More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2155 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2155  multi anti extrusion protein MatE  100 
 
 		 460 aa  897    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.185662  normal  0.158965 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1477  MATE efflux family protein  47.2 
 
 		 462 aa  363  4e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1128  multi antimicrobial extrusion protein MatE  46.86 
 
 		 455 aa  330  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.21564 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0975  multi antimicrobial extrusion protein MatE  45.52 
 
 		 454 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.54938 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0678  multi anti extrusion protein MatE  43.16 
 
 		 463 aa  286  4e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.026255  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03665  C-5 cytosine-specific DNA methylase:Multi antimicrobial extrusion (MatE) protein  26.76 
 
 		 455 aa  129  7.000000000000001e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1387  MATE efflux family protein  29.37 
 
 		 454 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00032817  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1496  Na+ driven multidrug efflux pump  25.42 
 
 		 451 aa  117  3e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00660126  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1486  Na+ driven multidrug efflux pump  25.42 
 
 		 451 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1709  putative MATE efflux family protein  24.76 
 
 		 451 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1524  MATE efflux family protein  24.76 
 
 		 451 aa  117  5e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.942742  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1642  MATE efflux family protein  24.76 
 
 		 451 aa  117  5e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2170  multi anti extrusion protein MatE  28.23 
 
 		 546 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.044702  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1528  MATE efflux family protein  24.24 
 
 		 452 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1678  putative MATE efflux family protein  24.28 
 
 		 451 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.131479  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0012  MATE efflux family protein  23.4 
 
 		 477 aa  114  4.0000000000000004e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000348389  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2206  multi antimicrobial extrusion protein MatE  27.72 
 
 		 541 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.711563  normal  0.711708 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3666  putative MATE efflux family protein  24.28 
 
 		 451 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.269496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1783  putative MATE efflux family protein  24.52 
 
 		 451 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1732  MATE efflux family protein, putative  24.28 
 
 		 451 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0426272  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1652  MATE efflux family protein  25.4 
 
 		 454 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000778713  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2309  multi anti extrusion protein MatE  27.18 
 
 		 541 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.324843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1953  MATE efflux family protein  27.82 
 
 		 454 aa  110  8.000000000000001e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3452  MATE efflux family protein  24.89 
 
 		 445 aa  108  3e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000316888  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0877  MATE efflux family protein  23.3 
 
 		 447 aa  107  3e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.371074  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2612  MATE efflux family protein  24.16 
 
 		 459 aa  105  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1726  MATE efflux family protein  22.47 
 
 		 447 aa  105  1e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1925  MATE efflux family protein  25.46 
 
 		 455 aa  105  1e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.16171  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1813  MATE efflux family protein  28.87 
 
 		 461 aa  105  2e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  unclonable  0.000000145997  normal  0.0820418 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0255  MATE efflux family protein  27.32 
 
 		 448 aa  105  2e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.392054  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0313  hypothetical protein  24.67 
 
 		 455 aa  105  2e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00088835  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1582  multi antimicrobial extrusion protein MatE  27.16 
 
 		 467 aa  104  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000200155  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0185  MATE efflux family protein  22.47 
 
 		 449 aa  103  6e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1796  MATE efflux family protein  23.58 
 
 		 448 aa  102  1e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  unclonable  0.00000000911844 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1851  MATE efflux family protein  26.61 
 
 		 475 aa  102  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00783953  normal  0.201536 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4053  multidrug efflux pump VmrA  24.24 
 
 		 465 aa  102  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0091  MATE efflux family protein  27.27 
 
 		 454 aa  102  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0849  MATE efflux family protein  24.64 
 
 		 447 aa  101  2e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1577  MATE efflux family protein  25.17 
 
 		 447 aa  102  2e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.283423  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3710  MATE efflux family protein  26.85 
 
 		 455 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.232724  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0006  MATE efflux family protein  23.6 
 
 		 442 aa  100  5e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0243937 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1180  MATE efflux family protein  24.51 
 
 		 455 aa  100  5e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0814  MATE efflux family protein subfamily  22.9 
 
 		 451 aa  100  6e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0013446  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0670  MATE efflux family protein  26.85 
 
 		 455 aa  100  7e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0643  MATE efflux family protein  26.85 
 
 		 455 aa  99.8  9e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3395  MATE efflux family protein  24.14 
 
 		 461 aa  99.4  1e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0666  MATE efflux family protein  26.85 
 
 		 455 aa  99.4  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3704  hypothetical protein  24.17 
 
 		 496 aa  98.2  3e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.546893 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2080  MATE efflux family protein  26.56 
 
 		 454 aa  97.8  4e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.634791 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0181  multidrug efflux pump VmrA  26.35 
 
 		 446 aa  97.4  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1225  MATE efflux family protein  23.57 
 
 		 452 aa  97.4  5e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2307  MATE efflux family protein  25.06 
 
 		 451 aa  97.1  7e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000000873712  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1583  MATE efflux family protein  24.89 
 
 		 445 aa  96.3  1e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000267124  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3207  putative transmembrane efflux protein  27.25 
 
 		 467 aa  95.9  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00227095 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0702  MATE efflux family protein  26.39 
 
 		 452 aa  95.5  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2347  MATE efflux family protein  22.37 
 
 		 466 aa  95.1  2e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000304243  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1604  MATE efflux family protein  24.88 
 
 		 450 aa  95.5  2e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0307  MATE efflux family protein  22.08 
 
 		 451 aa  95.1  2e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3319  MATE efflux family protein  24.25 
 
 		 460 aa  94.4  4e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00330578  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2656  MATE efflux family protein  23.25 
 
 		 455 aa  94  5e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000320959  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0333  MATE efflux family protein  23.67 
 
 		 451 aa  93.6  7e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0189347  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0997  MATE efflux family protein  26.71 
 
 		 437 aa  92.8  1e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.207525  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1754  multi anti extrusion protein MatE  23.71 
 
 		 452 aa  90.9  4e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.580282  normal  0.069865 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03390  multidrug efflux pump VmrA  24.28 
 
 		 448 aa  90.9  5e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1133  MATE efflux family protein  26.48 
 
 		 437 aa  90.1  7e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1463  MATE efflux family protein  24.25 
 
 		 440 aa  90.1  8e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0174433  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2191  multi antimicrobial extrusion protein MatE  23.23 
 
 		 446 aa  89.4  1e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1655  multi antimicrobial extrusion protein MatE  23.13 
 
 		 450 aa  89.7  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.2584 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002616  multidrug resistance efflux pump  23.2 
 
 		 448 aa  89.4  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3691  MATE efflux family protein  26.5 
 
 		 453 aa  89  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.830643  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1735  MATE efflux family protein  23.22 
 
 		 442 aa  89  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00244827  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3399  MATE efflux family protein  25.64 
 
 		 452 aa  88.6  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00107141 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0553  MATE efflux family protein  25.87 
 
 		 452 aa  89  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1662  MATE efflux family protein  25.37 
 
 		 453 aa  88.6  2e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.226136  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4310  MATE efflux family protein  24.77 
 
 		 451 aa  89  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1053  MATE efflux family protein  22.97 
 
 		 462 aa  89  2e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  1.2115099999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1071  MATE efflux family protein  25.17 
 
 		 475 aa  88.6  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1120  MATE efflux family protein  24.56 
 
 		 444 aa  87.8  3e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2775  MATE efflux family protein  25.5 
 
 		 456 aa  88.2  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0147  MATE efflux family protein  22.12 
 
 		 462 aa  87.4  5e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000317216  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0743  MATE efflux family protein  24.35 
 
 		 454 aa  87.4  5e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000193663  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3126  MATE efflux family protein  25 
 
 		 455 aa  87.4  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.113083  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0548  MATE efflux family protein  22.22 
 
 		 459 aa  87  6e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.0000824418  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1858  MATE efflux family protein  26.92 
 
 		 467 aa  87  7e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0434953  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0699  MATE efflux family protein  25.59 
 
 		 456 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250563  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1654  MATE efflux family protein  25.24 
 
 		 473 aa  85.9  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1409  MATE efflux family protein  25 
 
 		 460 aa  85.9  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.851568  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6251  MATE efflux family protein  24.94 
 
 		 461 aa  85.1  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2445  multi anti extrusion protein MatE  25.5 
 
 		 443 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3492  integral membrane protein  26.25 
 
 		 485 aa  84.7  0.000000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0396785  normal  0.244149 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2291  MATE efflux family protein  26.37 
 
 		 460 aa  84.3  0.000000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3000  MATE efflux family protein  22.72 
 
 		 458 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.649705  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2544  MATE efflux family protein  21.27 
 
 		 455 aa  84.3  0.000000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3569  MATE efflux family protein  25.41 
 
 		 452 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0796958  normal  0.0492062 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2859  MATE efflux family protein  21.36 
 
 		 455 aa  84  0.000000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0967  multi antimicrobial extrusion protein MatE  20.8 
 
 		 434 aa  83.6  0.000000000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000590306  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2975  multidrug efflux pump VmrA  22 
 
 		 459 aa  83.2  0.000000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0592966 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2060  MATE efflux family protein  23.34 
 
 		 456 aa  83.2  0.000000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000022927  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2653  MATE efflux family protein  27.63 
 
 		 484 aa  82  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2508  multi anti extrusion protein MatE  27.23 
 
 		 463 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>