More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0578 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3617  putative inner membrane protein translocase component YidC  56.29 
 
 
577 aa  649    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.320662 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0578  putative inner membrane protein translocase component YidC  100 
 
 
600 aa  1224    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.1977  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.89 
 
 
584 aa  632  1e-180  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0662479 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3074  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.05 
 
 
614 aa  482  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.374984  normal  0.974517 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3328  60 kDa inner membrane insertion protein  41.43 
 
 
604 aa  475  1e-132  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.348306  normal  0.0506937 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0817  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.83 
 
 
632 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3703  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.56 
 
 
609 aa  474  1e-132  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1201  60 kDa inner membrane insertion protein  42.1 
 
 
600 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00276614 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0683  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.72 
 
 
629 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.902315  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3339  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.41 
 
 
595 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978164  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0069  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.94 
 
 
621 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.090165  decreased coverage  0.00200731 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2351  60 kDa inner membrane insertion protein  42.93 
 
 
616 aa  455  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0911692 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0636  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.18 
 
 
622 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0080  putative inner membrane protein translocase component YidC  40.78 
 
 
597 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0122237  normal  0.388079 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0095  putative inner membrane protein translocase component YidC  40.99 
 
 
597 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.10916  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2308  60 kDa inner membrane insertion protein  41.78 
 
 
614 aa  451  1e-125  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.093917 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5081  60 kDa inner membrane insertion protein  41.43 
 
 
624 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.373544  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5377  YidC translocase/secretase  42.37 
 
 
605 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.137275  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0307  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.9 
 
 
608 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.339153  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3503  60 kDa inner membrane insertion protein  42.33 
 
 
617 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0094107 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0376  putative inner membrane protein translocase component YidC  40.94 
 
 
609 aa  447  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.388979  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2630  YidC translocase/secretase  42.09 
 
 
616 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  0.0394817 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0079  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.9 
 
 
597 aa  440  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1921  putative inner membrane protein translocase component YidC  40.83 
 
 
616 aa  439  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.010841  normal  0.727979 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1361  putative inner membrane protein translocase component YidC  40.51 
 
 
607 aa  436  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.914877  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0299  60 kDa inner membrane insertion protein  38.51 
 
 
609 aa  437  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7326  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.94 
 
 
621 aa  435  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0455  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.31 
 
 
620 aa  431  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.107055  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1023  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.46 
 
 
610 aa  426  1e-118  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0964  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.46 
 
 
610 aa  426  1e-118  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0877  putative inner membrane protein translocase component YidC  40.3 
 
 
635 aa  422  1e-117  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0924516  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2869  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.99 
 
 
628 aa  409  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0458  protein translocase subunit yidC  38.92 
 
 
592 aa  411  1e-113  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.836766 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0328  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.3 
 
 
606 aa  408  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0354  60 kDa inner membrane insertion protein  39.86 
 
 
589 aa  406  1.0000000000000001e-112  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.265544  normal  0.0945801 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2141  60 kDa inner membrane insertion protein  42.6 
 
 
601 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0637  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.1 
 
 
626 aa  404  1e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2725  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.22 
 
 
623 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0447899 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1064  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.22 
 
 
623 aa  399  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0782  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.38 
 
 
579 aa  384  1e-105  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1048  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.1 
 
 
612 aa  381  1e-104  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0029293  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0293  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.72 
 
 
579 aa  377  1e-103  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0640  putative inner membrane protein translocase component YidC  36.45 
 
 
630 aa  372  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.138762  normal  0.404491 
 
 
-
 
NC_002978  WD0237  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.62 
 
 
569 aa  349  9e-95  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.182056  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0402  inner membrane protein, 60 kDa  32.53 
 
 
566 aa  321  3e-86  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3757  protein translocase subunit yidC  31.38 
 
 
556 aa  275  2.0000000000000002e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.189784 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3623  60 kDa inner membrane insertion protein  34.38 
 
 
542 aa  261  3e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1230  60 kDa inner membrane insertion protein  32.23 
 
 
550 aa  257  5e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0120976  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3037  inner membrane protein, 60 kDa  30.81 
 
 
545 aa  256  8e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4126  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.6 
 
 
548 aa  256  8e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.222064  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4069  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.2 
 
 
548 aa  256  8e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00340238  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4233  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.2 
 
 
548 aa  256  9e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.11489  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4149  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.61 
 
 
548 aa  256  9e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000105437  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4054  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.2 
 
 
548 aa  256  9e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0899835  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3458  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.73 
 
 
554 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3757  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.93 
 
 
554 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.99 
 
 
553 aa  254  3e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9905  normal  0.344368 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4176  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.4 
 
 
548 aa  254  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2758  protein translocase subunit yidC  31.83 
 
 
552 aa  251  2e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.174551  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3611  60 kDa inner membrane insertion protein  32.68 
 
 
566 aa  251  2e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4201  protein translocase subunit yidC  31.63 
 
 
547 aa  250  4e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.017626 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3460  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.79 
 
 
555 aa  250  5e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.03518  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1917  60 kDa inner membrane insertion protein  31.76 
 
 
534 aa  249  8e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0379054  normal  0.178209 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5743  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.4 
 
 
560 aa  249  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00528765  normal  0.582095 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3561  protein translocase subunit yidC  32.6 
 
 
536 aa  249  1e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2514  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.16 
 
 
541 aa  249  1e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130871  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2825  protein translocase subunit yidC  32.46 
 
 
546 aa  248  2e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4312  60 kDa inner membrane insertion protein  31.74 
 
 
543 aa  248  3e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.301696  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2882  protein translocase subunit yidC  30.94 
 
 
562 aa  247  4e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.208936  normal  0.460711 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3143  inner-membrane protein  29.5 
 
 
542 aa  247  6e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000171877  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4220  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.44 
 
 
548 aa  246  6.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.118855  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2331  60 kDa inner membrane insertion protein  32.31 
 
 
552 aa  246  6.999999999999999e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2411  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family domain containing  31.08 
 
 
570 aa  246  9e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.705473  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03589  inner membrane protein translocase component YidC  35.44 
 
 
548 aa  246  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.75257  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4261  YidC translocase/secretase  35.44 
 
 
548 aa  246  9.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4264  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.34 
 
 
543 aa  246  9.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00254597  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4215  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.44 
 
 
548 aa  246  9.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000897196  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03533  hypothetical protein  35.44 
 
 
548 aa  246  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.534027  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3642  60 kDa inner membrane insertion protein  30.59 
 
 
530 aa  246  9.999999999999999e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0951488  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4289  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.44 
 
 
548 aa  246  9.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0759973  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3919  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.44 
 
 
548 aa  246  9.999999999999999e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00313921  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4072  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.44 
 
 
548 aa  246  9.999999999999999e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.131417  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5135  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.44 
 
 
548 aa  246  9.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00207092  normal  0.0616185 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4063  60 kDa inner membrane insertion protein  31.96 
 
 
542 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000239208  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3466  hypothetical protein  30.77 
 
 
531 aa  245  1.9999999999999999e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.562042  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5612  inner membrane protein, 60 kDa  38.51 
 
 
562 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4035  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.14 
 
 
543 aa  245  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.247258  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3098  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.18 
 
 
550 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000113724 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3986  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.86 
 
 
552 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3318  protein translocase subunit YidC  32.14 
 
 
557 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0009  inner membrane protein, 60 kDa  32.31 
 
 
541 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000942032  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5134  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.94 
 
 
563 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2600  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  31.7 
 
 
567 aa  242  1e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.417089 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4466  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.61 
 
 
552 aa  242  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0003  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.59 
 
 
541 aa  242  2e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0110357  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5050  inner membrane protein, 60 kDa  39.76 
 
 
543 aa  241  2.9999999999999997e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4616  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.13 
 
 
543 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159313  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0093  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.87 
 
 
558 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0304  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.87 
 
 
558 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0107  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.87 
 
 
558 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>