166  5e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.731166  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2455  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  31.68 
 
 
505 aa  165  9e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1840  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.33 
 
 
482 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2448  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  31.68 
 
 
505 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2568  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  31.68 
 
 
505 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.378579  normal  0.101279 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0700  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  36.14 
 
 
321 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2749  NOL1/NOP2/sun family protein  35.99 
 
 
319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3612  sun protein  32.54 
 
 
464 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1896  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  31.68 
 
 
505 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.167738 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2079  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.44 
 
 
481 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1457  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  44.86 
 
 
335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0378  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  39.93 
 
 
265 aa  164  3e-39  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0306061 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1437  sun protein  33.76 
 
 
430 aa  164  3e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0056  Fmu (Sun) domain-containing protein  32.99 
 
 
485 aa  163  5.0000000000000005e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2210  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  31.73 
 
 
505 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2830  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  31.39 
 
 
305 aa  161  1e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.82296  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2405  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.34 
 
 
480 aa  160  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0458  ribosomal RNA methyltransferase NOP2  39.19 
 
 
277 aa  160  2e-38  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1219  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  34.43 
 
 
455 aa  159  5e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0979  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  32.68 
 
 
460 aa  158  1e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1485  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  29.93 
 
 
314 aa  158  1e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0620  Fmu (Sun) domain-containing protein  32.29 
 
 
474 aa  158  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109548 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3242  sun protein  30.95 
 
 
452 aa  158  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0117569  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0066  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase:Nop2p  32.54 
 
 
446 aa  157  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1591  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  33.77 
 
 
454 aa  155  7e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.558771  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0449  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  44.61 
 
 
265 aa  155  1e-36  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.23472  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2580  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  32.36 
 
 
454 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1591  sun protein  30.56 
 
 
452 aa  152  5e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1707  sun protein  32.72 
 
 
453 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1532  sun protein  33.33 
 
 
449 aa  152  5.9999999999999996e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0193  sun protein  32.23 
 
 
448 aa  152  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000593735  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4428  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  28.04 
 
 
449 aa  151  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1306  RNA methylase NOL1/NOP2/sun family  35.16 
 
 
457 aa  150  2e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.085217 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0571  sun protein  30.72 
 
 
455 aa  150  2e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0809795  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0901  Fmu (Sun) domain-containing protein  33.77 
 
 
455 aa  151  2e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0900  sun protein  30.86 
 
 
457 aa  150  3e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3433  Fmu (Sun) domain-containing protein  29.78 
 
 
424 aa  150  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.593781 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3528  sun protein  30.61 
 
 
448 aa  149  7e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3594  sun protein  30.9 
 
 
448 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3373  Sun protein  28.74 
 
 
448 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3218  Fmu (Sun) domain-containing protein  31.76 
 
 
470 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3160  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  34.59 
 
 
456 aa  146  5e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2172  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  32.36 
 
 
471 aa  144  2e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000128077  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0672  sun protein  28.66 
 
 
451 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0363723  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0652  sun protein  29.04 
 
 
451 aa  143  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0682  sun protein  25.71 
 
 
443 aa  143  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0449767  normal  0.911889 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09930  sun protein  30.65 
 
 
440 aa  142  6e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4706  sun protein  27.94 
 
 
446 aa  141  9.999999999999999e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0962  sun protein  26.84 
 
 
451 aa  141  9.999999999999999e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.316292  normal  0.597237 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2311  sun protein  29.34 
 
 
452 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.362668  hitchhiker  0.000826968 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>