More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1052 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1052  dihydrodipicolinate synthetase  100 
 
 		 305 aa  626  1e-178  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2596  dihydrodipicolinate synthetase  85.43 
 
 		 313 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.354189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6711  dihydrodipicolinate synthetase  83.39 
 
 		 309 aa  531  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3006  dihydrodipicolinate synthetase  84.77 
 
 		 313 aa  533  1e-150  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2247  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  82.84 
 
 		 312 aa  530  1e-149  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.11858  hitchhiker  0.00000394789 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0453  dihydrodipicolinate synthetase  81.73 
 
 		 309 aa  525  1e-148  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1026  dihydrodipicolinate synthetase  81.73 
 
 		 309 aa  525  1e-148  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3204  dihydrodipicolinate synthetase  80.53 
 
 		 309 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.678825  normal  0.148766 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1630  dihydrodipicolinate synthase, putative  80.2 
 
 		 309 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0633747  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2707  dihydrodipicolinate synthetase  79.47 
 
 		 316 aa  507  1e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.220655 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0042  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  77.89 
 
 		 309 aa  502  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4923  dihydrodipicolinate synthetase  77.89 
 
 		 309 aa  501  1e-141  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.504721 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4983  dihydrodipicolinate synthetase  79.14 
 
 		 309 aa  497  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5478  dihydrodipicolinate synthetase  77.56 
 
 		 309 aa  500  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0261225 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2837  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  78.95 
 
 		 305 aa  494  1e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.719911  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4586  dihydrodipicolinate synthetase  78.55 
 
 		 309 aa  481  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115595 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5216  dihydrodipicolinate synthetase  78.55 
 
 		 309 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5643  dihydrodipicolinate synthetase  78.55 
 
 		 309 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000370921  normal  0.101795 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1021  dihydrodipicolinate synthetase  72.67 
 
 		 310 aa  457  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4575  dihydrodipicolinate synthetase  74.58 
 
 		 310 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3210  dihydrodipicolinate synthetase  70.72 
 
 		 305 aa  434  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4925  dihydrodipicolinate synthetase  74.67 
 
 		 308 aa  436  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00330502 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3057  dihydrodipicolinate synthetase  70.72 
 
 		 305 aa  437  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5056  dihydrodipicolinate synthetase  70.72 
 
 		 305 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.309505  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4375  dihydrodipicolinate synthetase  70.72 
 
 		 305 aa  434  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5070  dihydrodipicolinate synthetase  70.72 
 
 		 305 aa  434  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.903203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5804  dihydrodipicolinate synthetase  70.72 
 
 		 305 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.118412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3080  dihydrodipicolinate synthetase  73 
 
 		 310 aa  432  1e-120  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.151038 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2133  dihydrodipicolinate synthase  71.67 
 
 		 309 aa  424  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2738  dihydrodipicolinate synthetase  71.19 
 
 		 309 aa  417  1e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0200643  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6235  dihydrodipicolinate synthetase  71.33 
 
 		 311 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.366894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6404  dihydrodipicolinate synthetase  71.33 
 
 		 311 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6637  dihydrodipicolinate synthetase  71.33 
 
 		 311 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.207106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3398  dihydrodipicolinate synthetase  70.67 
 
 		 311 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.832582  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4666  dihydrodipicolinate synthetase  60.47 
 
 		 310 aa  362  3e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.966084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3971  dihydrodipicolinate synthetase  58.75 
 
 		 309 aa  352  2.9999999999999997e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2446  putative dihydrodipicolinate synthetase  56 
 
 		 303 aa  332  4e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.314144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3779  dihydrodipicolinate synthetase  34.27 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1636  dihydrodipicolinate synthetase  32.17 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2042  dihydrodipicolinate synthetase  31.68 
 
 		 307 aa  125  7e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.632197 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3957  dihydrodipicolinate synthetase  30.74 
 
 		 310 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.654055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0609  dihydrodipicolinate synthetase  27.03 
 
 		 317 aa  119  4.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.224973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3424  dihydrodipicolinate synthetase  31.67 
 
 		 308 aa  117  3.9999999999999997e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2468  dihydrodipicolinate synthetase  30.87 
 
 		 308 aa  116  6e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0451761  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3101  dihydrodipicolinate synthetase  30.74 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3658  dihydrodipicolinate synthetase  29.72 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3456  putative dihydrodipicolinate synthase  30.39 
 
 		 308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3300  dihydrodipicolinate synthetase  28.91 
 
 		 312 aa  113  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2635  dihydrodipicolinate synthase  30.52 
 
 		 298 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2861  dihydrodipicolinate synthase  30.8 
 
 		 298 aa  112  9e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.224352  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2592  dihydrodipicolinate synthase  30.77 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2883  dihydrodipicolinate synthase  30.77 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.399498  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2641  dihydrodipicolinate synthase  30.36 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.267093  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2838  dihydrodipicolinate synthase  30.36 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000864796 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2832  dihydrodipicolinate synthase  30.36 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.152609  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5604  dihydrodipicolinate synthase  28.67 
 
 		 298 aa  109  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2557  dihydrodipicolinate synthase  29.72 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0722  dihydrodipicolinate synthase  30.31 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3139  dihydrodipicolinate synthetase  30.31 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1658  dihydrodipicolinate synthase  30.61 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2449  dihydrodipicolinate synthase  28.92 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2844  dihydrodipicolinate synthase  28.92 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0557185  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2036  dihydrodipicolinate synthetase  31.21 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4304  putative dihydrodipicolinate synthetase  27.97 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.172011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3706  dihydrodipicolinate synthetase  31.21 
 
 		 295 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0309  putative dihydrodipicolinate synthetase  28.57 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.922253  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02730  putative dihydrodipicolinate synthetase  28.57 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0690835 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1503  dihydrodipicolinate synthase  29.21 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00000230491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3586  dihydrodipicolinate synthase  30.35 
 
 		 297 aa  101  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3112  dihydrodipicolinate synthetase  29.59 
 
 		 317 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114447  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6523  dihydrodipicolinate synthetase  25.32 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107378 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0707  dihydrodipicolinate synthetase  29.24 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.231 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5002  putative dihydrodipicolinate synthetase  28.81 
 
 		 317 aa  100  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.265912 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3063  dihydrodipicolinate synthase  28.91 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0542018  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1568  dihydrodipicolinate synthetase  30.14 
 
 		 295 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0921  dihydrodipicolinate synthase  30.37 
 
 		 295 aa  100  4e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3603  dihydrodipicolinate synthetase  28.92 
 
 		 317 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1528  dihydrodipicolinate synthetase  28.47 
 
 		 311 aa  100  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25250  dihydrodipicolinate synthase  28.08 
 
 		 341 aa  99.4  7e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2062  dihydrodipicolinate synthase  26.15 
 
 		 291 aa  98.6  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2714  dihydrodipicolinate synthetase  27.92 
 
 		 304 aa  98.2  2e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6033  dihydrodipicolinate synthetase  30.21 
 
 		 306 aa  98.2  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3385  dihydrodipicolinate synthetase  28.25 
 
 		 317 aa  97.4  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.341407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2353  dihydrodipicolinate synthetase  29.82 
 
 		 317 aa  96.3  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0317457  normal  0.302248 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2168  dihydrodipicolinate synthase  30.49 
 
 		 308 aa  96.3  6e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.306084  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3337  dihydrodipicolinate synthetase  28.57 
 
 		 302 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.426658  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3043  dihydrodipicolinate synthase  27.78 
 
 		 290 aa  95.9  9e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.366614  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0454  dihydrodipicolinate synthetase  27.93 
 
 		 302 aa  95.5  9e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0330317 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3940  dihydrodipicolinate synthetase  29.78 
 
 		 308 aa  95.1  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1307  dihydrodipicolinate synthetase  30.24 
 
 		 293 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1389  dihydrodipicolinate synthase  29.45 
 
 		 308 aa  94  3e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0494  dihydrodipicolinate synthetase  29.88 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.78772  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1199  dihydrodipicolinate synthase  29.85 
 
 		 321 aa  93.2  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0460895  normal  0.231188 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1536  dihydrodipicolinate synthetase  27.95 
 
 		 306 aa  92.8  6e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.619521 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003669  1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate deaminase  27.12 
 
 		 304 aa  92.4  8e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1134  dihydrodipicolinate synthase  26.57 
 
 		 295 aa  92  1e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0211  dihydrodipicolinate synthase  27.4 
 
 		 290 aa  91.7  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.397143  hitchhiker  0.00000000242674 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0566  dihydrodipicolinate synthase  30.08 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.427592 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2258  dihydrodipicolinate synthase  29.62 
 
 		 294 aa  91.7  1e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.269277  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0803  dihydrodipicolinate synthase, putative  27.55 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>