More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3339 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_1921  putative inner membrane protein translocase component YidC  55.19 
 
 		 616 aa  644    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.010841  normal  0.727979 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3339  putative inner membrane protein translocase component YidC  100 
 
 		 595 aa  1216    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978164  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5377  YidC translocase/secretase  51.41 
 
 		 605 aa  616  1e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.137275  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5081  60 kDa inner membrane insertion protein  51.32 
 
 		 624 aa  608  1e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.373544  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3503  60 kDa inner membrane insertion protein  50.58 
 
 		 617 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0094107 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3074  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.14 
 
 		 614 aa  602  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.374984  normal  0.974517 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2308  60 kDa inner membrane insertion protein  50.33 
 
 		 614 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.093917 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2351  60 kDa inner membrane insertion protein  50.33 
 
 		 616 aa  600  1e-170  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0911692 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0817  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.73 
 
 		 632 aa  601  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0299  60 kDa inner membrane insertion protein  52.34 
 
 		 609 aa  600  1e-170  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3328  60 kDa inner membrane insertion protein  51.66 
 
 		 604 aa  592  1e-168  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.348306  normal  0.0506937 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2630  YidC translocase/secretase  49.92 
 
 		 616 aa  586  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  0.0394817 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3703  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.24 
 
 		 609 aa  586  1e-166  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0683  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.81 
 
 		 629 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.902315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1201  60 kDa inner membrane insertion protein  51.24 
 
 		 600 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00276614 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0636  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.14 
 
 		 622 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7326  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.97 
 
 		 621 aa  576  1.0000000000000001e-163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0069  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.41 
 
 		 621 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.090165  decreased coverage  0.00200731 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0376  putative inner membrane protein translocase component YidC  49.5 
 
 		 609 aa  566  1e-160  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.388979  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0079  putative inner membrane protein translocase component YidC  48.91 
 
 		 597 aa  558  1e-158  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1361  putative inner membrane protein translocase component YidC  47.91 
 
 		 607 aa  555  1e-157  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.914877  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0095  putative inner membrane protein translocase component YidC  48.41 
 
 		 597 aa  558  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.10916  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1023  putative inner membrane protein translocase component YidC  48.08 
 
 		 610 aa  552  1e-156  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0964  putative inner membrane protein translocase component YidC  47.91 
 
 		 610 aa  551  1e-155  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0080  putative inner membrane protein translocase component YidC  47.4 
 
 		 597 aa  546  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0122237  normal  0.388079 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0354  60 kDa inner membrane insertion protein  45.85 
 
 		 589 aa  533  1e-150  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.265544  normal  0.0945801 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2725  putative inner membrane protein translocase component YidC  46.28 
 
 		 623 aa  521  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0447899 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0455  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.34 
 
 		 620 aa  521  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.107055  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1064  putative inner membrane protein translocase component YidC  46.28 
 
 		 623 aa  519  1e-146  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2869  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.31 
 
 		 628 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2141  60 kDa inner membrane insertion protein  48.64 
 
 		 601 aa  501  1e-140  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0307  putative inner membrane protein translocase component YidC  49.12 
 
 		 608 aa  498  1e-140  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.339153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3617  putative inner membrane protein translocase component YidC  46.19 
 
 		 577 aa  497  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.320662 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0458  protein translocase subunit yidC  43.02 
 
 		 592 aa  494  9.999999999999999e-139  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.836766 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0877  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.6 
 
 		 635 aa  487  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0924516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0328  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.43 
 
 		 606 aa  483  1e-135  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0640  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.97 
 
 		 630 aa  483  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.138762  normal  0.404491 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1048  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.39 
 
 		 612 aa  481  1e-134  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0029293  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0637  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.99 
 
 		 626 aa  474  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.78 
 
 		 584 aa  468  9.999999999999999e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0662479 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0782  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.35 
 
 		 579 aa  464  1e-129  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0578  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.41 
 
 		 600 aa  461  9.999999999999999e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.1977  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0293  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.18 
 
 		 579 aa  449  1e-125  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0237  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.71 
 
 		 569 aa  421  1e-116  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.182056  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0402  inner membrane protein, 60 kDa  38.72 
 
 		 566 aa  376  1e-103  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3757  protein translocase subunit yidC  35.91 
 
 		 556 aa  346  8e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.189784 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4149  60 kDa inner membrane insertion protein  35.05 
 
 		 536 aa  297  3e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3143  inner-membrane protein  32.95 
 
 		 542 aa  288  2e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000171877  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4059  60 kDa inner membrane insertion protein  33.89 
 
 		 537 aa  286  9e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.082021  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3757  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.36 
 
 		 554 aa  283  6.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3458  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.17 
 
 		 554 aa  283  7.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3623  60 kDa inner membrane insertion protein  32.83 
 
 		 542 aa  282  1e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2882  protein translocase subunit yidC  34.3 
 
 		 562 aa  280  7e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.208936  normal  0.460711 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3642  60 kDa inner membrane insertion protein  32.78 
 
 		 530 aa  277  5e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0951488  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.19 
 
 		 553 aa  276  6e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9905  normal  0.344368 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5213  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.68 
 
 		 560 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0006  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.02 
 
 		 560 aa  274  3e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000387778 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3316  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.87 
 
 		 575 aa  274  3e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.783784  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5309  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.02 
 
 		 560 aa  274  3e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.910149  normal  0.0868042 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4485  60 kDa inner membrane insertion protein  31.66 
 
 		 551 aa  274  3e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00386094  hitchhiker  0.00000000260158 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5444  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.02 
 
 		 560 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4201  protein translocase subunit yidC  34.81 
 
 		 547 aa  273  6e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.017626 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0102  60 kDa inner membrane insertion protein  35.28 
 
 		 559 aa  273  7e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5743  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.1 
 
 		 560 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00528765  normal  0.582095 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2139  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  32.41 
 
 		 550 aa  270  4e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2331  60 kDa inner membrane insertion protein  33.33 
 
 		 552 aa  270  7e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6369  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.41 
 
 		 578 aa  269  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3895  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.45 
 
 		 567 aa  268  2e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.676329  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52450  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.95 
 
 		 557 aa  267  5e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73410  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.1 
 
 		 578 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.431479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4014  protein translocase subunit yidC  40.83 
 
 		 557 aa  266  1e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.308779 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4620  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.68 
 
 		 581 aa  265  2e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5612  inner membrane protein, 60 kDa  33.57 
 
 		 562 aa  264  3e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5134  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.1 
 
 		 563 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3460  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.25 
 
 		 555 aa  261  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.03518  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3613  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.13 
 
 		 555 aa  260  4e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2825  protein translocase subunit yidC  34.44 
 
 		 546 aa  260  6e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2085  60 kDa inner membrane insertion protein  30.6 
 
 		 557 aa  259  8e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.39067  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2411  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family domain containing  31.06 
 
 		 570 aa  259  1e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.705473  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1230  60 kDa inner membrane insertion protein  30.23 
 
 		 550 aa  258  3e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0120976  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4429  60 kDa inner membrane insertion protein  30.82 
 
 		 528 aa  257  4e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3466  hypothetical protein  34.07 
 
 		 531 aa  257  5e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.562042  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3098  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.91 
 
 		 550 aa  256  6e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000113724 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2144  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.18 
 
 		 565 aa  255  1.0000000000000001e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00651842  unclonable  0.00000165557 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4793  protein translocase subunit yidC  31.39 
 
 		 565 aa  255  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3037  inner membrane protein, 60 kDa  33.52 
 
 		 545 aa  252  2e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2776  60 kDa inner membrane insertion protein  29.68 
 
 		 569 aa  251  2e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.395944  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0888  60 kDa inner membrane insertion protein  30.07 
 
 		 539 aa  251  4e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00675947 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3087  60 kDa inner membrane insertion protein  35.87 
 
 		 545 aa  248  2e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.863197  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3561  protein translocase subunit yidC  33.93 
 
 		 536 aa  248  2e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4264  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.74 
 
 		 543 aa  247  4e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00254597  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3235  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.07 
 
 		 557 aa  247  4.9999999999999997e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.627922  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2473  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.65 
 
 		 564 aa  247  4.9999999999999997e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000743267 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2758  protein translocase subunit yidC  30.62 
 
 		 552 aa  246  6e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.174551  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2394  protein translocase subunit yidC  30.13 
 
 		 536 aa  246  6.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000698908  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0028  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.56 
 
 		 545 aa  246  9e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.15409  normal  0.0935166 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4113  60 kDa inner membrane insertion protein  28.9 
 
 		 569 aa  246  9e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.731862  normal  0.125371 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3825  protein translocase subunit yidC  36.23 
 
 		 553 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4035  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.78 
 
 		 543 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.247258  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3986  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.6 
 
 		 552 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>