More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6033 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6033  dihydrodipicolinate synthetase  100 
 
 		 306 aa  600  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3593  dihydrodipicolinate synthetase  44.48 
 
 		 320 aa  223  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3424  dihydrodipicolinate synthetase  35.15 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2042  dihydrodipicolinate synthetase  35.97 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.632197 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3779  dihydrodipicolinate synthetase  32.99 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3101  dihydrodipicolinate synthetase  34.65 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3456  putative dihydrodipicolinate synthase  34.32 
 
 		 308 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3957  dihydrodipicolinate synthetase  33.1 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.654055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3658  dihydrodipicolinate synthetase  32.07 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3112  dihydrodipicolinate synthetase  31.13 
 
 		 317 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114447  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1636  dihydrodipicolinate synthetase  30.69 
 
 		 311 aa  125  6e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1528  dihydrodipicolinate synthetase  32.66 
 
 		 311 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2353  dihydrodipicolinate synthetase  30.79 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0317457  normal  0.302248 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3139  dihydrodipicolinate synthetase  30.64 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3603  dihydrodipicolinate synthetase  30.46 
 
 		 317 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3300  dihydrodipicolinate synthetase  31.35 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5002  putative dihydrodipicolinate synthetase  31.97 
 
 		 317 aa  119  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.265912 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3385  dihydrodipicolinate synthetase  31.13 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.341407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2468  dihydrodipicolinate synthetase  29.93 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0451761  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4983  dihydrodipicolinate synthetase  33.68 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0609  dihydrodipicolinate synthetase  28.47 
 
 		 317 aa  112  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.224973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7578  dihydrodipicolinate synthetase  30.95 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1658  dihydrodipicolinate synthase  32.34 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3971  dihydrodipicolinate synthetase  31.96 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3586  dihydrodipicolinate synthase  34.3 
 
 		 297 aa  105  8e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1052  dihydrodipicolinate synthetase  31.62 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3541  dihydrodipicolinate synthetase  32 
 
 		 303 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.912153 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0707  dihydrodipicolinate synthetase  28.33 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.231 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1485  dihydrodipicolinate synthetase  28.18 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.177737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4666  dihydrodipicolinate synthetase  32.86 
 
 		 310 aa  102  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.966084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0494  dihydrodipicolinate synthetase  33.07 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.78772  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2247  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  31.49 
 
 		 312 aa  100  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.11858  hitchhiker  0.00000394789 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3006  dihydrodipicolinate synthetase  31.1 
 
 		 313 aa  98.6  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2738  dihydrodipicolinate synthetase  33.07 
 
 		 309 aa  98.2  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0200643  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3940  dihydrodipicolinate synthetase  31.73 
 
 		 308 aa  96.7  4e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3204  dihydrodipicolinate synthetase  29.8 
 
 		 309 aa  96.7  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.678825  normal  0.148766 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4375  dihydrodipicolinate synthetase  33 
 
 		 305 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0016  dihydrodipicolinate synthetase  31.68 
 
 		 294 aa  96.7  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6711  dihydrodipicolinate synthetase  29.77 
 
 		 309 aa  95.9  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5478  dihydrodipicolinate synthetase  29.21 
 
 		 309 aa  95.5  9e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0261225 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5056  dihydrodipicolinate synthetase  32.62 
 
 		 305 aa  95.5  9e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.309505  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5804  dihydrodipicolinate synthetase  32.62 
 
 		 305 aa  95.5  9e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.118412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4923  dihydrodipicolinate synthetase  29.21 
 
 		 309 aa  95.1  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.504721 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2596  dihydrodipicolinate synthetase  30.72 
 
 		 313 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.354189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0016  dihydrodipicolinate synthetase  31.25 
 
 		 294 aa  94.7  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5070  dihydrodipicolinate synthetase  32.38 
 
 		 305 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.903203  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6523  dihydrodipicolinate synthetase  32.94 
 
 		 303 aa  93.6  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107378 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1630  dihydrodipicolinate synthase, putative  29.04 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0633747  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2975  dihydrodipicolinate synthetase  31.05 
 
 		 310 aa  93.2  4e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.696514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0042  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  29.66 
 
 		 309 aa  92.8  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1068  dihydrodipicolinate synthase  30.92 
 
 		 292 aa  92.8  6e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.126267  normal  0.042063 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3702  dihydrodipicolinate synthetase  27.67 
 
 		 301 aa  92  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1371  dihydrodipicolinate synthase  29.75 
 
 		 292 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.418519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3210  dihydrodipicolinate synthetase  31.67 
 
 		 305 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2362  dihydrodipicolinate synthase  27.2 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000117821  normal  0.484255 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6692  dihydrodipicolinate synthetase  36.23 
 
 		 294 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0351  dihydrodipicolinate synthase  37.27 
 
 		 295 aa  90.5  3e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4575  dihydrodipicolinate synthetase  29.18 
 
 		 310 aa  89.7  6e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1021  dihydrodipicolinate synthetase  29.82 
 
 		 310 aa  89.4  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1450  dihydrodipicolinate synthase  31.4 
 
 		 296 aa  89.4  7e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1548  dihydrodipicolinate synthase  29.6 
 
 		 292 aa  89  9e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0406446  normal  0.0313891 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2446  putative dihydrodipicolinate synthetase  28.01 
 
 		 303 aa  89  9e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.314144  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3953  dihydrodipicolinate synthase  29.96 
 
 		 292 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.121624  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3057  dihydrodipicolinate synthetase  31.21 
 
 		 305 aa  89  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2184  dihydrodipicolinate synthase  32.73 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0921  dihydrodipicolinate synthase  32.46 
 
 		 295 aa  87.4  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1026  dihydrodipicolinate synthetase  28.88 
 
 		 309 aa  87  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2837  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  30.14 
 
 		 305 aa  87  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.719911  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2822  dihydrodipicolinate synthetase  26.54 
 
 		 304 aa  86.7  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0197523  normal  0.589984 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5216  dihydrodipicolinate synthetase  29.31 
 
 		 309 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5643  dihydrodipicolinate synthetase  29.31 
 
 		 309 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000370921  normal  0.101795 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2036  dihydrodipicolinate synthetase  33.46 
 
 		 295 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2707  dihydrodipicolinate synthetase  28.57 
 
 		 316 aa  85.9  8e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.220655 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1685  dihydrodipicolinate synthetase  27.3 
 
 		 295 aa  85.9  8e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.805786  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4586  dihydrodipicolinate synthetase  29.31 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115595 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0453  dihydrodipicolinate synthetase  28.52 
 
 		 309 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0464  dihydrodipicolinate synthase  28.11 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.145976  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3706  dihydrodipicolinate synthetase  33.07 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1217  dihydrodipicolinate synthetase  30.19 
 
 		 293 aa  84.7  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.881213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3975  dihydrodipicolinate synthase  29.37 
 
 		 292 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1503  dihydrodipicolinate synthase  38.06 
 
 		 308 aa  84.7  0.000000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00000230491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2133  dihydrodipicolinate synthase  28.98 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2635  dihydrodipicolinate synthase  30.3 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1531  dihydrodipicolinate synthetase family protein  26.88 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00114549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1691  dihydrodipicolinate synthase  29.14 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.719895  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00126  dihydrodipicolinate synthase  37.91 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.130797  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2449  dihydrodipicolinate synthase  29.09 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5604  dihydrodipicolinate synthase  29.35 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6235  dihydrodipicolinate synthetase  29.2 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.366894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0803  dihydrodipicolinate synthase, putative  31.3 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3716  dihydrodipicolinate synthetase  34.66 
 
 		 291 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.131295 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6404  dihydrodipicolinate synthetase  29.2 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6637  dihydrodipicolinate synthetase  29.2 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.207106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1762  dihydrodipicolinate synthase  26.44 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000163874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3398  dihydrodipicolinate synthetase  29.35 
 
 		 311 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.832582  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2062  dihydrodipicolinate synthase  32.93 
 
 		 291 aa  82.8  0.000000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2861  dihydrodipicolinate synthase  29.52 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.224352  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2592  dihydrodipicolinate synthase  29.09 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2641  dihydrodipicolinate synthase  29.09 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.267093  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2838  dihydrodipicolinate synthase  29.09 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000864796 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>