More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4457 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4457  nopaline dehydrogenase, putative  100 
 
 		 375 aa  771    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000050216 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4343  FAD dependent oxidoreductase  67.2 
 
 		 375 aa  532  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.290425  normal  0.660783 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1170  putative FAD dependent oxidoreductase  44.51 
 
 		 367 aa  288  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8303  D-nopaline dehydrogenase  42.45 
 
 		 356 aa  286  5e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.039629  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6003  FAD dependent oxidoreductase  43.87 
 
 		 385 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.108074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1839  FAD dependent oxidoreductase  41.96 
 
 		 376 aa  278  2e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.672748  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8321  D-nopaline dehydrogenase  39.89 
 
 		 380 aa  277  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.869573  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4376  FAD dependent oxidoreductase  42.31 
 
 		 383 aa  276  3e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6548  FAD dependent oxidoreductase  45.5 
 
 		 374 aa  276  3e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490591  normal  0.300453 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2706  putative FAD dependent oxidoreductase  42.98 
 
 		 378 aa  275  9e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.384664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5700  FAD dependent oxidoreductase  44.96 
 
 		 374 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6064  FAD dependent oxidoreductase  44.96 
 
 		 374 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4400  FAD dependent oxidoreductase  41.81 
 
 		 371 aa  270  2.9999999999999997e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4423  FAD dependent oxidoreductase  41.13 
 
 		 372 aa  270  2.9999999999999997e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5994  FAD dependent oxidoreductase  44.35 
 
 		 374 aa  267  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57246  normal  0.360329 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1893  FAD dependent oxidoreductase  42.7 
 
 		 378 aa  265  8e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0219464  normal  0.437636 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7053  FAD dependent oxidoreductase  41.69 
 
 		 378 aa  261  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.480008 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0204  FAD dependent oxidoreductase  42.29 
 
 		 385 aa  258  2e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.338423  normal  0.590226 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4416  FAD dependent oxidoreductase  40.87 
 
 		 378 aa  256  5e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.426575  normal  0.912547 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0573  FAD dependent oxidoreductase  36.68 
 
 		 390 aa  255  1.0000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1933  FAD dependent oxidoreductase  40.94 
 
 		 369 aa  253  4.0000000000000004e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1833  opine oxidase subunit B  38.52 
 
 		 378 aa  251  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.510651 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000037  nopaline dehydrogenase putative  38.24 
 
 		 365 aa  251  2e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4936  FAD dependent oxidoreductase  42.21 
 
 		 371 aa  250  3e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0618076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2709  D-nopaline dehydrogenase  36.24 
 
 		 364 aa  230  3e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.933901  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36310  hydrogen cyanide synthase HcnC  27.21 
 
 		 417 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.134451 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3101  hydrogen cyanide synthase HcnC  26.3 
 
 		 417 aa  116  6e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.124285  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3210  FAD dependent oxidoreductase  30.88 
 
 		 378 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.2962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3514  FAD dependent oxidoreductase  27.55 
 
 		 419 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.137187  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4733  FAD dependent oxidoreductase  28 
 
 		 383 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.233714  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3630  FAD dependent oxidoreductase  28 
 
 		 383 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.508922 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0595  FAD dependent oxidoreductase  26.24 
 
 		 390 aa  107  2e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.140462  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5371  FAD dependent oxidoreductase  30.13 
 
 		 382 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.395195 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2933  glycine oxidase ThiO  27.75 
 
 		 371 aa  105  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.789116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4426  FAD dependent oxidoreductase  27.86 
 
 		 375 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.767277 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4894  FAD dependent oxidoreductase  29.15 
 
 		 397 aa  102  9e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0139  glycine oxidase ThiO  28.8 
 
 		 376 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3536  FAD dependent oxidoreductase  29.6 
 
 		 382 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.13999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0787  glycine oxidase ThiO  26.09 
 
 		 369 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.564699  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0271  FAD dependent oxidoreductase  25.91 
 
 		 373 aa  97.8  3e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0143  glycine oxidase ThiO  29.22 
 
 		 375 aa  97.4  3e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.23525 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0884  glycine oxidase ThiO  26.03 
 
 		 369 aa  97.8  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00117191  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0746  putative oxidoreductase  28.12 
 
 		 375 aa  97.4  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1751  FAD dependent oxidoreductase  24.21 
 
 		 382 aa  97.1  4e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.18751 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0800  glycine oxidase  26.09 
 
 		 369 aa  97.1  5e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2783  glycine oxidase ThiO  28.12 
 
 		 372 aa  97.1  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.256999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1475  FAD dependent oxidoreductase  27.84 
 
 		 500 aa  96.3  7e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0646  glycine oxidase ThiO  26.09 
 
 		 369 aa  95.9  9e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4544  glycine oxidase ThiO  25.78 
 
 		 369 aa  95.9  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.569361 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1735  glycine oxidase ThiO  26.32 
 
 		 368 aa  95.5  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0696  glycine oxidase  25.78 
 
 		 369 aa  95.1  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0730  glycine oxidase  25.78 
 
 		 369 aa  95.1  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1388  FAD dependent oxidoreductase  28.05 
 
 		 492 aa  94.7  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.569106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6771  glycine oxidase ThiO  27.85 
 
 		 410 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0617  glycine oxidase ThiO  23.76 
 
 		 369 aa  94.4  3e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1379  FAD dependent oxidoreductase  27.84 
 
 		 500 aa  94.7  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.258536  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6497  oxidoreductase  29.48 
 
 		 380 aa  94.4  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4107  FAD dependent oxidoreductase  27.37 
 
 		 393 aa  94.4  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0968917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0577  glycine oxidase ThiO  25.53 
 
 		 405 aa  94  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6625  FAD dependent oxidoreductase  26.59 
 
 		 383 aa  93.2  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4032  FAD dependent oxidoreductase  27.27 
 
 		 375 aa  93.2  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.120783 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0968  FAD dependent oxidoreductase  26.2 
 
 		 383 aa  92.8  8e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0185207  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2099  glycine oxidase ThiO  25.27 
 
 		 374 aa  92.8  8e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.119028  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0807  glycine oxidase ThiO  25.47 
 
 		 369 aa  92.8  9e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.35515e-47 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0640  glycine oxidase  25.47 
 
 		 369 aa  92.8  9e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0274  FAD dependent oxidoreductase  26.74 
 
 		 381 aa  92.4  1e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6532  FAD dependent oxidoreductase  26.78 
 
 		 374 aa  92  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.330707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1159  putative FAD dependent oxidoreductase  29.83 
 
 		 428 aa  92.4  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2479  FAD dependent oxidoreductase  27.42 
 
 		 496 aa  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.113272  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3551  FAD dependent oxidoreductase  27.53 
 
 		 375 aa  91.3  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0640  glycine oxidase  25.47 
 
 		 369 aa  90.5  4e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7518  glycine oxidase ThiO  26.43 
 
 		 402 aa  89.7  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.316675  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1686  FAD dependent oxidoreductase  26.43 
 
 		 401 aa  89.7  7e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.470832  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2223  glycine oxidase ThiO  27.62 
 
 		 401 aa  89.7  8e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.210224 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2330  FAD dependent oxidoreductase  29.55 
 
 		 394 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00484515  normal  0.869499 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3033  glycine oxidase ThiO  25.8 
 
 		 382 aa  89.4  9e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000572882  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2644  glycine oxidase  23.46 
 
 		 391 aa  89  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.746701  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2835  glycine oxidase  23.46 
 
 		 391 aa  89  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0387982  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2560  sarcosine oxidase, beta subunit  23.46 
 
 		 391 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3400  FAD dependent oxidoreductase  28.2 
 
 		 394 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0126015  normal  0.687523 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0721  FAD dependent oxidoreductase  25.45 
 
 		 983 aa  88.6  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2886  putative glycine oxidase  23.46 
 
 		 391 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.8732  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5605  FAD dependent oxidoreductase  26.13 
 
 		 984 aa  88.2  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2841  putative glycine oxidase  23.46 
 
 		 391 aa  88.6  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000111292 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3378  FAD dependent oxidoreductase  26.75 
 
 		 375 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.344294  normal  0.353692 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2595  sarcosine oxidase, beta subunit  23.46 
 
 		 391 aa  87.8  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2638  FAD dependent oxidoreductase  23.75 
 
 		 391 aa  87.8  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.071101  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2172  FAD dependent oxidoreductase  26.56 
 
 		 380 aa  87.4  4e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1956  oxidoreductase, FAD-binding  27.1 
 
 		 363 aa  87  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.034563  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1624  FAD dependent oxidoreductase  27.1 
 
 		 363 aa  87  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.909673  hitchhiker  0.0000164974 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4345  FAD dependent oxidoreductase  27.07 
 
 		 376 aa  86.7  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.957412 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0462  glycine oxidase  23.97 
 
 		 378 aa  86.7  6e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0494  glycine oxidase ThiO  27.33 
 
 		 375 aa  86.3  8e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0964  glycine oxidase ThiO  26.65 
 
 		 361 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0437682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1893  FAD dependent oxidoreductase  26.63 
 
 		 375 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.534087 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2446  putative glycine oxidase  22.87 
 
 		 391 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.602268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3977  FAD dependent oxidoreductase  26.86 
 
 		 377 aa  83.2  0.000000000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1415  glycine oxidase ThiO  27.04 
 
 		 377 aa  83.2  0.000000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3120  FAD dependent oxidoreductase  25.73 
 
 		 385 aa  82.8  0.000000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0781  putative FAD dependent oxidoreductase  24.54 
 
 		 391 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.740851 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>