More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_4054 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_4054  dihydrodipicolinate synthase  100 
 
 		 290 aa  591  1e-168  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4144  dihydrodipicolinate synthase  99.66 
 
 		 290 aa  590  1e-167  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0234  dihydrodipicolinate synthase  86.9 
 
 		 290 aa  518  1e-146  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0159  dihydrodipicolinate synthase  80.69 
 
 		 290 aa  489  1e-137  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.865785  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0211  dihydrodipicolinate synthase  79.31 
 
 		 290 aa  477  1e-134  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.397143  hitchhiker  0.00000000242674 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3043  dihydrodipicolinate synthase  77.93 
 
 		 290 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.366614  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3063  dihydrodipicolinate synthase  73.1 
 
 		 290 aa  457  9.999999999999999e-129  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0542018  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2421  dihydrodipicolinate synthase  62.54 
 
 		 293 aa  392  1e-108  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000015991  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0056  dihydrodipicolinate synthase  59.11 
 
 		 291 aa  370  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.821032  normal  0.798921 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1296  dihydrodipicolinate synthase  57.75 
 
 		 292 aa  356  2.9999999999999997e-97  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000060181  normal  0.083937 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0647  dihydrodipicolinate synthase  56.55 
 
 		 292 aa  353  2e-96  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.443428  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1942  dihydrodipicolinate synthase  55.33 
 
 		 292 aa  348  4e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0562  dihydrodipicolinate synthase  55.99 
 
 		 292 aa  348  6e-95  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00078537 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1797  dihydrodipicolinate synthase  54.48 
 
 		 292 aa  334  7.999999999999999e-91  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000131213  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2987  dihydrodipicolinate synthase  54.64 
 
 		 294 aa  323  2e-87  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00573153  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0032  dihydrodipicolinate synthase  51.71 
 
 		 293 aa  322  5e-87  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0097  dihydrodipicolinate synthase  54.55 
 
 		 297 aa  321  9.999999999999999e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1874  dihydrodipicolinate synthase  54.64 
 
 		 292 aa  320  1.9999999999999998e-86  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.013061 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2198  dihydrodipicolinate synthase  53.22 
 
 		 300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0796408  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1370  dihydrodipicolinate synthase  51.72 
 
 		 296 aa  310  2e-83  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.702797  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4069  dihydrodipicolinate synthase  53.98 
 
 		 295 aa  309  2.9999999999999997e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4192  dihydrodipicolinate synthase  54.33 
 
 		 295 aa  309  4e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3473  dihydrodipicolinate synthase  52.07 
 
 		 292 aa  308  9e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0644338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4217  dihydrodipicolinate synthase  53.63 
 
 		 295 aa  307  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00266238  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0358  dihydrodipicolinate synthase  50.86 
 
 		 290 aa  306  2.0000000000000002e-82  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.672086  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0962  dihydrodipicolinate synthase  51.38 
 
 		 292 aa  306  3e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0317  dihydrodipicolinate synthase  52.6 
 
 		 289 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2476  dihydrodipicolinate synthase  53.15 
 
 		 290 aa  304  1.0000000000000001e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1031  dihydrodipicolinate synthase  54.12 
 
 		 289 aa  303  1.0000000000000001e-81  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.432132  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1597  dihydrodipicolinate synthase  51.9 
 
 		 289 aa  302  5.000000000000001e-81  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3953  dihydrodipicolinate synthase  53.66 
 
 		 292 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.121624  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1548  dihydrodipicolinate synthase  54.01 
 
 		 292 aa  301  9e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0406446  normal  0.0313891 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1449  dihydrodipicolinate synthase  53.76 
 
 		 289 aa  300  2e-80  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1992  dihydrodipicolinate synthase  52.92 
 
 		 291 aa  298  5e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.122144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2358  dihydrodipicolinate synthase  52.92 
 
 		 291 aa  298  5e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.592923  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1908  dihydrodipicolinate synthase  50.52 
 
 		 292 aa  297  1e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.316994  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2524  dihydrodipicolinate synthase subfamily protein  55.27 
 
 		 292 aa  296  3e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2161  dihydrodipicolinate synthase  48.62 
 
 		 291 aa  296  3e-79  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1872  dihydrodipicolinate synthase  48.62 
 
 		 291 aa  296  3e-79  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0526  dihydrodipicolinate synthase  49.66 
 
 		 293 aa  295  6e-79  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000316742  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2622  dihydrodipicolinate synthase  53.85 
 
 		 291 aa  295  7e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2124  dihydrodipicolinate synthase  52.41 
 
 		 302 aa  295  7e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.035757 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2438  dihydrodipicolinate synthase  52.22 
 
 		 291 aa  294  9e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.220136  normal  0.277798 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0410  dihydrodipicolinate synthase  51.92 
 
 		 292 aa  294  1e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.315899  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2984  dihydrodipicolinate synthase  51.37 
 
 		 292 aa  294  1e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2143  dihydrodipicolinate synthase  53.45 
 
 		 293 aa  294  1e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.168982  normal  0.25781 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0826  dihydrodipicolinate synthase  52.08 
 
 		 295 aa  292  5e-78  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.545696  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0827  dihydrodipicolinate synthase  53.45 
 
 		 294 aa  291  1e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.579615  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1365  dihydrodipicolinate synthase  50.52 
 
 		 289 aa  291  1e-77  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00312051  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1306  dihydrodipicolinate synthase  50.52 
 
 		 297 aa  291  1e-77  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.11769  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1072  dihydrodipicolinate synthase  50.34 
 
 		 292 aa  291  1e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0671  dihydrodipicolinate synthase  54.95 
 
 		 291 aa  290  2e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.108128  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1663  dihydrodipicolinate synthase  54.58 
 
 		 292 aa  288  9e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35340  dihydrodipicolinate synthase  54.61 
 
 		 287 aa  287  1e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3179  dihydrodipicolinate synthase  50 
 
 		 292 aa  286  2e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0330313  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2234  dihydrodipicolinate synthase  50 
 
 		 290 aa  286  2e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1552  dihydrodipicolinate synthase  52.59 
 
 		 286 aa  286  2e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000224782  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3342  dihydrodipicolinate synthase  48.44 
 
 		 292 aa  286  4e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2262  dihydrodipicolinate synthase  49.66 
 
 		 290 aa  285  5e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2862  dihydrodipicolinate synthase  50.69 
 
 		 291 aa  285  5.999999999999999e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.338154  normal  0.155363 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2184  dihydrodipicolinate synthase  47.42 
 
 		 297 aa  285  7e-76  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1691  dihydrodipicolinate synthase  52.54 
 
 		 292 aa  285  7e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.719895  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0354  dihydrodipicolinate synthase  52.6 
 
 		 295 aa  284  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.572016  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1139  dihydrodipicolinate synthase  49.32 
 
 		 292 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0908  dihydrodipicolinate synthase  48.79 
 
 		 288 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0341  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  48.11 
 
 		 301 aa  282  4.0000000000000003e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1134  dihydrodipicolinate synthase  50.35 
 
 		 295 aa  281  7.000000000000001e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4387  dihydrodipicolinate synthase  54.21 
 
 		 292 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51270  dihydrodipicolinate synthase  54.21 
 
 		 292 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000235612 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1458  dihydrodipicolinate synthase  48.96 
 
 		 291 aa  281  8.000000000000001e-75  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.370783  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1104  dihydrodipicolinate synthase  50 
 
 		 319 aa  281  9e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3086  dihydrodipicolinate synthase  48.1 
 
 		 326 aa  281  9e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.167482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3509  dihydrodipicolinate synthase  51.08 
 
 		 293 aa  281  1e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1583  dihydrodipicolinate synthase  50 
 
 		 293 aa  281  1e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.122353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1371  dihydrodipicolinate synthase  52.38 
 
 		 292 aa  280  3e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.418519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1058  dihydrodipicolinate synthase  50 
 
 		 297 aa  279  4e-74  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1150  dihydrodipicolinate synthase  47.6 
 
 		 291 aa  279  4e-74  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0476  dihydrodipicolinate synthase  47.77 
 
 		 291 aa  278  1e-73  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3975  dihydrodipicolinate synthase  50.52 
 
 		 292 aa  277  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1083  dihydrodipicolinate synthase  50 
 
 		 294 aa  277  2e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0824572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1396  dihydrodipicolinate synthase  47.57 
 
 		 313 aa  277  2e-73  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.158147  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1145  dihydrodipicolinate synthase  49.26 
 
 		 294 aa  275  6e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0950083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1247  dihydrodipicolinate synthase  50.18 
 
 		 293 aa  275  8e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1362  dihydrodipicolinate synthase  50.18 
 
 		 299 aa  275  9e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.147738  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3132  dihydrodipicolinate synthase  50.18 
 
 		 299 aa  275  9e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.607074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0148  dihydrodipicolinate synthase  51.05 
 
 		 301 aa  274  1.0000000000000001e-72  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000206082  hitchhiker  0.0000319288 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0987  dihydrodipicolinate synthase  49.26 
 
 		 294 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.13213 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1237  dihydrodipicolinate synthase  50.69 
 
 		 295 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.885534 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2005  dihydrodipicolinate synthase  49.64 
 
 		 301 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.672271  hitchhiker  0.000000182643 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2723  dihydrodipicolinate synthase  48.91 
 
 		 292 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.155977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1492  dihydrodipicolinate synthase  45.02 
 
 		 291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.944504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2748  dihydrodipicolinate synthase  48.91 
 
 		 292 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2634  dihydrodipicolinate synthase  48.91 
 
 		 292 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1267  dihydrodipicolinate synthase  50.69 
 
 		 295 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.425377 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2682  dihydrodipicolinate synthase  48.91 
 
 		 292 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.958571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03187  dihydrodipicolinate synthase  51.09 
 
 		 297 aa  273  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1179  dihydrodipicolinate synthase  49.27 
 
 		 301 aa  273  3e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000302619 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2974  dihydrodipicolinate synthase  46.92 
 
 		 292 aa  273  3e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.484069 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2855  dihydrodipicolinate synthase  48.55 
 
 		 292 aa  272  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.239791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3829  dihydrodipicolinate synthase  46.02 
 
 		 299 aa  272  6e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.277082  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>