More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_3561 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3466  hypothetical protein  72.2 
 
 
531 aa  771    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.562042  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3561  protein translocase subunit yidC  100 
 
 
536 aa  1097    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4429  60 kDa inner membrane insertion protein  55.81 
 
 
528 aa  594  1e-168  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3623  60 kDa inner membrane insertion protein  57.09 
 
 
542 aa  592  1e-168  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3642  60 kDa inner membrane insertion protein  55.08 
 
 
530 aa  557  1e-157  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0951488  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4149  60 kDa inner membrane insertion protein  54.36 
 
 
536 aa  556  1e-157  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4059  60 kDa inner membrane insertion protein  53.07 
 
 
537 aa  542  1e-153  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.082021  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3143  inner-membrane protein  44.8 
 
 
542 aa  450  1e-125  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000171877  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1917  60 kDa inner membrane insertion protein  40.76 
 
 
534 aa  373  1e-102  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0379054  normal  0.178209 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3757  protein translocase subunit yidC  38.1 
 
 
556 aa  360  2e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.189784 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0888  60 kDa inner membrane insertion protein  40.94 
 
 
539 aa  360  3e-98  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00675947 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2597  60 kDa inner membrane insertion protein  39.02 
 
 
553 aa  356  5.999999999999999e-97  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.953083  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2394  protein translocase subunit yidC  39.93 
 
 
536 aa  351  2e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000698908  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3157  60 kDa inner membrane insertion protein  40.4 
 
 
534 aa  350  4e-95  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.199862  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2758  protein translocase subunit yidC  38.52 
 
 
552 aa  347  4e-94  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.174551  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2882  protein translocase subunit yidC  36.21 
 
 
562 aa  340  2.9999999999999998e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.208936  normal  0.460711 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2139  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  38.32 
 
 
550 aa  337  2.9999999999999997e-91  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2331  60 kDa inner membrane insertion protein  37.88 
 
 
552 aa  335  1e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1967  YidC translocase/secretase  36.81 
 
 
548 aa  330  3e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.537012  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0102  60 kDa inner membrane insertion protein  39.27 
 
 
559 aa  325  1e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1230  60 kDa inner membrane insertion protein  36.2 
 
 
550 aa  320  3e-86  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0120976  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3098  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.38 
 
 
550 aa  309  8e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000113724 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2600  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  34.69 
 
 
567 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.417089 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0004  inner membrane protein, 60 kDa  35.17 
 
 
541 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4002  60 kDa inner membrane insertion protein  35.11 
 
 
541 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000355464  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4032  protein translocase subunit yidC  34.84 
 
 
541 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000158142  hitchhiker  0.000218645 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4201  protein translocase subunit yidC  35.06 
 
 
547 aa  307  3e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.017626 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4521  60 kDa inner membrane insertion protein  34.57 
 
 
541 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000305334  hitchhiker  0.000938862 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3940  protein translocase subunit yidC  34.84 
 
 
541 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000301662  unclonable  0.0000000000640431 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4380  60 kDa inner membrane insertion protein  34.57 
 
 
541 aa  306  6e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000064378  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4379  60 kDa inner membrane insertion protein  34.57 
 
 
541 aa  306  6e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000322788  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4325  YidC translocase/secretase  34.57 
 
 
541 aa  306  6e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000679014  unclonable  0.00000000000486692 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0006  protein translocase subunit yidC  34.45 
 
 
541 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000101193  unclonable  0.0000000000873101 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2514  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.47 
 
 
541 aa  304  3.0000000000000004e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130871  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3235  putative inner membrane protein translocase component YidC  36.13 
 
 
557 aa  303  6.000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.627922  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0304  putative inner membrane protein translocase component YidC  36.12 
 
 
558 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0093  putative inner membrane protein translocase component YidC  36.12 
 
 
558 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0107  putative inner membrane protein translocase component YidC  36.12 
 
 
558 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3866  60 kDa inner membrane insertion protein  35.25 
 
 
542 aa  303  8.000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000155519  unclonable  0.00000398144 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3550  putative inner membrane protein translocase component YidC  36.12 
 
 
558 aa  302  9e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2241  putative inner membrane protein translocase component YidC  36.12 
 
 
558 aa  302  9e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2844  putative inner membrane protein translocase component YidC  36.12 
 
 
558 aa  302  9e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110043  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3397  putative inner membrane protein translocase component YidC  36.12 
 
 
558 aa  302  9e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0009  inner membrane protein, 60 kDa  34.76 
 
 
541 aa  300  4e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000942032  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4466  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.09 
 
 
552 aa  299  9e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3986  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.27 
 
 
552 aa  299  9e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3074  hypothetical protein  36.03 
 
 
556 aa  298  1e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0002  60 kDa inner membrane insertion protein  36.14 
 
 
544 aa  298  2e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000135714  unclonable  0.000000000155498 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3087  60 kDa inner membrane insertion protein  35.87 
 
 
545 aa  298  2e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.863197  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0032  inner membrane protein, 60 kDa  36.1 
 
 
528 aa  298  2e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0033  60 kDa inner membrane insertion protein  36.1 
 
 
528 aa  298  2e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.401707 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3318  protein translocase subunit YidC  38.18 
 
 
557 aa  297  3e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3215  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.83 
 
 
554 aa  297  3e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15042  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3895  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.38 
 
 
567 aa  296  4e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.676329  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3099  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.83 
 
 
554 aa  296  5e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.462896  normal  0.0227553 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2930  hypothetical protein  36.03 
 
 
556 aa  296  7e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3613  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.48 
 
 
555 aa  296  9e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4063  60 kDa inner membrane insertion protein  35.98 
 
 
542 aa  295  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000239208  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4485  60 kDa inner membrane insertion protein  34.77 
 
 
551 aa  295  2e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00386094  hitchhiker  0.00000000260158 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3154  putative inner membrane protein translocase component YidC  36.04 
 
 
553 aa  294  3e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000638548 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2549  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.51 
 
 
552 aa  293  5e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157228  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3163  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.51 
 
 
552 aa  293  5e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.133827  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3181  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.1 
 
 
553 aa  292  9e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52450  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.86 
 
 
557 aa  291  1e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4257  60 kDa inner membrane insertion protein  35.67 
 
 
545 aa  292  1e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000606394  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3316  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.99 
 
 
575 aa  292  1e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.783784  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6520  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.39 
 
 
555 aa  291  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3775  60 kDa inner membrane insertion protein  34.52 
 
 
541 aa  291  2e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000106175  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3460  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.26 
 
 
555 aa  291  3e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.03518  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0028  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.86 
 
 
545 aa  290  3e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.15409  normal  0.0935166 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4929  60 kDa inner membrane insertion protein  36.1 
 
 
544 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000771873  unclonable  0.00000001353 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3037  inner membrane protein, 60 kDa  35.5 
 
 
545 aa  289  9e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4293  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.23 
 
 
544 aa  288  1e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.016276  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5213  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.39 
 
 
560 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4264  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.11 
 
 
543 aa  287  2.9999999999999996e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00254597  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5612  inner membrane protein, 60 kDa  33.57 
 
 
562 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1831  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.96 
 
 
518 aa  287  4e-76  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5444  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.21 
 
 
560 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4035  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.72 
 
 
543 aa  286  5.999999999999999e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.247258  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5743  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.68 
 
 
560 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00528765  normal  0.582095 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4069  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.14 
 
 
548 aa  286  7e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00340238  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4176  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.14 
 
 
548 aa  286  7e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4616  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.42 
 
 
543 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159313  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0003  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.45 
 
 
541 aa  285  1.0000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0110357  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0006  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.04 
 
 
560 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000387778 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00436  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.23 
 
 
540 aa  285  1.0000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5134  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.74 
 
 
563 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2825  protein translocase subunit yidC  34.83 
 
 
546 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5309  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.04 
 
 
560 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.910149  normal  0.0868042 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4233  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.94 
 
 
548 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.11489  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4054  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.94 
 
 
548 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0899835  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4126  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.87 
 
 
548 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.222064  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.12 
 
 
584 aa  283  4.0000000000000003e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0662479 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2197  60 kDa inner membrane insertion protein  34.89 
 
 
551 aa  283  5.000000000000001e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.297594  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2776  60 kDa inner membrane insertion protein  33.71 
 
 
569 aa  283  7.000000000000001e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.395944  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3339  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.4 
 
 
595 aa  282  1e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978164  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2351  60 kDa inner membrane insertion protein  31.49 
 
 
616 aa  282  1e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0911692 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4215  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.4 
 
 
548 aa  281  2e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000897196  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2308  60 kDa inner membrane insertion protein  31.81 
 
 
614 aa  281  2e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.093917 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4220  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.6 
 
 
548 aa  281  2e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.118855  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>