More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1237 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1237  dihydrodipicolinate synthase  100 
 
 
295 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.885534 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1267  dihydrodipicolinate synthase  100 
 
 
295 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.425377 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4181  dihydrodipicolinate synthase  97.97 
 
 
295 aa  594  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3975  dihydrodipicolinate synthase  93.9 
 
 
292 aa  560  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1371  dihydrodipicolinate synthase  88.14 
 
 
292 aa  526  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.418519  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1548  dihydrodipicolinate synthase  79.32 
 
 
292 aa  472  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0406446  normal  0.0313891 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3953  dihydrodipicolinate synthase  77.97 
 
 
292 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.121624  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1663  dihydrodipicolinate synthase  76.53 
 
 
292 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4387  dihydrodipicolinate synthase  77.21 
 
 
292 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51270  dihydrodipicolinate synthase  77.55 
 
 
292 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000235612 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35340  dihydrodipicolinate synthase  74.74 
 
 
287 aa  432  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1691  dihydrodipicolinate synthase  64.75 
 
 
292 aa  384  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.719895  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2143  dihydrodipicolinate synthase  63.05 
 
 
293 aa  379  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.168982  normal  0.25781 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0671  dihydrodipicolinate synthase  65.31 
 
 
291 aa  377  1e-103  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.108128  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5401  dihydrodipicolinate synthase  63.14 
 
 
301 aa  374  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0312051  normal  0.474311 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2005  dihydrodipicolinate synthase  63.14 
 
 
301 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.672271  hitchhiker  0.000000182643 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2113  dihydrodipicolinate synthase  62.46 
 
 
300 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.296264  hitchhiker  0.00390104 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2622  dihydrodipicolinate synthase  62.59 
 
 
291 aa  368  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5982  dihydrodipicolinate synthase  62.46 
 
 
300 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.700449  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2132  dihydrodipicolinate synthase  62.8 
 
 
301 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.769991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2095  dihydrodipicolinate synthase  62.46 
 
 
300 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1179  dihydrodipicolinate synthase  61.77 
 
 
301 aa  369  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000302619 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2524  dihydrodipicolinate synthase subfamily protein  62.59 
 
 
292 aa  365  1e-100  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0827  dihydrodipicolinate synthase  62.8 
 
 
294 aa  360  2e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.579615  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1906  dihydrodipicolinate synthase  59.39 
 
 
300 aa  358  4e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1678  dihydrodipicolinate synthase  59.73 
 
 
300 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2699  dihydrodipicolinate synthase  59.73 
 
 
300 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2180  dihydrodipicolinate synthase  59.73 
 
 
300 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.632855  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2565  dihydrodipicolinate synthase  59.73 
 
 
300 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1453  dihydrodipicolinate synthase  59.73 
 
 
300 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.242804  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3137  dihydrodipicolinate synthase  59.73 
 
 
300 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2619  dihydrodipicolinate synthase  59.73 
 
 
300 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1552  dihydrodipicolinate synthase  61.94 
 
 
286 aa  356  1.9999999999999998e-97  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000224782  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2816  dihydrodipicolinate synthase  60.2 
 
 
294 aa  354  1e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.303791  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0987  dihydrodipicolinate synthase  59.39 
 
 
294 aa  351  7e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.13213 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1083  dihydrodipicolinate synthase  58.7 
 
 
294 aa  351  7e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0824572  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1585  dihydrodipicolinate synthase  59.04 
 
 
320 aa  350  2e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.758368 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0410  dihydrodipicolinate synthase  60.34 
 
 
292 aa  348  5e-95  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.315899  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1145  dihydrodipicolinate synthase  58.36 
 
 
294 aa  346  3e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0950083  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0846  dihydrodipicolinate synthase  59.52 
 
 
292 aa  345  4e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00144357 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1068  dihydrodipicolinate synthase  57.68 
 
 
294 aa  345  8e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.740256 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2124  dihydrodipicolinate synthase  57 
 
 
302 aa  344  1e-93  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.035757 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1104  dihydrodipicolinate synthase  58.36 
 
 
319 aa  343  2e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2548  dihydrodipicolinate synthase  59.73 
 
 
308 aa  343  2e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00128586  normal  0.0288047 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1139  dihydrodipicolinate synthase  58.98 
 
 
292 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1427  dihydrodipicolinate synthase  59.73 
 
 
302 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.544407 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1072  dihydrodipicolinate synthase  58.98 
 
 
292 aa  342  4e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2198  dihydrodipicolinate synthase  58.05 
 
 
300 aa  340  1e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0796408  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3179  dihydrodipicolinate synthase  58.31 
 
 
292 aa  340  2e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0330313  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1010  dihydrodipicolinate synthase  59.18 
 
 
298 aa  340  2e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0924  dihydrodipicolinate synthase  59.18 
 
 
298 aa  340  2e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1098  dihydrodipicolinate synthase  57.64 
 
 
296 aa  339  4e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.429598  normal  0.674716 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1337  dihydrodipicolinate synthase  58.5 
 
 
298 aa  337  9.999999999999999e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.642823 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3509  dihydrodipicolinate synthase  57.09 
 
 
293 aa  336  2.9999999999999997e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02370  dihydrodipicolinate synthase  56.95 
 
 
292 aa  336  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2850  dihydrodipicolinate synthase  56.95 
 
 
292 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3700  dihydrodipicolinate synthase  56.95 
 
 
292 aa  336  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2610  dihydrodipicolinate synthase  56.95 
 
 
292 aa  336  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2760  dihydrodipicolinate synthase  56.95 
 
 
292 aa  336  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02332  hypothetical protein  56.95 
 
 
292 aa  336  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2625  dihydrodipicolinate synthase  56.95 
 
 
292 aa  336  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2984  dihydrodipicolinate synthase  56.95 
 
 
292 aa  335  5.999999999999999e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2563  dihydrodipicolinate synthase  58.36 
 
 
293 aa  335  7e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.122823  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1191  dihydrodipicolinate synthase  56.61 
 
 
292 aa  334  1e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1198  dihydrodipicolinate synthase  56.61 
 
 
292 aa  334  1e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2682  dihydrodipicolinate synthase  57.29 
 
 
292 aa  333  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.958571  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2634  dihydrodipicolinate synthase  57.29 
 
 
292 aa  333  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2723  dihydrodipicolinate synthase  57.29 
 
 
292 aa  333  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.155977  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2748  dihydrodipicolinate synthase  57.29 
 
 
292 aa  333  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2974  dihydrodipicolinate synthase  57.97 
 
 
292 aa  333  3e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.484069 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0843  dihydrodipicolinate synthase  58.7 
 
 
290 aa  333  3e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0686751  normal  0.56042 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0987  dihydrodipicolinate synthase  58.7 
 
 
290 aa  333  3e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.193638  normal  0.417753 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5089  dihydrodipicolinate synthase  58.16 
 
 
298 aa  332  4e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00525746 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2855  dihydrodipicolinate synthase  56.95 
 
 
292 aa  332  6e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.239791  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3432  dihydrodipicolinate synthase  56.8 
 
 
296 aa  329  3e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1200  dihydrodipicolinate synthase  56.8 
 
 
296 aa  328  5.0000000000000004e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1365  dihydrodipicolinate synthase  55.29 
 
 
289 aa  327  1.0000000000000001e-88  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00312051  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1306  dihydrodipicolinate synthase  55.29 
 
 
297 aa  327  1.0000000000000001e-88  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.11769  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0492  dihydrodipicolinate synthase  54.92 
 
 
298 aa  327  1.0000000000000001e-88  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0847  dihydrodipicolinate synthase  56.23 
 
 
307 aa  324  9e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1247  dihydrodipicolinate synthase  54.05 
 
 
293 aa  324  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1362  dihydrodipicolinate synthase  54.05 
 
 
299 aa  324  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.147738  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0991  dihydrodipicolinate synthase  56.31 
 
 
290 aa  324  1e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000339523  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3132  dihydrodipicolinate synthase  54.05 
 
 
299 aa  324  1e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.607074  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1860  dihydrodipicolinate synthase  56.95 
 
 
293 aa  324  1e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.151494  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1879  dihydrodipicolinate synthase  55.41 
 
 
294 aa  323  2e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2097  dihydrodipicolinate synthase  55.63 
 
 
297 aa  323  2e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.143233  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3170  dihydrodipicolinate synthase  56.46 
 
 
323 aa  323  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0819147  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2476  dihydrodipicolinate synthase  58.16 
 
 
290 aa  322  6e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1196  dihydrodipicolinate synthase  55.78 
 
 
321 aa  321  8e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1540  dihydrodipicolinate synthase  58.9 
 
 
300 aa  320  9.999999999999999e-87  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0158  dihydrodipicolinate synthase  55.63 
 
 
301 aa  321  9.999999999999999e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0298297  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2340  dihydrodipicolinate synthase  55.07 
 
 
294 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00299163  hitchhiker  0.000000559319 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2412  dihydrodipicolinate synthase  55.07 
 
 
294 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0470285  hitchhiker  0.00564144 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2640  dihydrodipicolinate synthase  55.29 
 
 
293 aa  319  3e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3007  dihydrodipicolinate synthase  57 
 
 
292 aa  320  3e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0527103  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1656  dihydrodipicolinate synthase  54.73 
 
 
294 aa  319  3e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00451745  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03187  dihydrodipicolinate synthase  55.1 
 
 
297 aa  318  5e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0148  dihydrodipicolinate synthase  55.97 
 
 
301 aa  318  6e-86  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000206082  hitchhiker  0.0000319288 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2552  dihydrodipicolinate synthase  56.74 
 
 
294 aa  318  7e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000411762  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>