More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0877 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0328  putative inner membrane protein translocase component YidC  58.49 
 
 		 606 aa  702    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2725  putative inner membrane protein translocase component YidC  56.97 
 
 		 623 aa  697    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0447899 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1064  putative inner membrane protein translocase component YidC  56.79 
 
 		 623 aa  697    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0637  putative inner membrane protein translocase component YidC  54.66 
 
 		 626 aa  682    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0307  putative inner membrane protein translocase component YidC  57 
 
 		 608 aa  674    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.339153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2869  putative inner membrane protein translocase component YidC  57.85 
 
 		 628 aa  705    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0877  putative inner membrane protein translocase component YidC  100 
 
 		 635 aa  1291    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0924516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1921  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.8 
 
 		 616 aa  525  1e-147  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.010841  normal  0.727979 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3074  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.44 
 
 		 614 aa  521  1e-146  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.374984  normal  0.974517 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5377  YidC translocase/secretase  43.87 
 
 		 605 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.137275  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1201  60 kDa inner membrane insertion protein  44.95 
 
 		 600 aa  511  1e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00276614 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2308  60 kDa inner membrane insertion protein  43.21 
 
 		 614 aa  510  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.093917 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3503  60 kDa inner membrane insertion protein  44.22 
 
 		 617 aa  511  1e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0094107 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5081  60 kDa inner membrane insertion protein  42.51 
 
 		 624 aa  509  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.373544  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0299  60 kDa inner membrane insertion protein  44.11 
 
 		 609 aa  508  9.999999999999999e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0817  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.73 
 
 		 632 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2351  60 kDa inner membrane insertion protein  43.01 
 
 		 616 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0911692 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0079  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.77 
 
 		 597 aa  506  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3703  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.92 
 
 		 609 aa  505  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3328  60 kDa inner membrane insertion protein  43.64 
 
 		 604 aa  504  1e-141  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.348306  normal  0.0506937 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0095  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.25 
 
 		 597 aa  501  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.10916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3339  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.6 
 
 		 595 aa  498  1e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978164  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2630  YidC translocase/secretase  42.68 
 
 		 616 aa  498  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  0.0394817 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7326  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.23 
 
 		 621 aa  489  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0080  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.56 
 
 		 597 aa  490  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0122237  normal  0.388079 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0683  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.46 
 
 		 629 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.902315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0455  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.49 
 
 		 620 aa  486  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.107055  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0376  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.86 
 
 		 609 aa  483  1e-135  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.388979  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0636  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.24 
 
 		 622 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0069  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.24 
 
 		 621 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.090165  decreased coverage  0.00200731 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0964  putative inner membrane protein translocase component YidC  40.55 
 
 		 610 aa  473  1e-132  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1023  putative inner membrane protein translocase component YidC  40.31 
 
 		 610 aa  471  1.0000000000000001e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.74 
 
 		 584 aa  469  1.0000000000000001e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0662479 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1361  putative inner membrane protein translocase component YidC  40.9 
 
 		 607 aa  468  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.914877  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1048  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.4 
 
 		 612 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0029293  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3617  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.93 
 
 		 577 aa  447  1.0000000000000001e-124  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.320662 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2141  60 kDa inner membrane insertion protein  41.92 
 
 		 601 aa  448  1.0000000000000001e-124  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0578  putative inner membrane protein translocase component YidC  40.3 
 
 		 600 aa  428  1e-118  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.1977  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0354  60 kDa inner membrane insertion protein  38.2 
 
 		 589 aa  413  1e-114  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.265544  normal  0.0945801 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0458  protein translocase subunit yidC  38.83 
 
 		 592 aa  410  1e-113  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.836766 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0640  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.13 
 
 		 630 aa  385  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.138762  normal  0.404491 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0782  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.33 
 
 		 579 aa  380  1e-104  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0293  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.93 
 
 		 579 aa  371  1e-101  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0237  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.44 
 
 		 569 aa  361  2e-98  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.182056  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0402  inner membrane protein, 60 kDa  34.05 
 
 		 566 aa  342  2e-92  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3757  protein translocase subunit yidC  32.32 
 
 		 556 aa  296  1e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.189784 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0033  60 kDa inner membrane insertion protein  33.61 
 
 		 528 aa  283  8.000000000000001e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.401707 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0032  inner membrane protein, 60 kDa  33.61 
 
 		 528 aa  283  8.000000000000001e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2411  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family domain containing  32.53 
 
 		 570 aa  279  1e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.705473  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3458  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.55 
 
 		 554 aa  274  3e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3757  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.55 
 
 		 554 aa  273  6e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3613  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.19 
 
 		 555 aa  270  5.9999999999999995e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2331  60 kDa inner membrane insertion protein  33.02 
 
 		 552 aa  269  1e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3623  60 kDa inner membrane insertion protein  33 
 
 		 542 aa  265  2e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0102  60 kDa inner membrane insertion protein  35.27 
 
 		 559 aa  264  3e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3542  YidC translocase/secretase  32.22 
 
 		 569 aa  264  4e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4793  protein translocase subunit yidC  31.03 
 
 		 565 aa  264  4e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0028  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.53 
 
 		 545 aa  263  8e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.15409  normal  0.0935166 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.04 
 
 		 553 aa  263  8.999999999999999e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9905  normal  0.344368 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3460  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.04 
 
 		 555 aa  260  6e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.03518  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4201  protein translocase subunit yidC  31.44 
 
 		 547 aa  259  7e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.017626 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3098  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.52 
 
 		 550 aa  259  7e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000113724 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3037  inner membrane protein, 60 kDa  31.86 
 
 		 545 aa  258  2e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4014  protein translocase subunit yidC  31.2 
 
 		 557 aa  256  6e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.308779 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4140  protein translocase subunit yidC  33.33 
 
 		 570 aa  256  8e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.555817 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2144  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.38 
 
 		 565 aa  256  1.0000000000000001e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00651842  unclonable  0.00000165557 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2388  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.31 
 
 		 566 aa  256  1.0000000000000001e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00758023  hitchhiker  0.00000120585 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3087  60 kDa inner membrane insertion protein  31.02 
 
 		 545 aa  255  2.0000000000000002e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.863197  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3316  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.32 
 
 		 575 aa  255  2.0000000000000002e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.783784  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3895  putative inner membrane protein translocase component YidC  29.97 
 
 		 567 aa  255  2.0000000000000002e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.676329  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3611  60 kDa inner membrane insertion protein  31.5 
 
 		 566 aa  254  4.0000000000000004e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3550  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.67 
 
 		 558 aa  252  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4035  putative inner membrane protein translocase component YidC  30 
 
 		 543 aa  251  2e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.247258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2241  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.67 
 
 		 558 aa  252  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3397  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.67 
 
 		 558 aa  252  2e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3143  inner-membrane protein  30.58 
 
 		 542 aa  252  2e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000171877  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2844  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.67 
 
 		 558 aa  252  2e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110043  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3235  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.99 
 
 		 557 aa  251  3e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.627922  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0107  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.67 
 
 		 558 aa  251  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0304  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.67 
 
 		 558 aa  251  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0093  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.67 
 
 		 558 aa  251  4e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3215  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.24 
 
 		 554 aa  251  4e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15042  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3099  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.24 
 
 		 554 aa  250  5e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.462896  normal  0.0227553 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1230  60 kDa inner membrane insertion protein  30.11 
 
 		 550 aa  250  6e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0120976  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2473  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.89 
 
 		 564 aa  250  7e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000743267 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6369  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.19 
 
 		 578 aa  249  9e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4215  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.12 
 
 		 548 aa  249  1e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000897196  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4233  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.6 
 
 		 548 aa  249  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.11489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4126  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.6 
 
 		 548 aa  249  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.222064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4054  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.6 
 
 		 548 aa  249  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0899835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4069  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.6 
 
 		 548 aa  249  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00340238  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4264  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.39 
 
 		 543 aa  248  2e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00254597  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5309  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.05 
 
 		 560 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.910149  normal  0.0868042 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5213  putative inner membrane protein translocase component YidC  29.56 
 
 		 560 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73410  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.19 
 
 		 578 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.431479  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4261  YidC translocase/secretase  32.12 
 
 		 548 aa  248  3e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4289  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.12 
 
 		 548 aa  248  3e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0759973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5135  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.12 
 
 		 548 aa  248  3e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00207092  normal  0.0616185 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3919  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.12 
 
 		 548 aa  248  3e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00313921  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4072  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.12 
 
 		 548 aa  248  3e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.131417  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>