More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5002 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5002  putative dihydrodipicolinate synthetase  100 
 
 		 317 aa  641    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.265912 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3112  dihydrodipicolinate synthetase  80.44 
 
 		 317 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114447  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3385  dihydrodipicolinate synthetase  82.97 
 
 		 317 aa  524  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.341407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3603  dihydrodipicolinate synthetase  76.66 
 
 		 317 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2353  dihydrodipicolinate synthetase  79.18 
 
 		 317 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0317457  normal  0.302248 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3300  dihydrodipicolinate synthetase  70.42 
 
 		 312 aa  464  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7578  dihydrodipicolinate synthetase  71.2 
 
 		 309 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2468  dihydrodipicolinate synthetase  69.26 
 
 		 308 aa  441  1e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0451761  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3139  dihydrodipicolinate synthetase  72.49 
 
 		 308 aa  442  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1528  dihydrodipicolinate synthetase  67.42 
 
 		 311 aa  425  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3658  dihydrodipicolinate synthetase  58.47 
 
 		 310 aa  343  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3957  dihydrodipicolinate synthetase  58.8 
 
 		 310 aa  339  4e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.654055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1636  dihydrodipicolinate synthetase  53.14 
 
 		 311 aa  322  5e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1485  dihydrodipicolinate synthetase  55.48 
 
 		 302 aa  306  3e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.177737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3101  dihydrodipicolinate synthetase  50.17 
 
 		 308 aa  295  7e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3456  putative dihydrodipicolinate synthase  49.83 
 
 		 308 aa  294  1e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2042  dihydrodipicolinate synthetase  49.5 
 
 		 307 aa  293  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.632197 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3424  dihydrodipicolinate synthetase  52.4 
 
 		 308 aa  292  5e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3779  dihydrodipicolinate synthetase  40.27 
 
 		 295 aa  189  4e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2247  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  31.93 
 
 		 312 aa  116  6e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.11858  hitchhiker  0.00000394789 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6033  dihydrodipicolinate synthetase  31.97 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2707  dihydrodipicolinate synthetase  30.82 
 
 		 316 aa  106  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.220655 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3308  dihydrodipicolinate synthetase  32.13 
 
 		 324 aa  105  8e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1078  dihydrodipicolinate synthetase  33.45 
 
 		 325 aa  105  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2596  dihydrodipicolinate synthetase  30 
 
 		 313 aa  102  7e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.354189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3006  dihydrodipicolinate synthetase  29.64 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1052  dihydrodipicolinate synthetase  28.81 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0453  dihydrodipicolinate synthetase  30.34 
 
 		 309 aa  99.8  6e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6711  dihydrodipicolinate synthetase  27.55 
 
 		 309 aa  99  9e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3204  dihydrodipicolinate synthetase  27.42 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.678825  normal  0.148766 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1630  dihydrodipicolinate synthase, putative  28.76 
 
 		 309 aa  97.4  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0633747  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4983  dihydrodipicolinate synthetase  29.64 
 
 		 309 aa  97.1  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4666  dihydrodipicolinate synthetase  31.53 
 
 		 310 aa  96.7  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.966084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4923  dihydrodipicolinate synthetase  28.08 
 
 		 309 aa  96.7  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.504721 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1026  dihydrodipicolinate synthetase  30 
 
 		 309 aa  96.7  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0707  dihydrodipicolinate synthetase  28.62 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.231 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5478  dihydrodipicolinate synthetase  27.39 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0261225 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0042  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  28.57 
 
 		 309 aa  91.3  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2837  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  29.93 
 
 		 305 aa  90.9  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.719911  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6235  dihydrodipicolinate synthetase  30.36 
 
 		 311 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.366894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6404  dihydrodipicolinate synthetase  30.36 
 
 		 311 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6637  dihydrodipicolinate synthetase  30.36 
 
 		 311 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.207106  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3940  dihydrodipicolinate synthetase  29.26 
 
 		 308 aa  89.4  7e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1021  dihydrodipicolinate synthetase  29.76 
 
 		 310 aa  89.4  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1613  dihydrodipicolinate synthase  29.39 
 
 		 296 aa  88.2  1e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.390661 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4575  dihydrodipicolinate synthetase  28.87 
 
 		 310 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3398  dihydrodipicolinate synthetase  29.74 
 
 		 311 aa  87.4  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.832582  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1685  dihydrodipicolinate synthetase  27.09 
 
 		 295 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.805786  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4925  dihydrodipicolinate synthetase  29.67 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00330502 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3971  dihydrodipicolinate synthetase  28.42 
 
 		 309 aa  80.9  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3593  dihydrodipicolinate synthetase  26.94 
 
 		 320 aa  80.1  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3080  dihydrodipicolinate synthetase  29.39 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.151038 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2014  dihydrodipicolinate synthetase  36.67 
 
 		 306 aa  79.7  0.00000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4271  dihydrodipicolinate synthetase  26.95 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5216  dihydrodipicolinate synthetase  28.85 
 
 		 309 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5643  dihydrodipicolinate synthetase  28.85 
 
 		 309 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000370921  normal  0.101795 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0494  dihydrodipicolinate synthetase  29.18 
 
 		 305 aa  79  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.78772  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4586  dihydrodipicolinate synthetase  28.53 
 
 		 309 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115595 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01439  dihydrodipicolinate synthetase  27.31 
 
 		 302 aa  77.8  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2133  dihydrodipicolinate synthase  30 
 
 		 309 aa  77.4  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2942  dihydrodipicolinate synthetase  27.78 
 
 		 308 aa  77.8  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.340616  normal  0.0534802 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2738  dihydrodipicolinate synthetase  29.41 
 
 		 309 aa  75.5  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0200643  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6005  dihydrodipicolinate synthase family protein  25.6 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0744833 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4731  dihydrodipicolinate synthase  28.72 
 
 		 287 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0522382  normal  0.189111 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0803  dihydrodipicolinate synthase, putative  34.1 
 
 		 298 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2258  dihydrodipicolinate synthase  27.97 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.269277  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4375  dihydrodipicolinate synthetase  27.89 
 
 		 305 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3705  dihydrodipicolinate synthetase  27.37 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0168037  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0999  putative dihydrodipicolinate synthase  33.33 
 
 		 298 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0921  dihydrodipicolinate synthase  27.91 
 
 		 295 aa  71.2  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0609  dihydrodipicolinate synthetase  24.91 
 
 		 317 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.224973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5056  dihydrodipicolinate synthetase  28.52 
 
 		 305 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.309505  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5804  dihydrodipicolinate synthetase  28.52 
 
 		 305 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.118412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3210  dihydrodipicolinate synthetase  28.17 
 
 		 305 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2503  dihydrodipicolinate synthetase  26.46 
 
 		 304 aa  70.5  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.143344  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2524  dihydrodipicolinate synthase subfamily protein  29.8 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5070  dihydrodipicolinate synthetase  27.82 
 
 		 305 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.903203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0956  putative dihydrodipicolinate synthase  33.33 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0671  dihydrodipicolinate synthase  25.97 
 
 		 291 aa  70.1  0.00000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.108128  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1958  dihydrodipicolinate synthase, putative  33.33 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1006  putative dihydrodipicolinate synthase  33.33 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0279  putative dihydrodipicolinate synthase  33.33 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0518166  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1160  DapA_1  33.33 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0869  putative dihydrodipicolinate synthase  33.33 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28170  dihydrodipicolinate synthase  32.35 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00641704  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0410  dihydrodipicolinate synthase  30.86 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.315899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1908  dihydrodipicolinate synthase  32.35 
 
 		 292 aa  69.3  0.00000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.316994  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3057  dihydrodipicolinate synthetase  27.82 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2822  dihydrodipicolinate synthetase  25.3 
 
 		 304 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0197523  normal  0.589984 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4933  dihydrodipicolinate synthetase  27.61 
 
 		 307 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2476  dihydrodipicolinate synthase  26.69 
 
 		 290 aa  68.9  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3227  dihydrodipicolinate synthetase  27.61 
 
 		 307 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.535768 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3702  dihydrodipicolinate synthetase  25.43 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4439  dihydrodipicolinate synthetase  28.71 
 
 		 290 aa  68.2  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.609265 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2960  dihydrodipicolinate synthase  28.16 
 
 		 302 aa  68.2  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5061  dihydrodipicolinate synthase  26.51 
 
 		 297 aa  67.8  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4615  dihydrodipicolinate synthase  33.73 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.330125  hitchhiker  0.00385635 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002793  dihydrodipicolinate synthase  24.92 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1738  dihydrodipicolinate synthase  26.58 
 
 		 292 aa  67  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6264  dihydrodipicolinate synthetase  27.61 
 
 		 307 aa  67  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>