More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3424 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3424  dihydrodipicolinate synthetase  100 
 
 		 308 aa  611  9.999999999999999e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3101  dihydrodipicolinate synthetase  81.7 
 
 		 308 aa  511  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3456  putative dihydrodipicolinate synthase  81.37 
 
 		 308 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2042  dihydrodipicolinate synthetase  79.15 
 
 		 307 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.632197 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3957  dihydrodipicolinate synthetase  54.28 
 
 		 310 aa  322  6e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.654055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3658  dihydrodipicolinate synthetase  54.28 
 
 		 310 aa  318  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1636  dihydrodipicolinate synthetase  48.69 
 
 		 311 aa  296  4e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5002  putative dihydrodipicolinate synthetase  52.4 
 
 		 317 aa  292  5e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.265912 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3112  dihydrodipicolinate synthetase  50.51 
 
 		 317 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114447  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3300  dihydrodipicolinate synthetase  53.77 
 
 		 312 aa  290  3e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3139  dihydrodipicolinate synthetase  50.5 
 
 		 308 aa  286  2e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1528  dihydrodipicolinate synthetase  54.05 
 
 		 311 aa  282  5.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7578  dihydrodipicolinate synthetase  52.84 
 
 		 309 aa  281  1e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2353  dihydrodipicolinate synthetase  49.83 
 
 		 317 aa  277  1e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0317457  normal  0.302248 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1485  dihydrodipicolinate synthetase  51.97 
 
 		 302 aa  275  8e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.177737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2468  dihydrodipicolinate synthetase  50 
 
 		 308 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0451761  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3603  dihydrodipicolinate synthetase  47.46 
 
 		 317 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3385  dihydrodipicolinate synthetase  48.64 
 
 		 317 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.341407  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3779  dihydrodipicolinate synthetase  44.18 
 
 		 295 aa  203  4e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3308  dihydrodipicolinate synthetase  38.19 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1078  dihydrodipicolinate synthetase  37.32 
 
 		 325 aa  140  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6033  dihydrodipicolinate synthetase  35.15 
 
 		 306 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2707  dihydrodipicolinate synthetase  32.62 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.220655 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4983  dihydrodipicolinate synthetase  33.55 
 
 		 309 aa  125  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2596  dihydrodipicolinate synthetase  33.68 
 
 		 313 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.354189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2247  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  32.23 
 
 		 312 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.11858  hitchhiker  0.00000394789 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3006  dihydrodipicolinate synthetase  33.68 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1026  dihydrodipicolinate synthetase  32.87 
 
 		 309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0453  dihydrodipicolinate synthetase  32.17 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1052  dihydrodipicolinate synthetase  31.67 
 
 		 305 aa  117  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6711  dihydrodipicolinate synthetase  31.35 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1630  dihydrodipicolinate synthase, putative  31.88 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0633747  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3204  dihydrodipicolinate synthetase  32.21 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.678825  normal  0.148766 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2837  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  33.1 
 
 		 305 aa  114  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.719911  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1021  dihydrodipicolinate synthetase  31.79 
 
 		 310 aa  112  8.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4923  dihydrodipicolinate synthetase  32.21 
 
 		 309 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.504721 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0042  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  32.21 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5478  dihydrodipicolinate synthetase  31.88 
 
 		 309 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0261225 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3593  dihydrodipicolinate synthetase  29.87 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4666  dihydrodipicolinate synthetase  33.21 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.966084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3398  dihydrodipicolinate synthetase  32.04 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.832582  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4575  dihydrodipicolinate synthetase  31.21 
 
 		 310 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0609  dihydrodipicolinate synthetase  27.85 
 
 		 317 aa  103  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.224973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6235  dihydrodipicolinate synthetase  30.55 
 
 		 311 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.366894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6404  dihydrodipicolinate synthetase  30.55 
 
 		 311 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0707  dihydrodipicolinate synthetase  28.66 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.231 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6637  dihydrodipicolinate synthetase  30.55 
 
 		 311 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.207106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4925  dihydrodipicolinate synthetase  34.17 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00330502 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3210  dihydrodipicolinate synthetase  33.92 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0494  dihydrodipicolinate synthetase  30.74 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.78772  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3080  dihydrodipicolinate synthetase  32.04 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.151038 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5070  dihydrodipicolinate synthetase  33.57 
 
 		 305 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.903203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1031  dihydrodipicolinate synthase  27.53 
 
 		 289 aa  97.1  3e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.432132  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5056  dihydrodipicolinate synthetase  34.63 
 
 		 305 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.309505  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5804  dihydrodipicolinate synthetase  34.63 
 
 		 305 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.118412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4375  dihydrodipicolinate synthetase  34.15 
 
 		 305 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0317  dihydrodipicolinate synthase  27.53 
 
 		 289 aa  96.7  5e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5216  dihydrodipicolinate synthetase  31.88 
 
 		 309 aa  96.3  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5643  dihydrodipicolinate synthetase  31.88 
 
 		 309 aa  96.3  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000370921  normal  0.101795 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01439  dihydrodipicolinate synthetase  29.71 
 
 		 302 aa  96.3  6e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1658  dihydrodipicolinate synthase  30.83 
 
 		 298 aa  95.1  1e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3057  dihydrodipicolinate synthetase  32.86 
 
 		 305 aa  95.5  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1597  dihydrodipicolinate synthase  27.53 
 
 		 289 aa  94.7  2e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4586  dihydrodipicolinate synthetase  31.54 
 
 		 309 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115595 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2133  dihydrodipicolinate synthase  31.19 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2258  dihydrodipicolinate synthase  29.35 
 
 		 294 aa  93.2  5e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.269277  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1449  dihydrodipicolinate synthase  27.94 
 
 		 289 aa  92.8  6e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0826  dihydrodipicolinate synthase  29.03 
 
 		 295 aa  90.1  4e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.545696  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1536  dihydrodipicolinate synthetase  30.53 
 
 		 306 aa  89.7  5e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.619521 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3971  dihydrodipicolinate synthetase  29.82 
 
 		 309 aa  89  9e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4933  dihydrodipicolinate synthetase  28.42 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3227  dihydrodipicolinate synthetase  28.42 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.535768 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6523  dihydrodipicolinate synthetase  28.62 
 
 		 303 aa  86.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107378 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003669  1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate deaminase  27.21 
 
 		 304 aa  86.7  5e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6740  dihydrodipicolinate synthetase  28.32 
 
 		 307 aa  85.9  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1566  dihydrodipicolinate synthetase  28.32 
 
 		 307 aa  85.9  8e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6264  dihydrodipicolinate synthetase  28.32 
 
 		 307 aa  85.9  8e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2362  dihydrodipicolinate synthase  25.83 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000117821  normal  0.484255 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3940  dihydrodipicolinate synthetase  29.78 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1685  dihydrodipicolinate synthetase  27.61 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.805786  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0666  dihydrodipicolinate synthase  31.25 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.390614  normal  0.919592 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2975  dihydrodipicolinate synthetase  31.4 
 
 		 310 aa  83.6  0.000000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.696514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3705  dihydrodipicolinate synthetase  28.18 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0168037  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1734  dihydrodipicolinate synthase  29.05 
 
 		 296 aa  82.4  0.000000000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0454  dihydrodipicolinate synthetase  28.63 
 
 		 302 aa  82.4  0.000000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0330317 
 
 
-
 
NC_002950  PG2052  dihydrodipicolinate synthase  25.59 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0341235 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2942  dihydrodipicolinate synthetase  30.96 
 
 		 308 aa  82  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.340616  normal  0.0534802 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1134  dihydrodipicolinate synthase  25.87 
 
 		 295 aa  81.6  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2066  dihydrodipicolinate synthetase  30.26 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2195  dihydrodipicolinate synthase  30.43 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00262069  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1874  dihydrodipicolinate synthase  28.94 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.013061 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3604  dihydrodipicolinate synthetase  26.96 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0848141 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2738  dihydrodipicolinate synthetase  30.99 
 
 		 309 aa  80.5  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0200643  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4731  dihydrodipicolinate synthase  31.33 
 
 		 287 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0522382  normal  0.189111 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2117  dihydrodipicolinate synthetase  32.12 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.277384  normal  0.880374 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2822  dihydrodipicolinate synthetase  24.17 
 
 		 304 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0197523  normal  0.589984 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5282  dihydrodipicolinate synthetase  26.85 
 
 		 309 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.695799 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2446  putative dihydrodipicolinate synthetase  27.27 
 
 		 303 aa  79.7  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.314144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0868  dihydrodipicolinate synthase  29.19 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0546543  normal  0.136801 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0536  dihydrodipicolinate synthase  30.29 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.651244  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>