More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3112 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3112  dihydrodipicolinate synthetase  100 
 
 		 317 aa  645    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114447  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2353  dihydrodipicolinate synthetase  93.38 
 
 		 317 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0317457  normal  0.302248 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3603  dihydrodipicolinate synthetase  89.27 
 
 		 317 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5002  putative dihydrodipicolinate synthetase  80.44 
 
 		 317 aa  535  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.265912 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3385  dihydrodipicolinate synthetase  82.65 
 
 		 317 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.341407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3300  dihydrodipicolinate synthetase  72.31 
 
 		 312 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2468  dihydrodipicolinate synthetase  72.49 
 
 		 308 aa  458  9.999999999999999e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0451761  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7578  dihydrodipicolinate synthetase  71.34 
 
 		 309 aa  450  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3139  dihydrodipicolinate synthetase  71.52 
 
 		 308 aa  444  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1528  dihydrodipicolinate synthetase  68.18 
 
 		 311 aa  430  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3658  dihydrodipicolinate synthetase  57.48 
 
 		 310 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3957  dihydrodipicolinate synthetase  57.14 
 
 		 310 aa  335  7.999999999999999e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.654055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1636  dihydrodipicolinate synthetase  51.16 
 
 		 311 aa  312  3.9999999999999997e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1485  dihydrodipicolinate synthetase  53.08 
 
 		 302 aa  297  2e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.177737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3424  dihydrodipicolinate synthetase  50.51 
 
 		 308 aa  291  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2042  dihydrodipicolinate synthetase  48.97 
 
 		 307 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.632197 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3101  dihydrodipicolinate synthetase  48.16 
 
 		 308 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3456  putative dihydrodipicolinate synthase  47.83 
 
 		 308 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3779  dihydrodipicolinate synthetase  40.41 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6033  dihydrodipicolinate synthetase  31.13 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2247  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  32.05 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.11858  hitchhiker  0.00000394789 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3308  dihydrodipicolinate synthetase  32.09 
 
 		 324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2707  dihydrodipicolinate synthetase  30.16 
 
 		 316 aa  110  5e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.220655 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3204  dihydrodipicolinate synthetase  30.03 
 
 		 309 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.678825  normal  0.148766 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0707  dihydrodipicolinate synthetase  28.24 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.231 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2596  dihydrodipicolinate synthetase  30.74 
 
 		 313 aa  102  8e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.354189  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1052  dihydrodipicolinate synthetase  29.59 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4983  dihydrodipicolinate synthetase  28.9 
 
 		 309 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4923  dihydrodipicolinate synthetase  30.03 
 
 		 309 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.504721 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1630  dihydrodipicolinate synthase, putative  29.7 
 
 		 309 aa  100  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0633747  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3006  dihydrodipicolinate synthetase  30.39 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6711  dihydrodipicolinate synthetase  29.29 
 
 		 309 aa  99.8  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0453  dihydrodipicolinate synthetase  30.56 
 
 		 309 aa  99  8e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5478  dihydrodipicolinate synthetase  29.37 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0261225 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1026  dihydrodipicolinate synthetase  30.56 
 
 		 309 aa  97.4  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1078  dihydrodipicolinate synthetase  31.03 
 
 		 325 aa  97.1  4e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4666  dihydrodipicolinate synthetase  31.72 
 
 		 310 aa  94  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.966084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0042  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  28.38 
 
 		 309 aa  93.2  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3940  dihydrodipicolinate synthetase  29.74 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2837  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  31.27 
 
 		 305 aa  89  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.719911  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4575  dihydrodipicolinate synthetase  29.53 
 
 		 310 aa  89  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6404  dihydrodipicolinate synthetase  31.23 
 
 		 311 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6235  dihydrodipicolinate synthetase  31.23 
 
 		 311 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.366894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6637  dihydrodipicolinate synthetase  31.23 
 
 		 311 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.207106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3398  dihydrodipicolinate synthetase  30.39 
 
 		 311 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.832582  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3593  dihydrodipicolinate synthetase  26.9 
 
 		 320 aa  84.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1021  dihydrodipicolinate synthetase  28.62 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5216  dihydrodipicolinate synthetase  29.37 
 
 		 309 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5643  dihydrodipicolinate synthetase  29.37 
 
 		 309 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000370921  normal  0.101795 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4586  dihydrodipicolinate synthetase  29.04 
 
 		 309 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115595 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4925  dihydrodipicolinate synthetase  30.56 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00330502 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2738  dihydrodipicolinate synthetase  29.47 
 
 		 309 aa  80.1  0.00000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0200643  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3971  dihydrodipicolinate synthetase  29.33 
 
 		 309 aa  80.1  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0494  dihydrodipicolinate synthetase  28.39 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.78772  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4731  dihydrodipicolinate synthase  30.8 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0522382  normal  0.189111 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2133  dihydrodipicolinate synthase  30.82 
 
 		 309 aa  79.7  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3080  dihydrodipicolinate synthetase  29.86 
 
 		 310 aa  79  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.151038 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1685  dihydrodipicolinate synthetase  27.3 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.805786  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0609  dihydrodipicolinate synthetase  26.98 
 
 		 317 aa  79  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.224973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3210  dihydrodipicolinate synthetase  29.62 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5070  dihydrodipicolinate synthetase  30.1 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.903203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4375  dihydrodipicolinate synthetase  29.27 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5056  dihydrodipicolinate synthetase  29.27 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.309505  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5804  dihydrodipicolinate synthetase  29.27 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.118412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3057  dihydrodipicolinate synthetase  28.92 
 
 		 305 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1613  dihydrodipicolinate synthase  27.11 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.390661 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4271  dihydrodipicolinate synthetase  27.49 
 
 		 310 aa  74.7  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0410  dihydrodipicolinate synthase  28.67 
 
 		 292 aa  75.1  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.315899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2258  dihydrodipicolinate synthase  27.15 
 
 		 294 aa  75.1  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.269277  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5442  dihydrodipicolinate synthase  28.67 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01439  dihydrodipicolinate synthetase  25.9 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1237  dihydrodipicolinate synthase  26.6 
 
 		 295 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.885534 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1267  dihydrodipicolinate synthase  26.6 
 
 		 295 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.425377 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0921  dihydrodipicolinate synthase  28.04 
 
 		 295 aa  72  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2942  dihydrodipicolinate synthetase  26.43 
 
 		 308 aa  71.6  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.340616  normal  0.0534802 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0803  dihydrodipicolinate synthase, putative  28.28 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4933  dihydrodipicolinate synthetase  28.2 
 
 		 307 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4892  dihydrodipicolinate synthase  28.33 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0566089 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3227  dihydrodipicolinate synthetase  28.2 
 
 		 307 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.535768 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6005  dihydrodipicolinate synthase family protein  26.4 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0744833 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4615  dihydrodipicolinate synthase  28 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.330125  hitchhiker  0.00385635 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28170  dihydrodipicolinate synthase  29.33 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00641704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5246  dihydrodipicolinate synthase  28 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5613  dihydrodipicolinate synthase  28 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292937  normal  0.171207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4181  dihydrodipicolinate synthase  26.26 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1734  dihydrodipicolinate synthase  24.84 
 
 		 296 aa  69.3  0.00000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0671  dihydrodipicolinate synthase  25 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.108128  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0032  dihydrodipicolinate synthase  25.09 
 
 		 293 aa  68.9  0.0000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6740  dihydrodipicolinate synthetase  27.87 
 
 		 307 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0078  dihydrodipicolinate synthase  27.15 
 
 		 298 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00671629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1566  dihydrodipicolinate synthetase  27.87 
 
 		 307 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6264  dihydrodipicolinate synthetase  27.87 
 
 		 307 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2503  dihydrodipicolinate synthetase  25.7 
 
 		 304 aa  68.9  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.143344  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2524  dihydrodipicolinate synthase subfamily protein  30 
 
 		 292 aa  68.2  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2446  putative dihydrodipicolinate synthetase  29.04 
 
 		 303 aa  68.2  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.314144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0351  dihydrodipicolinate synthase  25.83 
 
 		 295 aa  67.8  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1032  dihydrodipicolinate synthase  27.08 
 
 		 307 aa  67.8  0.0000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2960  dihydrodipicolinate synthase  28.57 
 
 		 302 aa  68.2  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1658  dihydrodipicolinate synthase  27.39 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51270  dihydrodipicolinate synthase  31.13 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000235612 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>