More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0817 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1201  60 kDa inner membrane insertion protein  55.91 
 
 		 600 aa  714    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00276614 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0299  60 kDa inner membrane insertion protein  53.07 
 
 		 609 aa  658    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2351  60 kDa inner membrane insertion protein  54.15 
 
 		 616 aa  703    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0911692 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0964  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.55 
 
 		 610 aa  642    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1023  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.55 
 
 		 610 aa  640    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0080  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.95 
 
 		 597 aa  636    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0122237  normal  0.388079 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0636  putative inner membrane protein translocase component YidC  80.7 
 
 		 622 aa  1000    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5377  YidC translocase/secretase  56.74 
 
 		 605 aa  706    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.137275  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3074  putative inner membrane protein translocase component YidC  71.16 
 
 		 614 aa  966    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.374984  normal  0.974517 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1921  putative inner membrane protein translocase component YidC  60.31 
 
 		 616 aa  785    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.010841  normal  0.727979 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5081  60 kDa inner membrane insertion protein  55.45 
 
 		 624 aa  707    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.373544  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7326  putative inner membrane protein translocase component YidC  74.33 
 
 		 621 aa  927    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0683  putative inner membrane protein translocase component YidC  79.64 
 
 		 629 aa  1011    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.902315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0817  putative inner membrane protein translocase component YidC  100 
 
 		 632 aa  1294    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3503  60 kDa inner membrane insertion protein  56.8 
 
 		 617 aa  723    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0094107 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0069  putative inner membrane protein translocase component YidC  78.86 
 
 		 621 aa  987    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.090165  decreased coverage  0.00200731 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3703  putative inner membrane protein translocase component YidC  73.22 
 
 		 609 aa  972    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0079  putative inner membrane protein translocase component YidC  53 
 
 		 597 aa  661    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2630  YidC translocase/secretase  54.15 
 
 		 616 aa  692    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  0.0394817 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0376  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.66 
 
 		 609 aa  663    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.388979  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1361  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.65 
 
 		 607 aa  651    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.914877  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2308  60 kDa inner membrane insertion protein  53.92 
 
 		 614 aa  704    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.093917 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3328  60 kDa inner membrane insertion protein  56.96 
 
 		 604 aa  720    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.348306  normal  0.0506937 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0095  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.27 
 
 		 597 aa  632  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.10916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0455  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.86 
 
 		 620 aa  627  1e-178  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.107055  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3339  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.72 
 
 		 595 aa  615  1e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978164  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1048  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.61 
 
 		 612 aa  541  9.999999999999999e-153  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0029293  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2725  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.77 
 
 		 623 aa  512  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0447899 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1064  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.77 
 
 		 623 aa  512  1e-144  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0458  protein translocase subunit yidC  42.17 
 
 		 592 aa  511  1e-143  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.836766 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2869  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.9 
 
 		 628 aa  502  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0307  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.65 
 
 		 608 aa  505  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.339153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0640  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.29 
 
 		 630 aa  503  1e-141  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.138762  normal  0.404491 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0877  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.48 
 
 		 635 aa  502  1e-141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0924516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0328  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.62 
 
 		 606 aa  494  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0637  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.95 
 
 		 626 aa  488  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3617  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.09 
 
 		 577 aa  483  1e-135  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.320662 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0354  60 kDa inner membrane insertion protein  42.06 
 
 		 589 aa  479  1e-134  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.265544  normal  0.0945801 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0578  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.14 
 
 		 600 aa  475  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.1977  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.49 
 
 		 584 aa  475  1e-133  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0662479 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2141  60 kDa inner membrane insertion protein  41.17 
 
 		 601 aa  457  1e-127  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0782  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.25 
 
 		 579 aa  415  1e-114  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0293  putative inner membrane protein translocase component YidC  36.93 
 
 		 579 aa  401  9.999999999999999e-111  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0237  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.53 
 
 		 569 aa  365  1e-99  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.182056  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0402  inner membrane protein, 60 kDa  33.77 
 
 		 566 aa  351  3e-95  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3757  protein translocase subunit yidC  34.52 
 
 		 556 aa  331  2e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.189784 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3895  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.19 
 
 		 567 aa  287  5e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.676329  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2411  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family domain containing  34.03 
 
 		 570 aa  283  5.000000000000001e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.705473  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4014  protein translocase subunit yidC  32.8 
 
 		 557 aa  280  5e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.308779 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52450  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.45 
 
 		 557 aa  279  1e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2085  60 kDa inner membrane insertion protein  34.74 
 
 		 557 aa  277  4e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.39067  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2331  60 kDa inner membrane insertion protein  34.63 
 
 		 552 aa  276  7e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3458  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.48 
 
 		 554 aa  271  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.47 
 
 		 553 aa  271  4e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9905  normal  0.344368 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3757  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.29 
 
 		 554 aa  270  7e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0102  60 kDa inner membrane insertion protein  34.75 
 
 		 559 aa  268  2e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3623  60 kDa inner membrane insertion protein  32.04 
 
 		 542 aa  266  7e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3098  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.85 
 
 		 550 aa  265  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000113724 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4485  60 kDa inner membrane insertion protein  32.06 
 
 		 551 aa  263  4.999999999999999e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00386094  hitchhiker  0.00000000260158 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4620  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.51 
 
 		 581 aa  262  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4201  protein translocase subunit yidC  33.1 
 
 		 547 aa  261  2e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.017626 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3613  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.55 
 
 		 555 aa  261  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2882  protein translocase subunit yidC  32.2 
 
 		 562 aa  261  2e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.208936  normal  0.460711 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5213  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.85 
 
 		 560 aa  261  3e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6369  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.03 
 
 		 578 aa  259  8e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4113  60 kDa inner membrane insertion protein  31.21 
 
 		 569 aa  259  1e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.731862  normal  0.125371 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3215  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.63 
 
 		 554 aa  259  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15042  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73410  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.77 
 
 		 578 aa  259  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.431479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5444  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.6 
 
 		 560 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5134  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.19 
 
 		 563 aa  258  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3099  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.63 
 
 		 554 aa  258  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.462896  normal  0.0227553 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0006  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.6 
 
 		 560 aa  258  3e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000387778 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5309  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.6 
 
 		 560 aa  258  3e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.910149  normal  0.0868042 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5612  inner membrane protein, 60 kDa  32.26 
 
 		 562 aa  257  5e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5743  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.13 
 
 		 560 aa  256  8e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00528765  normal  0.582095 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3181  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.17 
 
 		 553 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2549  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.17 
 
 		 552 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157228  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3163  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.17 
 
 		 552 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.133827  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4149  60 kDa inner membrane insertion protein  31.19 
 
 		 536 aa  254  3e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2394  protein translocase subunit yidC  30.43 
 
 		 536 aa  254  3e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000698908  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3642  60 kDa inner membrane insertion protein  31.68 
 
 		 530 aa  254  4.0000000000000004e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0951488  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2241  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.59 
 
 		 558 aa  253  7e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3397  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.59 
 
 		 558 aa  253  7e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1917  60 kDa inner membrane insertion protein  32.21 
 
 		 534 aa  253  7e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0379054  normal  0.178209 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2844  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.59 
 
 		 558 aa  253  7e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110043  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3550  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.59 
 
 		 558 aa  253  7e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3986  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.1 
 
 		 552 aa  252  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3235  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.78 
 
 		 557 aa  253  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.627922  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3316  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.27 
 
 		 575 aa  253  1e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.783784  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4059  60 kDa inner membrane insertion protein  33.27 
 
 		 537 aa  252  2e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.082021  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3460  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.03 
 
 		 555 aa  252  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.03518  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0304  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.59 
 
 		 558 aa  252  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0093  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.59 
 
 		 558 aa  252  2e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0107  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.59 
 
 		 558 aa  252  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6520  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.27 
 
 		 555 aa  251  3e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4466  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.39 
 
 		 552 aa  251  3e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4793  protein translocase subunit yidC  30.66 
 
 		 565 aa  250  5e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4242  60 kDa inner membrane insertion protein  31.29 
 
 		 571 aa  250  6e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00149519  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3154  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.27 
 
 		 553 aa  249  9e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000638548 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2139  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  30.9 
 
 		 550 aa  249  1e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.122675 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>