More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0455 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009667  Oant_1361  putative inner membrane protein translocase component YidC  59.12 
 
 		 607 aa  753    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.914877  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1023  putative inner membrane protein translocase component YidC  59.14 
 
 		 610 aa  759    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0964  putative inner membrane protein translocase component YidC  59.3 
 
 		 610 aa  759    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1921  putative inner membrane protein translocase component YidC  53.35 
 
 		 616 aa  654    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.010841  normal  0.727979 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3074  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.96 
 
 		 614 aa  651    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.374984  normal  0.974517 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5081  60 kDa inner membrane insertion protein  51.4 
 
 		 624 aa  658    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.373544  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0080  putative inner membrane protein translocase component YidC  69.27 
 
 		 597 aa  903    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0122237  normal  0.388079 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2351  60 kDa inner membrane insertion protein  52.57 
 
 		 616 aa  664    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0911692 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2308  60 kDa inner membrane insertion protein  52.66 
 
 		 614 aa  670    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.093917 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0095  putative inner membrane protein translocase component YidC  71.43 
 
 		 597 aa  917    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.10916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5377  YidC translocase/secretase  52.46 
 
 		 605 aa  668    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.137275  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0455  putative inner membrane protein translocase component YidC  100 
 
 		 620 aa  1281    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.107055  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3703  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.8 
 
 		 609 aa  642    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2630  YidC translocase/secretase  51.56 
 
 		 616 aa  647    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  0.0394817 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0079  putative inner membrane protein translocase component YidC  67.69 
 
 		 597 aa  874    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3503  60 kDa inner membrane insertion protein  53.03 
 
 		 617 aa  665    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0094107 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0376  putative inner membrane protein translocase component YidC  57.12 
 
 		 609 aa  746    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.388979  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0817  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.93 
 
 		 632 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7326  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.9 
 
 		 621 aa  622  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0299  60 kDa inner membrane insertion protein  49.37 
 
 		 609 aa  618  1e-176  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3328  60 kDa inner membrane insertion protein  49.84 
 
 		 604 aa  609  1e-173  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.348306  normal  0.0506937 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1048  putative inner membrane protein translocase component YidC  49.45 
 
 		 612 aa  610  1e-173  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0029293  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0683  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.39 
 
 		 629 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.902315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1201  60 kDa inner membrane insertion protein  49.45 
 
 		 600 aa  605  1.0000000000000001e-171  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00276614 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0636  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.25 
 
 		 622 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0069  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.79 
 
 		 621 aa  595  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.090165  decreased coverage  0.00200731 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3339  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.5 
 
 		 595 aa  534  1e-150  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978164  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0458  protein translocase subunit yidC  43.68 
 
 		 592 aa  509  1e-143  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.836766 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0640  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.62 
 
 		 630 aa  507  9.999999999999999e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.138762  normal  0.404491 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2869  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.9 
 
 		 628 aa  504  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0328  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.97 
 
 		 606 aa  499  1e-140  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2725  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.2 
 
 		 623 aa  495  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0447899 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1064  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.2 
 
 		 623 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0307  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.15 
 
 		 608 aa  493  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.339153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0637  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.56 
 
 		 626 aa  491  1e-137  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0877  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.18 
 
 		 635 aa  479  1e-134  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0924516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3617  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.53 
 
 		 577 aa  462  1e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.320662 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0354  60 kDa inner membrane insertion protein  40.26 
 
 		 589 aa  458  1e-127  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.265544  normal  0.0945801 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  40.07 
 
 		 584 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0662479 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2141  60 kDa inner membrane insertion protein  42.21 
 
 		 601 aa  449  1e-125  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0578  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.54 
 
 		 600 aa  437  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.1977  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0782  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.04 
 
 		 579 aa  412  1e-113  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0293  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.53 
 
 		 579 aa  399  9.999999999999999e-111  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0402  inner membrane protein, 60 kDa  36.15 
 
 		 566 aa  368  1e-100  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0237  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.17 
 
 		 569 aa  360  5e-98  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.182056  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3757  protein translocase subunit yidC  34.48 
 
 		 556 aa  324  4e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.189784 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4485  60 kDa inner membrane insertion protein  30.74 
 
 		 551 aa  279  9e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00386094  hitchhiker  0.00000000260158 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4014  protein translocase subunit yidC  29.82 
 
 		 557 aa  275  2.0000000000000002e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.308779 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2139  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  32.03 
 
 		 550 aa  273  9e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3895  putative inner membrane protein translocase component YidC  29.16 
 
 		 567 aa  271  2.9999999999999997e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.676329  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2825  protein translocase subunit yidC  32.43 
 
 		 546 aa  269  1e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4257  60 kDa inner membrane insertion protein  30.98 
 
 		 545 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000606394  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2331  60 kDa inner membrane insertion protein  32.44 
 
 		 552 aa  265  1e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3098  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.63 
 
 		 550 aa  265  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000113724 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0028  putative inner membrane protein translocase component YidC  29.56 
 
 		 545 aa  265  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.15409  normal  0.0935166 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4521  60 kDa inner membrane insertion protein  30.65 
 
 		 541 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000305334  hitchhiker  0.000938862 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3316  putative inner membrane protein translocase component YidC  29.61 
 
 		 575 aa  263  6e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.783784  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0004  inner membrane protein, 60 kDa  30.44 
 
 		 541 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4380  60 kDa inner membrane insertion protein  30.65 
 
 		 541 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000064378  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4032  protein translocase subunit yidC  30.43 
 
 		 541 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000158142  hitchhiker  0.000218645 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4325  YidC translocase/secretase  30.65 
 
 		 541 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000679014  unclonable  0.00000000000486692 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4379  60 kDa inner membrane insertion protein  30.65 
 
 		 541 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000322788  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4293  putative inner membrane protein translocase component YidC  29.02 
 
 		 544 aa  262  1e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.016276  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2882  protein translocase subunit yidC  31.48 
 
 		 562 aa  262  1e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.208936  normal  0.460711 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0006  protein translocase subunit yidC  30.43 
 
 		 541 aa  262  1e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000101193  unclonable  0.0000000000873101 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3940  protein translocase subunit yidC  30.43 
 
 		 541 aa  261  3e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000301662  unclonable  0.0000000000640431 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4616  putative inner membrane protein translocase component YidC  29.02 
 
 		 543 aa  260  5.0000000000000005e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159313  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4002  60 kDa inner membrane insertion protein  30.27 
 
 		 541 aa  259  7e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000355464  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4264  putative inner membrane protein translocase component YidC  28.97 
 
 		 543 aa  259  8e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00254597  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4429  60 kDa inner membrane insertion protein  31.07 
 
 		 528 aa  259  1e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0102  60 kDa inner membrane insertion protein  32.79 
 
 		 559 aa  258  3e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4035  putative inner membrane protein translocase component YidC  28.78 
 
 		 543 aa  257  3e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.247258  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4215  putative inner membrane protein translocase component YidC  28.83 
 
 		 548 aa  257  3e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000897196  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3866  60 kDa inner membrane insertion protein  29.42 
 
 		 542 aa  257  4e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000155519  unclonable  0.00000398144 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4261  YidC translocase/secretase  28.83 
 
 		 548 aa  257  5e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4220  putative inner membrane protein translocase component YidC  28.83 
 
 		 548 aa  256  6e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.118855  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03589  inner membrane protein translocase component YidC  28.83 
 
 		 548 aa  256  7e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.75257  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03533  hypothetical protein  28.83 
 
 		 548 aa  256  7e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.534027  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5135  putative inner membrane protein translocase component YidC  28.83 
 
 		 548 aa  256  7e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00207092  normal  0.0616185 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4289  putative inner membrane protein translocase component YidC  28.83 
 
 		 548 aa  256  7e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0759973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4072  putative inner membrane protein translocase component YidC  28.83 
 
 		 548 aa  256  7e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.131417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3919  putative inner membrane protein translocase component YidC  28.83 
 
 		 548 aa  256  7e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00313921  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3037  inner membrane protein, 60 kDa  31.43 
 
 		 545 aa  256  8e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2411  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family domain containing  29.29 
 
 		 570 aa  256  8e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.705473  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3074  hypothetical protein  29.02 
 
 		 556 aa  256  1.0000000000000001e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3986  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.12 
 
 		 552 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.74 
 
 		 553 aa  254  3e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9905  normal  0.344368 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4149  putative inner membrane protein translocase component YidC  29.34 
 
 		 548 aa  254  3e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000105437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4126  putative inner membrane protein translocase component YidC  28.85 
 
 		 548 aa  254  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.222064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5743  putative inner membrane protein translocase component YidC  29.61 
 
 		 560 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00528765  normal  0.582095 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2776  60 kDa inner membrane insertion protein  31.03 
 
 		 569 aa  253  5.000000000000001e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.395944  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3458  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.25 
 
 		 554 aa  254  5.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3215  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.39 
 
 		 554 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15042  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3099  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.39 
 
 		 554 aa  253  6e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.462896  normal  0.0227553 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0133  putative inner membrane protein translocase component YidC  28.97 
 
 		 541 aa  253  6e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0580569  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4176  putative inner membrane protein translocase component YidC  28.69 
 
 		 548 aa  253  8.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2514  putative inner membrane protein translocase component YidC  29.51 
 
 		 541 aa  252  1e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130871  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3757  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.06 
 
 		 554 aa  252  1e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4063  60 kDa inner membrane insertion protein  29.11 
 
 		 542 aa  253  1e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000239208  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4201  protein translocase subunit yidC  33.15 
 
 		 547 aa  251  2e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.017626 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>