188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5880 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5880  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 376 aa  744    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0408226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5548  oxidoreductase  67.65 
 
 		 373 aa  524  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5421  FAD dependent oxidoreductase  63.07 
 
 		 378 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.594548  hitchhiker  0.00675978 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5125  FAD dependent oxidoreductase  62.6 
 
 		 378 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.78521  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1979  FAD dependent oxidoreductase  53.55 
 
 		 373 aa  379  1e-104  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.464773  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0176  FAD dependent oxidoreductase  55.23 
 
 		 373 aa  379  1e-104  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.252508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27740  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  48.1 
 
 		 388 aa  318  7.999999999999999e-86  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1878  FAD dependent oxidoreductase  36.69 
 
 		 379 aa  194  2e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.386717 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2536  FAD dependent oxidoreductase  32.36 
 
 		 364 aa  147  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7399  oxidoreductase  30.38 
 
 		 376 aa  135  9e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2715  FAD dependent oxidoreductase  30 
 
 		 424 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2449  FAD dependent oxidoreductase  27.03 
 
 		 351 aa  120  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0412608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3583  FAD dependent oxidoreductase  30.33 
 
 		 390 aa  117  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.445103 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0576  FAD dependent oxidoreductase  28 
 
 		 365 aa  113  5e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00335958  normal  0.200985 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2618  FAD dependent oxidoreductase  26.51 
 
 		 403 aa  90.9  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.922847 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3033  glycine oxidase ThiO  25.52 
 
 		 382 aa  79  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000572882  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0139  glycine oxidase ThiO  29.55 
 
 		 376 aa  67.8  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2431  D-amino-acid dehydrogenase  25.47 
 
 		 416 aa  67.4  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0276149 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2099  glycine oxidase ThiO  26.53 
 
 		 374 aa  67.4  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.119028  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1087  FAD dependent oxidoreductase  29.06 
 
 		 425 aa  66.2  0.0000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0462  glycine oxidase  26.5 
 
 		 378 aa  65.1  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06647  conserved hypothetical protein  29.63 
 
 		 440 aa  64.3  0.000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1985  FAD dependent oxidoreductase  22.81 
 
 		 387 aa  64.7  0.000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.886969  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2597  FAD dependent oxidoreductase  26.65 
 
 		 415 aa  62  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2281  FAD dependent oxidoreductase  24.68 
 
 		 385 aa  60.5  0.00000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.405661  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2797  d-amino-acid dehydrogenase  30.12 
 
 		 419 aa  60.1  0.00000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337327  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2308  FAD dependent oxidoreductase  25.4 
 
 		 395 aa  59.7  0.00000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6771  glycine oxidase ThiO  28.98 
 
 		 410 aa  60.1  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0688  FAD dependent oxidoreductase  23.77 
 
 		 382 aa  59.3  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.148887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4955  FAD dependent oxidoreductase  26.91 
 
 		 442 aa  58.2  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.916041  normal  0.433563 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1545  D-amino-acid dehydrogenase  27.12 
 
 		 406 aa  58.2  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02786  conserved hypothetical protein  24.25 
 
 		 428 aa  57.8  0.0000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3518  FAD dependent oxidoreductase  25.48 
 
 		 431 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00768036  normal  0.224647 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1735  glycine oxidase ThiO  23.77 
 
 		 368 aa  57.8  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0536  FAD dependent oxidoreductase  27.39 
 
 		 388 aa  57.8  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0157  glycine oxidase ThiO  32.06 
 
 		 376 aa  57.4  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0146  glycine oxidase ThiO  32.06 
 
 		 376 aa  57.4  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.473112  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2192  FAD dependent oxidoreductase  25.07 
 
 		 375 aa  57  0.0000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0595  FAD dependent oxidoreductase  21.79 
 
 		 390 aa  57  0.0000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.140462  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2181  FAD dependent oxidoreductase  25.54 
 
 		 389 aa  56.6  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0011039 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4423  FAD dependent oxidoreductase  25 
 
 		 372 aa  56.2  0.0000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4274  FAD dependent oxidoreductase  22.15 
 
 		 418 aa  55.5  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL05050  conserved hypothetical protein  25.78 
 
 		 456 aa  55.5  0.000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4032  FAD dependent oxidoreductase  27.02 
 
 		 375 aa  55.5  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.120783 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2539  agaE protein  23.61 
 
 		 442 aa  54.7  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.154835  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3551  FAD dependent oxidoreductase  27.09 
 
 		 375 aa  54.7  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3977  FAD dependent oxidoreductase  25.54 
 
 		 377 aa  54.7  0.000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0918  FAD dependent oxidoreductase  24.56 
 
 		 960 aa  53.9  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1159  putative FAD dependent oxidoreductase  23.21 
 
 		 428 aa  53.5  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1284  FAD-dependent oxidoreductase  23.92 
 
 		 442 aa  53.5  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4446  FAD dependent oxidoreductase  25.9 
 
 		 375 aa  53.1  0.000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.750872 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6548  FAD dependent oxidoreductase  25.66 
 
 		 374 aa  53.1  0.000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490591  normal  0.300453 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1294  hypothetical protein  23.92 
 
 		 442 aa  53.1  0.000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0272  hypothetical protein  23.92 
 
 		 442 aa  53.1  0.000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0655938  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0543  hypothetical protein  23.92 
 
 		 442 aa  53.1  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1362  FAD-dependent oxidoreductase  23.92 
 
 		 442 aa  53.1  0.000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1023  FAD-dependent oxidoreductase  23.92 
 
 		 442 aa  53.1  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1044  thiamine biosynthesis oxidoreductase ThiO  26.82 
 
 		 391 aa  52.8  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6396  FAD dependent oxidoreductase  26.13 
 
 		 482 aa  52.4  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0152469  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1893  FAD dependent oxidoreductase  27.47 
 
 		 375 aa  52.4  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.534087 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23290  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  30.5 
 
 		 420 aa  52.8  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2783  glycine oxidase ThiO  24.35 
 
 		 372 aa  52.4  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.256999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3166  FAD dependent oxidoreductase  24.38 
 
 		 430 aa  52.4  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.71572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8321  D-nopaline dehydrogenase  24.57 
 
 		 380 aa  52.4  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.869573  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0236  AgaE protein  25.86 
 
 		 447 aa  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1879  FAD dependent oxidoreductase  26.2 
 
 		 447 aa  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.846969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3761  FAD dependent oxidoreductase  23.83 
 
 		 431 aa  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1254  FAD dependent oxidoreductase  24.7 
 
 		 799 aa  51.2  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0777915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3378  FAD dependent oxidoreductase  27.04 
 
 		 375 aa  50.8  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.344294  normal  0.353692 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  25.17 
 
 		 415 aa  50.8  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1839  FAD dependent oxidoreductase  26.67 
 
 		 376 aa  50.8  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.672748  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1769  hypothetical protein  24.29 
 
 		 446 aa  50.4  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000748216 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2070  FAD dependent oxidoreductase  28.24 
 
 		 413 aa  50.4  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0259945 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4225  FAD dependent oxidoreductase  27.31 
 
 		 375 aa  50.1  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0211166  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4141  FAD dependent oxidoreductase  27.31 
 
 		 375 aa  50.1  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.659228  normal  0.0539213 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1461  putative lipoprotein  23.86 
 
 		 436 aa  50.1  0.00007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4956  FAD dependent oxidoreductase  25.19 
 
 		 439 aa  49.7  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.579279  normal  0.246978 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0143  glycine oxidase ThiO  32.06 
 
 		 375 aa  49.7  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.23525 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1184  FAD dependent oxidoreductase  27.9 
 
 		 514 aa  49.7  0.00008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0765  putative FAD dependent oxidoreductase  24.31 
 
 		 442 aa  49.7  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.144956 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1275  FAD dependent oxidoreductase  29.88 
 
 		 482 aa  49.7  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.189046  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4457  nopaline dehydrogenase, putative  23.86 
 
 		 375 aa  49.7  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000050216 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0696  glycine oxidase  21.28 
 
 		 369 aa  49.3  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0730  glycine oxidase  21.28 
 
 		 369 aa  49.3  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7518  glycine oxidase ThiO  27.62 
 
 		 402 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.316675  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8165  oxidoreductase  22.75 
 
 		 460 aa  49.3  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0557691  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5700  FAD dependent oxidoreductase  24.64 
 
 		 374 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1818  D-amino-acid dehydrogenase  25.7 
 
 		 419 aa  49.3  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6064  FAD dependent oxidoreductase  24.64 
 
 		 374 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0827  D-amino-acid dehydrogenase  30.3 
 
 		 419 aa  49.3  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.365024  normal  0.0750347 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5517  FAD dependent oxidoreductase  28.04 
 
 		 441 aa  48.9  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.176807  normal  0.255694 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1838  FAD dependent oxidoreductase  23.33 
 
 		 430 aa  49.3  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.659002  normal  0.295676 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4123  hypothetical protein  25.78 
 
 		 371 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00603105  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0928  FAD dependent oxidoreductase  24.15 
 
 		 383 aa  49.3  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.559929 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0094  glycine oxidase ThiO  28.89 
 
 		 368 aa  48.9  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.883041  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1764  D-amino-acid dehydrogenase  21.96 
 
 		 422 aa  49.3  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.124563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0813  FAD dependent oxidoreductase  22.13 
 
 		 441 aa  48.9  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5888  oxidoreductase  22.6 
 
 		 445 aa  48.5  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3916  FAD dependent oxidoreductase  26.56 
 
 		 510 aa  48.5  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0082  FAD dependent oxidoreductase  27.32 
 
 		 393 aa  48.5  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>