More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0307 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2869  putative inner membrane protein translocase component YidC  63.87 
 
 
628 aa  810    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1064  putative inner membrane protein translocase component YidC  62.94 
 
 
623 aa  800    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0637  putative inner membrane protein translocase component YidC  59.81 
 
 
626 aa  759    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0307  putative inner membrane protein translocase component YidC  100 
 
 
608 aa  1243    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.339153  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2725  putative inner membrane protein translocase component YidC  63.11 
 
 
623 aa  804    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0447899 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0328  putative inner membrane protein translocase component YidC  66.5 
 
 
606 aa  807    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0877  putative inner membrane protein translocase component YidC  57.17 
 
 
635 aa  691    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0924516  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1201  60 kDa inner membrane insertion protein  47.52 
 
 
600 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00276614 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3074  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.27 
 
 
614 aa  535  1e-151  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.374984  normal  0.974517 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1921  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.54 
 
 
616 aa  534  1e-150  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.010841  normal  0.727979 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0817  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.75 
 
 
632 aa  528  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2308  60 kDa inner membrane insertion protein  45.56 
 
 
614 aa  528  1e-148  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.093917 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5377  YidC translocase/secretase  43.76 
 
 
605 aa  523  1e-147  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.137275  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3339  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.26 
 
 
595 aa  523  1e-147  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978164  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3503  60 kDa inner membrane insertion protein  44.2 
 
 
617 aa  520  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0094107 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2351  60 kDa inner membrane insertion protein  44.25 
 
 
616 aa  520  1e-146  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0911692 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3703  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.72 
 
 
609 aa  520  1e-146  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0299  60 kDa inner membrane insertion protein  44.93 
 
 
609 aa  521  1e-146  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3328  60 kDa inner membrane insertion protein  44.93 
 
 
604 aa  517  1.0000000000000001e-145  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.348306  normal  0.0506937 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1361  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.36 
 
 
607 aa  513  1e-144  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.914877  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2630  YidC translocase/secretase  44.04 
 
 
616 aa  514  1e-144  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  0.0394817 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1023  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.79 
 
 
610 aa  509  1e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0964  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.95 
 
 
610 aa  509  1e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7326  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.09 
 
 
621 aa  505  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0079  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.67 
 
 
597 aa  506  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0455  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.22 
 
 
620 aa  507  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.107055  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0636  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.02 
 
 
622 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0683  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.97 
 
 
629 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.902315  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0080  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.37 
 
 
597 aa  499  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0122237  normal  0.388079 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0376  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.9 
 
 
609 aa  499  1e-140  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.388979  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5081  60 kDa inner membrane insertion protein  41.98 
 
 
624 aa  501  1e-140  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.373544  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0095  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.83 
 
 
597 aa  498  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.10916  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0069  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.35 
 
 
621 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.090165  decreased coverage  0.00200731 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0458  protein translocase subunit yidC  41.31 
 
 
592 aa  476  1e-133  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.836766 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1048  putative inner membrane protein translocase component YidC  40.13 
 
 
612 aa  472  1e-132  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0029293  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3617  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.35 
 
 
577 aa  468  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.320662 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0578  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.88 
 
 
600 aa  466  9.999999999999999e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.1977  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.17 
 
 
584 aa  465  9.999999999999999e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0662479 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0354  60 kDa inner membrane insertion protein  42.18 
 
 
589 aa  448  1.0000000000000001e-124  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.265544  normal  0.0945801 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2141  60 kDa inner membrane insertion protein  45.18 
 
 
601 aa  444  1e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0640  putative inner membrane protein translocase component YidC  40.75 
 
 
630 aa  442  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.138762  normal  0.404491 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0782  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.37 
 
 
579 aa  389  1e-107  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0293  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.56 
 
 
579 aa  384  1e-105  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0402  inner membrane protein, 60 kDa  37.35 
 
 
566 aa  372  1e-102  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0237  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.73 
 
 
569 aa  360  5e-98  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.182056  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3757  protein translocase subunit yidC  34.49 
 
 
556 aa  327  5e-88  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.189784 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0032  inner membrane protein, 60 kDa  32.77 
 
 
528 aa  274  4.0000000000000004e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0033  60 kDa inner membrane insertion protein  32.77 
 
 
528 aa  274  4.0000000000000004e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.401707 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2331  60 kDa inner membrane insertion protein  33.72 
 
 
552 aa  271  2.9999999999999997e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0003  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.44 
 
 
541 aa  263  6e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0110357  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4014  protein translocase subunit yidC  33.22 
 
 
557 aa  262  2e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.308779 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1230  60 kDa inner membrane insertion protein  32.83 
 
 
550 aa  259  1e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0120976  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3458  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.62 
 
 
554 aa  259  1e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2882  protein translocase subunit yidC  31.07 
 
 
562 aa  258  2e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.208936  normal  0.460711 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3895  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.97 
 
 
567 aa  258  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.676329  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6369  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.71 
 
 
578 aa  257  4e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3613  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.68 
 
 
555 aa  256  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2139  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  31.01 
 
 
550 aa  256  1.0000000000000001e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2411  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family domain containing  30.59 
 
 
570 aa  255  2.0000000000000002e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.705473  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2514  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.93 
 
 
541 aa  255  2.0000000000000002e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130871  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.84 
 
 
553 aa  254  3e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9905  normal  0.344368 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73410  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.23 
 
 
578 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.431479  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3143  inner-membrane protein  31.4 
 
 
542 aa  253  6e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000171877  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3757  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.24 
 
 
554 aa  253  6e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00436  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.61 
 
 
540 aa  252  1e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3316  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.74 
 
 
575 aa  251  2e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.783784  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2394  protein translocase subunit yidC  33.11 
 
 
536 aa  251  3e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000698908  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4201  protein translocase subunit yidC  30.7 
 
 
547 aa  249  8e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.017626 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3215  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.07 
 
 
554 aa  249  9e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15042  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3099  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.07 
 
 
554 aa  249  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.462896  normal  0.0227553 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3098  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.15 
 
 
550 aa  249  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000113724 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3466  hypothetical protein  32.08 
 
 
531 aa  248  2e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.562042  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4149  60 kDa inner membrane insertion protein  30.95 
 
 
536 aa  248  2e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4485  60 kDa inner membrane insertion protein  30.03 
 
 
551 aa  248  3e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00386094  hitchhiker  0.00000000260158 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002016  OxaI/YidC membrane insertion protein  31 
 
 
540 aa  247  4.9999999999999997e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000829805  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2197  60 kDa inner membrane insertion protein  32.07 
 
 
551 aa  246  6.999999999999999e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.297594  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2549  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.58 
 
 
552 aa  244  3e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157228  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3163  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.58 
 
 
552 aa  244  3e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.133827  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3181  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.39 
 
 
553 aa  243  9e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0133  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.25 
 
 
541 aa  242  1e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0580569  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3623  60 kDa inner membrane insertion protein  32.15 
 
 
542 aa  242  1e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3460  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.5 
 
 
555 aa  242  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.03518  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6520  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.19 
 
 
555 aa  242  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5213  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.1 
 
 
560 aa  242  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3235  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.83 
 
 
557 aa  242  2e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.627922  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5309  putative inner membrane protein translocase component YidC  29.9 
 
 
560 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.910149  normal  0.0868042 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3154  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.18 
 
 
553 aa  241  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000638548 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0093  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.64 
 
 
558 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0107  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.64 
 
 
558 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0304  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.64 
 
 
558 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5743  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.05 
 
 
560 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00528765  normal  0.582095 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5444  putative inner membrane protein translocase component YidC  29.93 
 
 
560 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0006  putative inner membrane protein translocase component YidC  29.9 
 
 
560 aa  240  4e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000387778 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3986  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.87 
 
 
552 aa  240  5e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2241  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.64 
 
 
558 aa  240  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3550  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.64 
 
 
558 aa  240  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3397  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.64 
 
 
558 aa  240  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2844  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.64 
 
 
558 aa  240  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110043  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0102  60 kDa inner membrane insertion protein  33.66 
 
 
559 aa  239  8e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2144  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.01 
 
 
565 aa  239  1e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00651842  unclonable  0.00000165557 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>