More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3603 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3603  dihydrodipicolinate synthetase  100 
 
 		 317 aa  647    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3112  dihydrodipicolinate synthetase  89.27 
 
 		 317 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114447  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2353  dihydrodipicolinate synthetase  88.33 
 
 		 317 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0317457  normal  0.302248 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5002  putative dihydrodipicolinate synthetase  76.66 
 
 		 317 aa  522  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.265912 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3385  dihydrodipicolinate synthetase  79.81 
 
 		 317 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.341407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3300  dihydrodipicolinate synthetase  70.74 
 
 		 312 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2468  dihydrodipicolinate synthetase  70.55 
 
 		 308 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0451761  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7578  dihydrodipicolinate synthetase  71.34 
 
 		 309 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3139  dihydrodipicolinate synthetase  70.68 
 
 		 308 aa  438  9.999999999999999e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1528  dihydrodipicolinate synthetase  67.21 
 
 		 311 aa  423  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3658  dihydrodipicolinate synthetase  56.48 
 
 		 310 aa  338  9e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3957  dihydrodipicolinate synthetase  55.81 
 
 		 310 aa  335  7e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.654055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1636  dihydrodipicolinate synthetase  48.84 
 
 		 311 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1485  dihydrodipicolinate synthetase  50.68 
 
 		 302 aa  287  2e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.177737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2042  dihydrodipicolinate synthetase  47.6 
 
 		 307 aa  275  7e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.632197 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3101  dihydrodipicolinate synthetase  45.82 
 
 		 308 aa  271  1e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3424  dihydrodipicolinate synthetase  47.46 
 
 		 308 aa  271  1e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3456  putative dihydrodipicolinate synthase  45.48 
 
 		 308 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3779  dihydrodipicolinate synthetase  39.73 
 
 		 295 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2247  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  31.31 
 
 		 312 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.11858  hitchhiker  0.00000394789 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6033  dihydrodipicolinate synthetase  30.46 
 
 		 306 aa  115  6.9999999999999995e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2707  dihydrodipicolinate synthetase  29.87 
 
 		 316 aa  107  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.220655 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2596  dihydrodipicolinate synthetase  28.72 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.354189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3308  dihydrodipicolinate synthetase  30.42 
 
 		 324 aa  102  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3006  dihydrodipicolinate synthetase  28.04 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1052  dihydrodipicolinate synthetase  28.92 
 
 		 305 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4983  dihydrodipicolinate synthetase  27.24 
 
 		 309 aa  99  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6711  dihydrodipicolinate synthetase  27.61 
 
 		 309 aa  99  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3204  dihydrodipicolinate synthetase  27.72 
 
 		 309 aa  97.4  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.678825  normal  0.148766 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4923  dihydrodipicolinate synthetase  28.05 
 
 		 309 aa  96.7  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.504721 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1630  dihydrodipicolinate synthase, putative  27.48 
 
 		 309 aa  96.3  6e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0633747  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0453  dihydrodipicolinate synthetase  28.22 
 
 		 309 aa  95.9  7e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1026  dihydrodipicolinate synthetase  28.22 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0042  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  27.15 
 
 		 309 aa  93.2  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5478  dihydrodipicolinate synthetase  27.39 
 
 		 309 aa  92.8  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0261225 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2837  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  30.93 
 
 		 305 aa  92  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.719911  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1078  dihydrodipicolinate synthetase  29.41 
 
 		 325 aa  91.7  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0707  dihydrodipicolinate synthetase  26.76 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.231 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3940  dihydrodipicolinate synthetase  30 
 
 		 308 aa  89.4  8e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4666  dihydrodipicolinate synthetase  29.41 
 
 		 310 aa  89  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.966084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4575  dihydrodipicolinate synthetase  29.33 
 
 		 310 aa  86.3  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6235  dihydrodipicolinate synthetase  29.18 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.366894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6404  dihydrodipicolinate synthetase  29.18 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6637  dihydrodipicolinate synthetase  29.18 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.207106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1021  dihydrodipicolinate synthetase  27.61 
 
 		 310 aa  82  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3398  dihydrodipicolinate synthetase  28.76 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.832582  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2738  dihydrodipicolinate synthetase  28.57 
 
 		 309 aa  80.5  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0200643  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5216  dihydrodipicolinate synthetase  28.71 
 
 		 309 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5643  dihydrodipicolinate synthetase  28.71 
 
 		 309 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000370921  normal  0.101795 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4586  dihydrodipicolinate synthetase  28.38 
 
 		 309 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115595 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3080  dihydrodipicolinate synthetase  29.14 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.151038 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4731  dihydrodipicolinate synthase  28.96 
 
 		 287 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0522382  normal  0.189111 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4925  dihydrodipicolinate synthetase  29.14 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00330502 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1613  dihydrodipicolinate synthase  26.9 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.390661 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4892  dihydrodipicolinate synthase  28.71 
 
 		 298 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0566089 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2133  dihydrodipicolinate synthase  28.78 
 
 		 309 aa  77  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0921  dihydrodipicolinate synthase  28.32 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1685  dihydrodipicolinate synthetase  26.13 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.805786  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3593  dihydrodipicolinate synthetase  25.26 
 
 		 320 aa  76.6  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2942  dihydrodipicolinate synthetase  27.85 
 
 		 308 aa  76.3  0.0000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.340616  normal  0.0534802 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5442  dihydrodipicolinate synthase  28.05 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4615  dihydrodipicolinate synthase  28.05 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.330125  hitchhiker  0.00385635 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5246  dihydrodipicolinate synthase  27.48 
 
 		 298 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5613  dihydrodipicolinate synthase  27.48 
 
 		 298 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292937  normal  0.171207 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0494  dihydrodipicolinate synthetase  28.63 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.78772  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5070  dihydrodipicolinate synthetase  29.35 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.903203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3210  dihydrodipicolinate synthetase  29.22 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3971  dihydrodipicolinate synthetase  26.62 
 
 		 309 aa  74.3  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0078  dihydrodipicolinate synthase  27.48 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00671629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3057  dihydrodipicolinate synthetase  28.12 
 
 		 305 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0803  dihydrodipicolinate synthase, putative  26.62 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4375  dihydrodipicolinate synthetase  28.9 
 
 		 305 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6005  dihydrodipicolinate synthase family protein  29.25 
 
 		 297 aa  72.8  0.000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0744833 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4271  dihydrodipicolinate synthetase  26.46 
 
 		 310 aa  71.2  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2960  dihydrodipicolinate synthase  28.81 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0609  dihydrodipicolinate synthetase  25.54 
 
 		 317 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.224973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5056  dihydrodipicolinate synthetase  28.57 
 
 		 305 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.309505  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5804  dihydrodipicolinate synthetase  28.57 
 
 		 305 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.118412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0722  dihydrodipicolinate synthase  28.91 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0452  dihydrodipicolinate synthetase  27.45 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5604  dihydrodipicolinate synthase  33.11 
 
 		 298 aa  68.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2258  dihydrodipicolinate synthase  26.71 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.269277  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2975  dihydrodipicolinate synthetase  27.81 
 
 		 310 aa  67.4  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.696514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5586  dihydrodipicolinate synthetase  27.02 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.285938  normal  0.789314 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2503  dihydrodipicolinate synthetase  25.61 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.143344  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002793  dihydrodipicolinate synthase  24.58 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1237  dihydrodipicolinate synthase  30.94 
 
 		 295 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.885534 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1267  dihydrodipicolinate synthase  30.94 
 
 		 295 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.425377 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4304  putative dihydrodipicolinate synthetase  26.54 
 
 		 297 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.172011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1734  dihydrodipicolinate synthase  23.53 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2860  hypothetical protein  25.42 
 
 		 299 aa  65.1  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0410  dihydrodipicolinate synthase  29.19 
 
 		 292 aa  65.1  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.315899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4181  dihydrodipicolinate synthase  30.22 
 
 		 295 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2524  dihydrodipicolinate synthase subfamily protein  27.33 
 
 		 292 aa  65.1  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3702  dihydrodipicolinate synthetase  22.65 
 
 		 301 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2446  putative dihydrodipicolinate synthetase  27.24 
 
 		 303 aa  63.9  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.314144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1597  dihydrodipicolinate synthase  24.7 
 
 		 289 aa  64.3  0.000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0999  putative dihydrodipicolinate synthase  31.29 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1738  dihydrodipicolinate synthase  23.91 
 
 		 292 aa  63.5  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2014  dihydrodipicolinate synthetase  33.12 
 
 		 306 aa  63.5  0.000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>