More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3593 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3593  dihydrodipicolinate synthetase  100 
 
 		 320 aa  637    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6033  dihydrodipicolinate synthetase  44.48 
 
 		 306 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3957  dihydrodipicolinate synthetase  28.62 
 
 		 310 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.654055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1636  dihydrodipicolinate synthetase  29.47 
 
 		 311 aa  113  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3658  dihydrodipicolinate synthetase  27.93 
 
 		 310 aa  109  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3424  dihydrodipicolinate synthetase  29.87 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0609  dihydrodipicolinate synthetase  27.27 
 
 		 317 aa  107  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.224973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3779  dihydrodipicolinate synthetase  29.86 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1528  dihydrodipicolinate synthetase  28.76 
 
 		 311 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2042  dihydrodipicolinate synthetase  27.36 
 
 		 307 aa  96.7  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.632197 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3139  dihydrodipicolinate synthetase  28.83 
 
 		 308 aa  96.3  6e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4983  dihydrodipicolinate synthetase  30.36 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3101  dihydrodipicolinate synthetase  27.36 
 
 		 308 aa  92.4  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3456  putative dihydrodipicolinate synthase  27.36 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3300  dihydrodipicolinate synthetase  27.59 
 
 		 312 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2468  dihydrodipicolinate synthetase  28.33 
 
 		 308 aa  91.7  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0451761  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3586  dihydrodipicolinate synthase  31.89 
 
 		 297 aa  90.9  3e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3204  dihydrodipicolinate synthetase  31.41 
 
 		 309 aa  90.1  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.678825  normal  0.148766 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3940  dihydrodipicolinate synthetase  32.08 
 
 		 308 aa  89.7  6e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1026  dihydrodipicolinate synthetase  29.54 
 
 		 309 aa  89.4  7e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6711  dihydrodipicolinate synthetase  31.28 
 
 		 309 aa  89.4  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2883  dihydrodipicolinate synthase  29.94 
 
 		 298 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.399498  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1052  dihydrodipicolinate synthetase  29.84 
 
 		 305 aa  86.7  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3006  dihydrodipicolinate synthetase  31.28 
 
 		 313 aa  86.7  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1630  dihydrodipicolinate synthase, putative  30.86 
 
 		 309 aa  86.7  6e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0633747  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0494  dihydrodipicolinate synthetase  29.57 
 
 		 305 aa  85.9  8e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.78772  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5478  dihydrodipicolinate synthetase  30.69 
 
 		 309 aa  85.9  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0261225 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0453  dihydrodipicolinate synthetase  28.83 
 
 		 309 aa  85.9  9e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4923  dihydrodipicolinate synthetase  31.43 
 
 		 309 aa  85.9  9e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.504721 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4666  dihydrodipicolinate synthetase  29.82 
 
 		 310 aa  85.5  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.966084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2635  dihydrodipicolinate synthase  29.41 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3112  dihydrodipicolinate synthetase  26.9 
 
 		 317 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114447  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3971  dihydrodipicolinate synthetase  29.47 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4375  dihydrodipicolinate synthetase  31.65 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2861  dihydrodipicolinate synthase  29.34 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.224352  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7578  dihydrodipicolinate synthetase  26.55 
 
 		 309 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3057  dihydrodipicolinate synthetase  31.18 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0868  dihydrodipicolinate synthase  28.07 
 
 		 319 aa  83.2  0.000000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0546543  normal  0.136801 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2596  dihydrodipicolinate synthetase  29.8 
 
 		 313 aa  83.2  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.354189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2738  dihydrodipicolinate synthetase  31.45 
 
 		 309 aa  83.2  0.000000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0200643  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5056  dihydrodipicolinate synthetase  31.41 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.309505  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5804  dihydrodipicolinate synthetase  31.41 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.118412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2449  dihydrodipicolinate synthase  27.65 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2837  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  28.32 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.719911  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0921  dihydrodipicolinate synthase  34.12 
 
 		 295 aa  81.6  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0042  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  30.32 
 
 		 309 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2844  dihydrodipicolinate synthase  27.65 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0557185  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5070  dihydrodipicolinate synthetase  30.69 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.903203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1658  dihydrodipicolinate synthase  29.39 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5002  putative dihydrodipicolinate synthetase  26.94 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.265912 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3210  dihydrodipicolinate synthetase  30.69 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2707  dihydrodipicolinate synthetase  27.96 
 
 		 316 aa  79.3  0.00000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.220655 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3229  dihydrodipicolinate synthetase  34.73 
 
 		 292 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.837528  normal  0.60064 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5604  dihydrodipicolinate synthase  32.93 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2592  dihydrodipicolinate synthase  27.54 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3541  dihydrodipicolinate synthetase  29.31 
 
 		 303 aa  79  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.912153 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1536  dihydrodipicolinate synthetase  26.89 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.619521 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2353  dihydrodipicolinate synthetase  26.21 
 
 		 317 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0317457  normal  0.302248 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4925  dihydrodipicolinate synthetase  31.02 
 
 		 308 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00330502 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5216  dihydrodipicolinate synthetase  30.69 
 
 		 309 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5643  dihydrodipicolinate synthetase  30.69 
 
 		 309 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000370921  normal  0.101795 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2641  dihydrodipicolinate synthase  27.54 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.267093  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2832  dihydrodipicolinate synthase  27.54 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.152609  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2838  dihydrodipicolinate synthase  27.54 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000864796 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2247  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  29.11 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.11858  hitchhiker  0.00000394789 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1685  dihydrodipicolinate synthetase  28.62 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.805786  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4586  dihydrodipicolinate synthetase  30.69 
 
 		 309 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115595 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2557  dihydrodipicolinate synthase  27.54 
 
 		 298 aa  76.6  0.0000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3603  dihydrodipicolinate synthetase  25.26 
 
 		 317 aa  76.6  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2446  putative dihydrodipicolinate synthetase  29.69 
 
 		 303 aa  76.3  0.0000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.314144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0707  dihydrodipicolinate synthetase  26.71 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.231 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4575  dihydrodipicolinate synthetase  27.05 
 
 		 310 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3385  dihydrodipicolinate synthetase  25.52 
 
 		 317 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.341407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00126  dihydrodipicolinate synthase  36.54 
 
 		 302 aa  75.9  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.130797  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0476  dihydrodipicolinate synthase  27.3 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0562  dihydrodipicolinate synthase  30.12 
 
 		 292 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00078537 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3398  dihydrodipicolinate synthetase  30.12 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.832582  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0722  dihydrodipicolinate synthase  31.74 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6235  dihydrodipicolinate synthetase  30.12 
 
 		 311 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.366894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6404  dihydrodipicolinate synthetase  30.12 
 
 		 311 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6637  dihydrodipicolinate synthetase  30.12 
 
 		 311 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.207106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1021  dihydrodipicolinate synthetase  28.06 
 
 		 310 aa  73.9  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5264  dihydrodipicolinate synthetase  33.53 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2614  dihydrodipicolinate synthase  30.91 
 
 		 316 aa  73.6  0.000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2643  dihydrodipicolinate synthase  30.91 
 
 		 316 aa  73.6  0.000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.445991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0908  dihydrodipicolinate synthase  26.14 
 
 		 288 aa  73.6  0.000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2658  dihydrodipicolinate synthase  30.91 
 
 		 316 aa  73.6  0.000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01439  dihydrodipicolinate synthetase  27.95 
 
 		 302 aa  72  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2503  dihydrodipicolinate synthetase  28.67 
 
 		 304 aa  71.2  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.143344  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1296  dihydrodipicolinate synthase  29.41 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000060181  normal  0.083937 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6523  dihydrodipicolinate synthetase  28.62 
 
 		 303 aa  70.1  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107378 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3705  dihydrodipicolinate synthetase  25.16 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0168037  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3702  dihydrodipicolinate synthetase  26.04 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1306  dihydrodipicolinate synthase  27.45 
 
 		 297 aa  69.3  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.11769  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1365  dihydrodipicolinate synthase  27.45 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00312051  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2308  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  27.71 
 
 		 313 aa  68.6  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7523  dihydrodipicolinate synthase  29.01 
 
 		 304 aa  68.2  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.664922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6099  dihydrodipicolinate synthetase  29.24 
 
 		 303 aa  67.8  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1031  dihydrodipicolinate synthase  22.39 
 
 		 289 aa  67.4  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.432132  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0317  dihydrodipicolinate synthase  22.01 
 
 		 289 aa  67.4  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>