180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5548 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5548  oxidoreductase  100 
 
 		 373 aa  747    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5880  FAD dependent oxidoreductase  67.65 
 
 		 376 aa  524  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0408226  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5125  FAD dependent oxidoreductase  67.47 
 
 		 378 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.78521  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5421  FAD dependent oxidoreductase  66.58 
 
 		 378 aa  490  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.594548  hitchhiker  0.00675978 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1979  FAD dependent oxidoreductase  52.34 
 
 		 373 aa  383  1e-105  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.464773  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0176  FAD dependent oxidoreductase  49.6 
 
 		 373 aa  352  5e-96  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.252508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27740  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  45.9 
 
 		 388 aa  323  4e-87  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1878  FAD dependent oxidoreductase  32.31 
 
 		 379 aa  159  7e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.386717 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2536  FAD dependent oxidoreductase  31.28 
 
 		 364 aa  140  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7399  oxidoreductase  26.86 
 
 		 376 aa  133  6e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2715  FAD dependent oxidoreductase  26.75 
 
 		 424 aa  110  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0576  FAD dependent oxidoreductase  28.87 
 
 		 365 aa  105  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00335958  normal  0.200985 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2449  FAD dependent oxidoreductase  26.32 
 
 		 351 aa  99  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0412608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3583  FAD dependent oxidoreductase  27.67 
 
 		 390 aa  98.6  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.445103 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2618  FAD dependent oxidoreductase  25.07 
 
 		 403 aa  75.9  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.922847 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0595  FAD dependent oxidoreductase  22.25 
 
 		 390 aa  74.7  0.000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.140462  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2797  d-amino-acid dehydrogenase  26.83 
 
 		 419 aa  73.9  0.000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337327  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2431  D-amino-acid dehydrogenase  25.47 
 
 		 416 aa  73.6  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0276149 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2597  FAD dependent oxidoreductase  25.76 
 
 		 415 aa  72.8  0.000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2192  FAD dependent oxidoreductase  26.76 
 
 		 375 aa  70.1  0.00000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23290  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  25.41 
 
 		 420 aa  69.3  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4274  FAD dependent oxidoreductase  23.79 
 
 		 418 aa  68.2  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1686  FAD dependent oxidoreductase  24.94 
 
 		 401 aa  66.6  0.0000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.470832  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0688  FAD dependent oxidoreductase  24.47 
 
 		 382 aa  64.3  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.148887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0462  glycine oxidase  24.54 
 
 		 378 aa  64.7  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4423  FAD dependent oxidoreductase  28.49 
 
 		 372 aa  62.8  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0573  FAD dependent oxidoreductase  25.86 
 
 		 390 aa  62.8  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1735  glycine oxidase ThiO  23.28 
 
 		 368 aa  61.6  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5700  FAD dependent oxidoreductase  26.24 
 
 		 374 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6064  FAD dependent oxidoreductase  26.24 
 
 		 374 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6548  FAD dependent oxidoreductase  26.24 
 
 		 374 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490591  normal  0.300453 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2783  glycine oxidase ThiO  25.65 
 
 		 372 aa  61.2  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.256999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1833  opine oxidase subunit B  25 
 
 		 378 aa  61.2  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.510651 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1254  FAD dependent oxidoreductase  27 
 
 		 799 aa  60.8  0.00000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0777915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2281  FAD dependent oxidoreductase  24.43 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.405661  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1848  FAD dependent oxidoreductase  25.34 
 
 		 373 aa  60.5  0.00000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.344381  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0827  D-amino-acid dehydrogenase  31.72 
 
 		 419 aa  60.1  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.365024  normal  0.0750347 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2742  DadA family oxidoreductase  24.53 
 
 		 371 aa  59.7  0.00000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00153462  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2529  DadA family oxidoreductase  24.53 
 
 		 371 aa  60.1  0.00000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0933493  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2454  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.52 
 
 		 371 aa  59.7  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.295637  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2715  DadA family oxidoreductase  24.53 
 
 		 371 aa  60.1  0.00000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2728  oxidoreductase, DadA family  24.53 
 
 		 371 aa  59.7  0.00000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000981681 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0787  glycine oxidase ThiO  22.83 
 
 		 369 aa  59.7  0.00000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.564699  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2777  oxidoreductase, DadA family  24.53 
 
 		 371 aa  59.7  0.00000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.848486  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4544  glycine oxidase ThiO  22.73 
 
 		 369 aa  59.3  0.00000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.569361 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02786  conserved hypothetical protein  25.19 
 
 		 428 aa  58.9  0.0000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1985  FAD dependent oxidoreductase  23.44 
 
 		 387 aa  58.9  0.0000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.886969  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2489  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  24.26 
 
 		 371 aa  58.5  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000926626  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4693  FAD dependent oxidoreductase  23.93 
 
 		 423 aa  58.5  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2099  glycine oxidase ThiO  25.06 
 
 		 374 aa  57.8  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.119028  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_40271  predicted protein  25.56 
 
 		 446 aa  58.2  0.0000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2732  oxidoreductase, DadA family  23.99 
 
 		 371 aa  57.4  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.909372  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2430  FAD dependent oxidoreductase  24.53 
 
 		 371 aa  57.4  0.0000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0834847  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0646  glycine oxidase ThiO  22.61 
 
 		 369 aa  57.4  0.0000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0696  glycine oxidase  21.89 
 
 		 369 aa  57  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0730  glycine oxidase  21.89 
 
 		 369 aa  57  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1764  D-amino-acid dehydrogenase  22.66 
 
 		 422 aa  57  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.124563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2569  oxidoreductase, DadA family  23.99 
 
 		 371 aa  57  0.0000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0599885 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0918  FAD dependent oxidoreductase  24.69 
 
 		 960 aa  56.6  0.0000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1962  FAD dependent oxidoreductase  23.43 
 
 		 382 aa  56.6  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1426  FAD dependent oxidoreductase  26.4 
 
 		 374 aa  56.2  0.0000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0313349  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0640  glycine oxidase  22.7 
 
 		 369 aa  56.2  0.0000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0139  glycine oxidase ThiO  27.68 
 
 		 376 aa  56.2  0.0000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0928  FAD dependent oxidoreductase  25.07 
 
 		 383 aa  55.5  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.559929 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8321  D-nopaline dehydrogenase  25.45 
 
 		 380 aa  56.2  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.869573  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0198  FAD dependent oxidoreductase  26.4 
 
 		 408 aa  55.8  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.777626  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0807  glycine oxidase ThiO  22.43 
 
 		 369 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.35515e-47 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0640  glycine oxidase  22.7 
 
 		 369 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3470  D-amino-acid dehydrogenase  27.76 
 
 		 458 aa  55.5  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.721107 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0884  glycine oxidase ThiO  23.24 
 
 		 369 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00117191  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6771  glycine oxidase ThiO  25 
 
 		 410 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  23.19 
 
 		 413 aa  54.3  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0536  FAD dependent oxidoreductase  28.65 
 
 		 388 aa  54.7  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0800  glycine oxidase  22.73 
 
 		 369 aa  54.3  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2371  FAD dependent oxidoreductase  24.67 
 
 		 377 aa  53.5  0.000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0813  FAD dependent oxidoreductase  23.51 
 
 		 441 aa  53.1  0.000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1989  FAD dependent oxidoreductase  23.08 
 
 		 382 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00570868  normal  0.118525 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0647  D-amino-acid dehydrogenase  27.74 
 
 		 452 aa  52.4  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.685795  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000037  nopaline dehydrogenase putative  24.53 
 
 		 365 aa  52.4  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3545  D-amino acid dehydrogenase  23.23 
 
 		 462 aa  52.8  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1159  putative FAD dependent oxidoreductase  22.91 
 
 		 428 aa  51.6  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31600  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  24.46 
 
 		 389 aa  51.2  0.00003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5087  FAD dependent oxidoreductase  26.3 
 
 		 349 aa  50.8  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6294  FAD dependent oxidoreductase  25.37 
 
 		 387 aa  51.2  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0683  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  49.18 
 
 		 409 aa  50.8  0.00004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1275  FAD dependent oxidoreductase  31.12 
 
 		 482 aa  50.8  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.189046  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4400  FAD dependent oxidoreductase  26.25 
 
 		 371 aa  50.4  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5297  oxidoreductase  21.77 
 
 		 443 aa  50.4  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.893259  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0729  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  47.54 
 
 		 409 aa  50.1  0.00006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4955  FAD dependent oxidoreductase  28.08 
 
 		 442 aa  50.1  0.00006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.916041  normal  0.433563 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0284  FAD dependent oxidoreductase  22.88 
 
 		 376 aa  50.1  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7518  glycine oxidase ThiO  26.45 
 
 		 402 aa  49.7  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.316675  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5919  FAD dependent oxidoreductase  25.13 
 
 		 398 aa  49.7  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000776638  normal  0.0692698 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2308  FAD dependent oxidoreductase  22.31 
 
 		 395 aa  49.7  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4416  FAD dependent oxidoreductase  24.29 
 
 		 378 aa  48.9  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.426575  normal  0.912547 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  23.13 
 
 		 415 aa  48.9  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1343  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  29.94 
 
 		 654 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3808  FAD dependent oxidoreductase  24.87 
 
 		 385 aa  48.9  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.876353 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6338  FAD dependent oxidoreductase  21.31 
 
 		 446 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3433  FAD dependent oxidoreductase  27.57 
 
 		 414 aa  48.1  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>