More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0004 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0004  inner membrane protein, 60 kDa  100 
 
 		 541 aa  1111    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4257  60 kDa inner membrane insertion protein  79.45 
 
 		 545 aa  913    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000606394  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4379  60 kDa inner membrane insertion protein  92.24 
 
 		 541 aa  1045    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000322788  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3866  60 kDa inner membrane insertion protein  83.39 
 
 		 542 aa  958    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000155519  unclonable  0.00000398144 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0002  60 kDa inner membrane insertion protein  78.12 
 
 		 544 aa  896    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000135714  unclonable  0.000000000155498 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4521  60 kDa inner membrane insertion protein  92.24 
 
 		 541 aa  1045    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000305334  hitchhiker  0.000938862 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3775  60 kDa inner membrane insertion protein  79.67 
 
 		 541 aa  910    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000106175  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4325  YidC translocase/secretase  92.24 
 
 		 541 aa  1045    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000679014  unclonable  0.00000000000486692 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4002  60 kDa inner membrane insertion protein  92.98 
 
 		 541 aa  1052    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000355464  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4380  60 kDa inner membrane insertion protein  92.24 
 
 		 541 aa  1045    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000064378  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0009  inner membrane protein, 60 kDa  79.89 
 
 		 541 aa  903    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000942032  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3940  protein translocase subunit yidC  96.86 
 
 		 541 aa  1085    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000301662  unclonable  0.0000000000640431 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4032  protein translocase subunit yidC  97.04 
 
 		 541 aa  1087    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000158142  hitchhiker  0.000218645 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4063  60 kDa inner membrane insertion protein  80.07 
 
 		 542 aa  926    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000239208  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4929  60 kDa inner membrane insertion protein  79.6 
 
 		 544 aa  901    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000771873  unclonable  0.00000001353 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0006  protein translocase subunit yidC  96.3 
 
 		 541 aa  1080    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000101193  unclonable  0.0000000000873101 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4035  putative inner membrane protein translocase component YidC  54.93 
 
 		 543 aa  613  9.999999999999999e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.247258  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4264  putative inner membrane protein translocase component YidC  54.74 
 
 		 543 aa  611  1e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00254597  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4293  putative inner membrane protein translocase component YidC  54.38 
 
 		 544 aa  607  9.999999999999999e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.016276  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2514  putative inner membrane protein translocase component YidC  55.06 
 
 		 541 aa  596  1e-169  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130871  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4616  putative inner membrane protein translocase component YidC  54.2 
 
 		 543 aa  598  1e-169  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159313  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5050  inner membrane protein, 60 kDa  53.7 
 
 		 543 aa  592  1e-168  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4312  60 kDa inner membrane insertion protein  52.47 
 
 		 543 aa  592  1e-168  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.301696  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0003  putative inner membrane protein translocase component YidC  54.03 
 
 		 541 aa  593  1e-168  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0110357  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0028  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.19 
 
 		 545 aa  588  1e-166  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.15409  normal  0.0935166 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00436  putative inner membrane protein translocase component YidC  55.62 
 
 		 540 aa  586  1e-166  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4182  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.55 
 
 		 546 aa  583  1.0000000000000001e-165  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000773413  normal  0.0773458 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4157  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.55 
 
 		 546 aa  583  1.0000000000000001e-165  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000113128  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4246  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.55 
 
 		 546 aa  583  1.0000000000000001e-165  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000142375  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4233  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.64 
 
 		 548 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.11489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4054  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.64 
 
 		 548 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0899835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4069  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.64 
 
 		 548 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00340238  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3611  60 kDa inner membrane insertion protein  53.29 
 
 		 566 aa  577  1.0000000000000001e-163  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002016  OxaI/YidC membrane insertion protein  54.51 
 
 		 540 aa  576  1.0000000000000001e-163  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000829805  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4126  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.28 
 
 		 548 aa  575  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.222064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4176  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.28 
 
 		 548 aa  576  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4149  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.09 
 
 		 548 aa  571  1e-161  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000105437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4215  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.09 
 
 		 548 aa  568  1e-161  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000897196  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03589  inner membrane protein translocase component YidC  52.09 
 
 		 548 aa  567  1e-160  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.75257  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4261  YidC translocase/secretase  52.09 
 
 		 548 aa  567  1e-160  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5135  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.09 
 
 		 548 aa  568  1e-160  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00207092  normal  0.0616185 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03533  hypothetical protein  52.09 
 
 		 548 aa  567  1e-160  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.534027  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4072  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.09 
 
 		 548 aa  568  1e-160  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.131417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3919  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.09 
 
 		 548 aa  568  1e-160  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00313921  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4220  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.91 
 
 		 548 aa  566  1e-160  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.118855  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0133  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.2 
 
 		 541 aa  566  1e-160  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0580569  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4289  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.09 
 
 		 548 aa  568  1e-160  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0759973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4485  60 kDa inner membrane insertion protein  49 
 
 		 551 aa  538  1e-151  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00386094  hitchhiker  0.00000000260158 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0006  putative inner membrane protein translocase component YidC  47.75 
 
 		 560 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000387778 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5444  putative inner membrane protein translocase component YidC  47.93 
 
 		 560 aa  511  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5309  putative inner membrane protein translocase component YidC  47.75 
 
 		 560 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.910149  normal  0.0868042 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5743  putative inner membrane protein translocase component YidC  47.75 
 
 		 560 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00528765  normal  0.582095 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5213  putative inner membrane protein translocase component YidC  47.57 
 
 		 560 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0136  putative inner membrane protein translocase component YidC  46.88 
 
 		 533 aa  508  9.999999999999999e-143  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.170147  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5612  inner membrane protein, 60 kDa  46.01 
 
 		 562 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52450  putative inner membrane protein translocase component YidC  46.13 
 
 		 557 aa  493  9.999999999999999e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5134  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.54 
 
 		 563 aa  489  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3316  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.02 
 
 		 575 aa  490  1e-137  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.783784  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4620  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.77 
 
 		 581 aa  475  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6369  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.27 
 
 		 578 aa  476  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73410  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.62 
 
 		 578 aa  475  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.431479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3895  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.86 
 
 		 567 aa  475  1e-132  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.676329  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4014  protein translocase subunit yidC  44.19 
 
 		 557 aa  469  1.0000000000000001e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.308779 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2882  protein translocase subunit yidC  43.96 
 
 		 562 aa  461  9.999999999999999e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.208936  normal  0.460711 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3087  60 kDa inner membrane insertion protein  43.9 
 
 		 545 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.863197  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2144  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.6 
 
 		 565 aa  448  1.0000000000000001e-124  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00651842  unclonable  0.00000165557 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3318  protein translocase subunit YidC  45.62 
 
 		 557 aa  444  1e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2388  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.09 
 
 		 566 aa  443  1e-123  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00758023  hitchhiker  0.00000120585 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3037  inner membrane protein, 60 kDa  43.8 
 
 		 545 aa  438  1e-121  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2411  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family domain containing  41.83 
 
 		 570 aa  433  1e-120  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.705473  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2473  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.32 
 
 		 564 aa  433  1e-120  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000743267 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2758  protein translocase subunit yidC  42.55 
 
 		 552 aa  429  1e-119  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.174551  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04101  inner membrane protein, 60 kDa  49.77 
 
 		 441 aa  422  1e-117  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.117414  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1230  60 kDa inner membrane insertion protein  41.95 
 
 		 550 aa  419  1e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0120976  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2776  60 kDa inner membrane insertion protein  40.39 
 
 		 569 aa  421  1e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.395944  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4201  protein translocase subunit yidC  41.21 
 
 		 547 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.017626 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2331  60 kDa inner membrane insertion protein  44.61 
 
 		 552 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3074  hypothetical protein  41.56 
 
 		 556 aa  403  1e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2930  hypothetical protein  41.37 
 
 		 556 aa  400  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3098  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.28 
 
 		 550 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000113724 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2600  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  40.39 
 
 		 567 aa  398  1e-109  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.417089 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4113  60 kDa inner membrane insertion protein  39.38 
 
 		 569 aa  393  1e-108  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.731862  normal  0.125371 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2197  60 kDa inner membrane insertion protein  40.14 
 
 		 551 aa  389  1e-107  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.297594  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2122  inner membrane protein oxaA  39.45 
 
 		 566 aa  386  1e-106  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3613  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.19 
 
 		 555 aa  385  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0201  60 kDa inner membrane protein  39.45 
 
 		 566 aa  389  1e-106  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3215  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.21 
 
 		 554 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15042  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3099  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.21 
 
 		 554 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.462896  normal  0.0227553 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3986  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.8 
 
 		 552 aa  380  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2844  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.45 
 
 		 558 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110043  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0107  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.45 
 
 		 558 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3550  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.45 
 
 		 558 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3397  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.45 
 
 		 558 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3460  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.61 
 
 		 555 aa  379  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.03518  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0304  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.45 
 
 		 558 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2241  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.45 
 
 		 558 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3235  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.16 
 
 		 557 aa  379  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.627922  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4242  60 kDa inner membrane insertion protein  37.61 
 
 		 571 aa  382  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00149519  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4466  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.91 
 
 		 552 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0093  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.45 
 
 		 558 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>