More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0069 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_5377  YidC translocase/secretase  55.38 
 
 		 605 aa  704    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.137275  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2351  60 kDa inner membrane insertion protein  55.54 
 
 		 616 aa  716    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0911692 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1201  60 kDa inner membrane insertion protein  54.77 
 
 		 600 aa  682    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00276614 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2630  YidC translocase/secretase  55.7 
 
 		 616 aa  701    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  0.0394817 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3074  putative inner membrane protein translocase component YidC  72.96 
 
 		 614 aa  961    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.374984  normal  0.974517 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2308  60 kDa inner membrane insertion protein  55.38 
 
 		 614 aa  718    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.093917 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7326  putative inner membrane protein translocase component YidC  72.95 
 
 		 621 aa  898    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0683  putative inner membrane protein translocase component YidC  90.95 
 
 		 629 aa  1095    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.902315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0817  putative inner membrane protein translocase component YidC  78.38 
 
 		 632 aa  1030    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0636  putative inner membrane protein translocase component YidC  85 
 
 		 622 aa  1035    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0069  putative inner membrane protein translocase component YidC  100 
 
 		 621 aa  1271    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.090165  decreased coverage  0.00200731 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3703  putative inner membrane protein translocase component YidC  72.96 
 
 		 609 aa  950    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5081  60 kDa inner membrane insertion protein  55.64 
 
 		 624 aa  697    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.373544  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0079  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.44 
 
 		 597 aa  640    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0376  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.92 
 
 		 609 aa  651    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.388979  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0299  60 kDa inner membrane insertion protein  53.73 
 
 		 609 aa  660    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1921  putative inner membrane protein translocase component YidC  61.48 
 
 		 616 aa  787    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.010841  normal  0.727979 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3503  60 kDa inner membrane insertion protein  57.71 
 
 		 617 aa  736    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0094107 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3328  60 kDa inner membrane insertion protein  57.17 
 
 		 604 aa  712    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.348306  normal  0.0506937 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0964  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.44 
 
 		 610 aa  635  1e-180  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1023  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.44 
 
 		 610 aa  634  1e-180  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1361  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.48 
 
 		 607 aa  624  1e-177  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.914877  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0095  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.9 
 
 		 597 aa  619  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.10916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0080  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.41 
 
 		 597 aa  618  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0122237  normal  0.388079 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0455  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.04 
 
 		 620 aa  612  9.999999999999999e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.107055  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3339  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.98 
 
 		 595 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978164  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1048  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.56 
 
 		 612 aa  543  1e-153  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0029293  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0458  protein translocase subunit yidC  43.3 
 
 		 592 aa  520  1e-146  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.836766 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0640  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.66 
 
 		 630 aa  513  1e-144  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.138762  normal  0.404491 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2725  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.15 
 
 		 623 aa  510  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0447899 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1064  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.15 
 
 		 623 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2869  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.79 
 
 		 628 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0328  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.66 
 
 		 606 aa  499  1e-140  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0637  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.94 
 
 		 626 aa  493  9.999999999999999e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0307  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.6 
 
 		 608 aa  491  1e-137  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.339153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0877  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.11 
 
 		 635 aa  489  1e-137  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0924516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0354  60 kDa inner membrane insertion protein  42.97 
 
 		 589 aa  484  1e-135  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.265544  normal  0.0945801 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2141  60 kDa inner membrane insertion protein  46.82 
 
 		 601 aa  478  1e-133  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0578  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.43 
 
 		 600 aa  476  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.1977  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3617  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.26 
 
 		 577 aa  473  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.320662 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.14 
 
 		 584 aa  462  9.999999999999999e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0662479 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0782  putative inner membrane protein translocase component YidC  36.41 
 
 		 579 aa  422  1e-116  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0293  putative inner membrane protein translocase component YidC  36.24 
 
 		 579 aa  409  1.0000000000000001e-112  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0237  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.93 
 
 		 569 aa  368  1e-100  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.182056  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0402  inner membrane protein, 60 kDa  34.55 
 
 		 566 aa  357  5e-97  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3757  protein translocase subunit yidC  34 
 
 		 556 aa  334  3e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.189784 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4014  protein translocase subunit yidC  31.98 
 
 		 557 aa  280  7e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.308779 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3458  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.78 
 
 		 554 aa  278  3e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2331  60 kDa inner membrane insertion protein  35.06 
 
 		 552 aa  276  6e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3757  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.78 
 
 		 554 aa  276  7e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2411  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family domain containing  33.61 
 
 		 570 aa  273  5.000000000000001e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.705473  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.58 
 
 		 553 aa  271  2e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9905  normal  0.344368 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3895  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.83 
 
 		 567 aa  272  2e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.676329  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52450  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.55 
 
 		 557 aa  271  4e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6369  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.59 
 
 		 578 aa  266  8e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2085  60 kDa inner membrane insertion protein  34.04 
 
 		 557 aa  266  8e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.39067  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5213  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.86 
 
 		 560 aa  264  3e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5444  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.63 
 
 		 560 aa  264  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2882  protein translocase subunit yidC  32.99 
 
 		 562 aa  263  8.999999999999999e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.208936  normal  0.460711 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73410  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.27 
 
 		 578 aa  263  1e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.431479  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5612  inner membrane protein, 60 kDa  31.66 
 
 		 562 aa  262  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3623  60 kDa inner membrane insertion protein  31.65 
 
 		 542 aa  262  2e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3986  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.46 
 
 		 552 aa  261  3e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5309  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.22 
 
 		 560 aa  261  3e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.910149  normal  0.0868042 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0006  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.22 
 
 		 560 aa  261  4e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000387778 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4466  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.46 
 
 		 552 aa  260  5.0000000000000005e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0102  60 kDa inner membrane insertion protein  33.5 
 
 		 559 aa  260  5.0000000000000005e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4485  60 kDa inner membrane insertion protein  32.14 
 
 		 551 aa  259  1e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00386094  hitchhiker  0.00000000260158 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5134  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.2 
 
 		 563 aa  258  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3642  60 kDa inner membrane insertion protein  32.94 
 
 		 530 aa  256  8e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0951488  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5743  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.56 
 
 		 560 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00528765  normal  0.582095 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3098  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.35 
 
 		 550 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000113724 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1917  60 kDa inner membrane insertion protein  31.72 
 
 		 534 aa  253  7e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0379054  normal  0.178209 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3316  putative inner membrane protein translocase component YidC  28.94 
 
 		 575 aa  253  7e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.783784  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3613  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.84 
 
 		 555 aa  253  9.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3099  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.95 
 
 		 554 aa  252  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.462896  normal  0.0227553 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3215  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.95 
 
 		 554 aa  253  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15042  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3550  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.82 
 
 		 558 aa  251  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2844  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.82 
 
 		 558 aa  251  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110043  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3397  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.82 
 
 		 558 aa  251  3e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4620  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.36 
 
 		 581 aa  251  3e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2241  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.82 
 
 		 558 aa  251  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0093  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.82 
 
 		 558 aa  250  5e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0304  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.82 
 
 		 558 aa  250  5e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0107  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.82 
 
 		 558 aa  250  5e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4201  protein translocase subunit yidC  31.76 
 
 		 547 aa  249  1e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.017626 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3235  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.01 
 
 		 557 aa  249  1e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.627922  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2549  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.53 
 
 		 552 aa  249  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157228  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3163  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.53 
 
 		 552 aa  249  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.133827  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3143  inner-membrane protein  30.13 
 
 		 542 aa  248  3e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000171877  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2394  protein translocase subunit yidC  29.6 
 
 		 536 aa  248  3e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000698908  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3181  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.72 
 
 		 553 aa  247  4e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3154  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.33 
 
 		 553 aa  247  4e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000638548 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4113  60 kDa inner membrane insertion protein  31.98 
 
 		 569 aa  246  6e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.731862  normal  0.125371 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2139  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  32.06 
 
 		 550 aa  246  9e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4149  60 kDa inner membrane insertion protein  31.17 
 
 		 536 aa  246  9.999999999999999e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6520  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.56 
 
 		 555 aa  244  3e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2825  protein translocase subunit yidC  34.73 
 
 		 546 aa  244  3.9999999999999997e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4793  protein translocase subunit yidC  31.4 
 
 		 565 aa  244  5e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4242  60 kDa inner membrane insertion protein  31.38 
 
 		 571 aa  242  1e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00149519  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>