More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4892 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4892  dihydrodipicolinate synthase  100 
 
 		 298 aa  586  1e-166  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0566089 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5442  dihydrodipicolinate synthase  98.32 
 
 		 298 aa  578  1e-164  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5246  dihydrodipicolinate synthase  93.96 
 
 		 298 aa  534  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5613  dihydrodipicolinate synthase  93.96 
 
 		 298 aa  534  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292937  normal  0.171207 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4615  dihydrodipicolinate synthase  93.29 
 
 		 298 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.330125  hitchhiker  0.00385635 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0078  dihydrodipicolinate synthase  93.58 
 
 		 298 aa  533  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00671629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0803  dihydrodipicolinate synthase, putative  82.55 
 
 		 298 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1958  dihydrodipicolinate synthase, putative  83.33 
 
 		 298 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1160  DapA_1  83.33 
 
 		 298 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1006  putative dihydrodipicolinate synthase  83.33 
 
 		 298 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0869  putative dihydrodipicolinate synthase  83.33 
 
 		 298 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0956  putative dihydrodipicolinate synthase  83.33 
 
 		 298 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0279  putative dihydrodipicolinate synthase  83.33 
 
 		 298 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0518166  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0999  putative dihydrodipicolinate synthase  82.65 
 
 		 298 aa  434  1e-121  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1307  dihydrodipicolinate synthetase  65.05 
 
 		 293 aa  374  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4304  putative dihydrodipicolinate synthetase  63.05 
 
 		 297 aa  362  6e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.172011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0309  putative dihydrodipicolinate synthetase  61.3 
 
 		 293 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.922253  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02730  putative dihydrodipicolinate synthetase  60.62 
 
 		 293 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0690835 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1568  dihydrodipicolinate synthetase  59.79 
 
 		 295 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3706  dihydrodipicolinate synthetase  59.79 
 
 		 295 aa  342  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2036  dihydrodipicolinate synthetase  60.14 
 
 		 295 aa  342  4e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4439  dihydrodipicolinate synthetase  57.09 
 
 		 290 aa  342  5.999999999999999e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.609265 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0883  dihydrodipicolinate synthetase  62.15 
 
 		 294 aa  332  6e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0452  dihydrodipicolinate synthetase  57.49 
 
 		 296 aa  323  3e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2860  hypothetical protein  54.7 
 
 		 299 aa  308  5.9999999999999995e-83  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0921  dihydrodipicolinate synthase  38.2 
 
 		 295 aa  175  7e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5604  dihydrodipicolinate synthase  34.14 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0722  dihydrodipicolinate synthase  34.14 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1458  dihydrodipicolinate synthase  35.29 
 
 		 291 aa  170  3e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.370783  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2861  dihydrodipicolinate synthase  33.22 
 
 		 298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.224352  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2592  dihydrodipicolinate synthase  33.22 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2641  dihydrodipicolinate synthase  33.22 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.267093  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2832  dihydrodipicolinate synthase  33.22 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.152609  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2635  dihydrodipicolinate synthase  33.57 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2838  dihydrodipicolinate synthase  33.22 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000864796 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2883  dihydrodipicolinate synthase  33.22 
 
 		 298 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.399498  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2449  dihydrodipicolinate synthase  33.22 
 
 		 298 aa  165  9e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2557  dihydrodipicolinate synthase  32.53 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2844  dihydrodipicolinate synthase  32.87 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0557185  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1396  dihydrodipicolinate synthase  32.42 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.158147  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1759  dihydrodipicolinate synthetase  32.76 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0300118  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1685  dihydrodipicolinate synthetase  34.15 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.805786  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1170  dihydrodipicolinate synthase  30.88 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000026647  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1531  dihydrodipicolinate synthetase family protein  31.56 
 
 		 304 aa  149  7e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00114549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2062  dihydrodipicolinate synthase  31.47 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2258  dihydrodipicolinate synthase  35.23 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.269277  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0464  dihydrodipicolinate synthase  33.33 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.145976  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0159  dihydrodipicolinate synthase  34.06 
 
 		 290 aa  145  6e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.865785  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0211  dihydrodipicolinate synthase  32.27 
 
 		 290 aa  145  6e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.397143  hitchhiker  0.00000000242674 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0476  dihydrodipicolinate synthase  32.41 
 
 		 291 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1492  dihydrodipicolinate synthase  32.07 
 
 		 291 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.944504  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0016  dihydrodipicolinate synthetase  31.51 
 
 		 294 aa  145  8.000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2184  dihydrodipicolinate synthase  30.22 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6523  dihydrodipicolinate synthetase  31.94 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107378 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3716  dihydrodipicolinate synthetase  30.14 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.131295 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1942  dihydrodipicolinate synthase  31.03 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3958  dihydrodipicolinate synthetase  29.86 
 
 		 291 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4144  dihydrodipicolinate synthase  31.82 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5807  dihydrodipicolinate synthase  38.38 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1872  dihydrodipicolinate synthase  29.17 
 
 		 291 aa  143  4e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2241  dihydrodipicolinate synthase  35.11 
 
 		 307 aa  142  5e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.289873  normal  0.369345 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2161  dihydrodipicolinate synthase  29.17 
 
 		 291 aa  142  5e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4054  dihydrodipicolinate synthase  31.47 
 
 		 290 aa  142  5e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1762  dihydrodipicolinate synthase  30.5 
 
 		 304 aa  142  7e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000163874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0794  dihydrodipicolinate synthase  31.62 
 
 		 314 aa  142  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0494  dihydrodipicolinate synthetase  32.39 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.78772  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3063  dihydrodipicolinate synthase  32.97 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0542018  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4110  dihydrodipicolinate synthetase  32.53 
 
 		 297 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1449  dihydrodipicolinate synthetase family protein  31.14 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.365355  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0016  dihydrodipicolinate synthetase  30.48 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4002  dihydrodipicolinate synthetase  36.21 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5278  dihydrodipicolinate synthetase  33.45 
 
 		 303 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.995462 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2822  dihydrodipicolinate synthetase  30.14 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0197523  normal  0.589984 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1908  dihydrodipicolinate synthase  33.33 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.316994  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1537  dihydrodipicolinate synthase  32.88 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6292  dihydrodipicolinate synthase  32.88 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.454745 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6951  dihydrodipicolinate synthase  33.22 
 
 		 298 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0234  dihydrodipicolinate synthase  30.85 
 
 		 290 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4167  dihydrodipicolinate synthetase  35.48 
 
 		 296 aa  138  8.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.509818  normal  0.290028 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2234  dihydrodipicolinate synthase  29.76 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0317  dihydrodipicolinate synthase  26.74 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6171  dihydrodipicolinate synthetase  34.15 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09730  putative dihydrodipicolinate synthase  34.24 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000547803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3482  dihydrodipicolinate synthase  29.3 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000010244  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0697  dihydrodipicolinate synthase  34.27 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.31564  normal  0.111382 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1484  dihydrodipicolinate synthase  33.33 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.853225  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4834  dihydrodipicolinate synthetase  32.76 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561914  normal  0.105367 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4753  dihydrodipicolinate synthetase  34.56 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.102033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6698  putative dihydrodipicolinate synthase  29.45 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.176073 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0056  dihydrodipicolinate synthase  31.14 
 
 		 291 aa  136  5e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.821032  normal  0.798921 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0072  dihydrodipicolinate synthase  27.34 
 
 		 304 aa  135  6.0000000000000005e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1402  dihydrodipicolinate synthase  28.47 
 
 		 292 aa  135  8e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000702013  hitchhiker  4.69848e-20 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0149  dihydrodipicolinate synthase  36.1 
 
 		 291 aa  135  8e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3897  dihydrodipicolinate synthase  28.47 
 
 		 292 aa  135  8e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0082714  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1597  dihydrodipicolinate synthase  26.04 
 
 		 289 aa  135  9e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1797  dihydrodipicolinate synthase  30.94 
 
 		 292 aa  135  9e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000131213  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3810  dihydrodipicolinate synthase  28.47 
 
 		 292 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.27976e-50 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3650  dihydrodipicolinate synthase  28.47 
 
 		 292 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.109215  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3540  dihydrodipicolinate synthase  28.47 
 
 		 292 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00322291  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3568  dihydrodipicolinate synthase  28.47 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000801902  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>