More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3398 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3398  dihydrodipicolinate synthetase  100 
 
 		 311 aa  625  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.832582  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6235  dihydrodipicolinate synthetase  97.11 
 
 		 311 aa  585  1e-166  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.366894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6404  dihydrodipicolinate synthetase  97.11 
 
 		 311 aa  585  1e-166  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6637  dihydrodipicolinate synthetase  97.11 
 
 		 311 aa  585  1e-166  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.207106  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2596  dihydrodipicolinate synthetase  69.48 
 
 		 313 aa  436  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.354189  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1052  dihydrodipicolinate synthetase  70.67 
 
 		 305 aa  434  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6711  dihydrodipicolinate synthetase  68.87 
 
 		 309 aa  435  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2247  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  70.53 
 
 		 312 aa  432  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.11858  hitchhiker  0.00000394789 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3006  dihydrodipicolinate synthetase  70.2 
 
 		 313 aa  432  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1630  dihydrodipicolinate synthase, putative  69.54 
 
 		 309 aa  431  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0633747  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4575  dihydrodipicolinate synthetase  71.24 
 
 		 310 aa  429  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3204  dihydrodipicolinate synthetase  69.21 
 
 		 309 aa  426  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.678825  normal  0.148766 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0453  dihydrodipicolinate synthetase  68.21 
 
 		 309 aa  426  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1026  dihydrodipicolinate synthetase  68.21 
 
 		 309 aa  427  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2707  dihydrodipicolinate synthetase  68.21 
 
 		 316 aa  426  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.220655 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5478  dihydrodipicolinate synthetase  67.77 
 
 		 309 aa  418  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0261225 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0042  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  67.88 
 
 		 309 aa  421  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4925  dihydrodipicolinate synthetase  70.55 
 
 		 308 aa  418  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00330502 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2837  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  70.2 
 
 		 305 aa  419  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.719911  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1021  dihydrodipicolinate synthetase  66.77 
 
 		 310 aa  420  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4923  dihydrodipicolinate synthetase  67.77 
 
 		 309 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.504721 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4983  dihydrodipicolinate synthetase  67.22 
 
 		 309 aa  409  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2738  dihydrodipicolinate synthetase  71.33 
 
 		 309 aa  410  1e-113  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0200643  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3080  dihydrodipicolinate synthetase  68.4 
 
 		 310 aa  407  1.0000000000000001e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.151038 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5216  dihydrodipicolinate synthetase  67.42 
 
 		 309 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5643  dihydrodipicolinate synthetase  67.42 
 
 		 309 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000370921  normal  0.101795 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4586  dihydrodipicolinate synthetase  67.1 
 
 		 309 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115595 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3057  dihydrodipicolinate synthetase  66.56 
 
 		 305 aa  396  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3210  dihydrodipicolinate synthetase  66.56 
 
 		 305 aa  393  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5070  dihydrodipicolinate synthetase  66.23 
 
 		 305 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.903203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2133  dihydrodipicolinate synthase  66.45 
 
 		 309 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5056  dihydrodipicolinate synthetase  64.92 
 
 		 305 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.309505  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4375  dihydrodipicolinate synthetase  65.25 
 
 		 305 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5804  dihydrodipicolinate synthetase  64.92 
 
 		 305 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.118412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4666  dihydrodipicolinate synthetase  59.93 
 
 		 310 aa  357  9.999999999999999e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.966084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3971  dihydrodipicolinate synthetase  57.84 
 
 		 309 aa  345  8e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2446  putative dihydrodipicolinate synthetase  54.97 
 
 		 303 aa  312  4.999999999999999e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.314144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3779  dihydrodipicolinate synthetase  31.72 
 
 		 295 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0609  dihydrodipicolinate synthetase  27.27 
 
 		 317 aa  115  6.9999999999999995e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.224973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2042  dihydrodipicolinate synthetase  30.52 
 
 		 307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.632197 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1536  dihydrodipicolinate synthetase  31 
 
 		 306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.619521 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3957  dihydrodipicolinate synthetase  30.14 
 
 		 310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.654055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3424  dihydrodipicolinate synthetase  32.04 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3658  dihydrodipicolinate synthetase  31.58 
 
 		 310 aa  109  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1636  dihydrodipicolinate synthetase  30.33 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2468  dihydrodipicolinate synthetase  32.89 
 
 		 308 aa  106  4e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0451761  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3101  dihydrodipicolinate synthetase  31.34 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3456  putative dihydrodipicolinate synthase  30.99 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3300  dihydrodipicolinate synthetase  30.98 
 
 		 312 aa  103  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3139  dihydrodipicolinate synthetase  33.69 
 
 		 308 aa  102  8e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1658  dihydrodipicolinate synthase  29.64 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5002  putative dihydrodipicolinate synthetase  29.74 
 
 		 317 aa  100  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.265912 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3112  dihydrodipicolinate synthetase  30.72 
 
 		 317 aa  99.4  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114447  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0722  dihydrodipicolinate synthase  28.66 
 
 		 298 aa  97.4  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0921  dihydrodipicolinate synthase  30.74 
 
 		 295 aa  96.7  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2353  dihydrodipicolinate synthetase  30.39 
 
 		 317 aa  96.3  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0317457  normal  0.302248 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5604  dihydrodipicolinate synthase  28.66 
 
 		 298 aa  95.1  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3603  dihydrodipicolinate synthetase  29.55 
 
 		 317 aa  93.2  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3385  dihydrodipicolinate synthetase  30.19 
 
 		 317 aa  92.8  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.341407  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2861  dihydrodipicolinate synthase  28.85 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.224352  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1307  dihydrodipicolinate synthetase  30.07 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2635  dihydrodipicolinate synthase  28.8 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2036  dihydrodipicolinate synthetase  31.4 
 
 		 295 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3337  dihydrodipicolinate synthetase  31.46 
 
 		 302 aa  89.7  6e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.426658  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2641  dihydrodipicolinate synthase  28.86 
 
 		 298 aa  89.4  7e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.267093  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2557  dihydrodipicolinate synthase  28.4 
 
 		 298 aa  89.4  7e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2832  dihydrodipicolinate synthase  28.86 
 
 		 298 aa  89.4  7e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.152609  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2838  dihydrodipicolinate synthase  28.86 
 
 		 298 aa  89.4  7e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000864796 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6523  dihydrodipicolinate synthetase  27.68 
 
 		 303 aa  89.4  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107378 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2592  dihydrodipicolinate synthase  28.86 
 
 		 298 aa  89  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1528  dihydrodipicolinate synthetase  29.32 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2883  dihydrodipicolinate synthase  28.4 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.399498  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7578  dihydrodipicolinate synthetase  29.41 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0056  dihydrodipicolinate synthase  29.51 
 
 		 291 aa  87  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.821032  normal  0.798921 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3706  dihydrodipicolinate synthetase  31.27 
 
 		 295 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2449  dihydrodipicolinate synthase  27.2 
 
 		 298 aa  86.3  6e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2844  dihydrodipicolinate synthase  27.2 
 
 		 298 aa  86.3  7e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0557185  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1568  dihydrodipicolinate synthetase  30.72 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2258  dihydrodipicolinate synthase  30.99 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.269277  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1503  dihydrodipicolinate synthase  29.05 
 
 		 308 aa  85.5  0.000000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00000230491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0309  putative dihydrodipicolinate synthetase  29.11 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.922253  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3593  dihydrodipicolinate synthetase  30.12 
 
 		 320 aa  83.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1370  dihydrodipicolinate synthase  28.26 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.702797  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02730  putative dihydrodipicolinate synthetase  28.42 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0690835 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4304  putative dihydrodipicolinate synthetase  30.91 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.172011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28170  dihydrodipicolinate synthase  26.06 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00641704  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2062  dihydrodipicolinate synthase  26.94 
 
 		 291 aa  82  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6033  dihydrodipicolinate synthetase  29.35 
 
 		 306 aa  82  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0351  dihydrodipicolinate synthase  24.03 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0803  dihydrodipicolinate synthase, putative  30.77 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2714  dihydrodipicolinate synthetase  25.8 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3063  dihydrodipicolinate synthase  27.18 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0542018  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0234  dihydrodipicolinate synthase  27.46 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1170  dihydrodipicolinate synthase  25.94 
 
 		 290 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000026647  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3043  dihydrodipicolinate synthase  27.82 
 
 		 290 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.366614  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3482  dihydrodipicolinate synthase  27.71 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000010244  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0454  dihydrodipicolinate synthetase  28.49 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0330317 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1006  putative dihydrodipicolinate synthase  32.21 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0707  dihydrodipicolinate synthetase  26.59 
 
 		 300 aa  78.6  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.231 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0279  putative dihydrodipicolinate synthase  32.21 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0518166  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>