More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3716 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3716  dihydrodipicolinate synthetase  100 
 
 		 291 aa  587  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.131295 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3958  dihydrodipicolinate synthetase  92.44 
 
 		 291 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1759  dihydrodipicolinate synthetase  88.66 
 
 		 291 aa  532  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0300118  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6698  putative dihydrodipicolinate synthase  81.18 
 
 		 303 aa  486  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.176073 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0016  dihydrodipicolinate synthetase  64.6 
 
 		 294 aa  383  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0016  dihydrodipicolinate synthetase  63.57 
 
 		 294 aa  377  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1441  dihydrodipicolinate synthetase  62.2 
 
 		 294 aa  360  1e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.681531  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6692  dihydrodipicolinate synthetase  63.76 
 
 		 294 aa  359  4e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6171  dihydrodipicolinate synthetase  64.46 
 
 		 294 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5604  dihydrodipicolinate synthase  33.56 
 
 		 298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1531  dihydrodipicolinate synthetase family protein  30.93 
 
 		 304 aa  159  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00114549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2066  dihydrodipicolinate synthetase  35.09 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0722  dihydrodipicolinate synthase  31.96 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4304  putative dihydrodipicolinate synthetase  32.29 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.172011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1908  dihydrodipicolinate synthase  37.6 
 
 		 292 aa  156  4e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.316994  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2362  dihydrodipicolinate synthase  29.9 
 
 		 304 aa  155  8e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000117821  normal  0.484255 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1568  dihydrodipicolinate synthetase  30.45 
 
 		 295 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2036  dihydrodipicolinate synthetase  30.53 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1886  hypothetical protein  31.82 
 
 		 390 aa  152  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0803  dihydrodipicolinate synthase, putative  31.93 
 
 		 298 aa  152  4e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1420  dihydrodipicolinate synthetase family protein  31.82 
 
 		 306 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0587759  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0471  dihydrodipicolinate synthetase  31.82 
 
 		 306 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.230388  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0568  dihydrodipicolinate synthetase  31.82 
 
 		 306 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.397945  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0879  dihydrodipicolinate synthetase family protein  31.82 
 
 		 306 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.600236  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2194  dihydrodipicolinate synthetase family protein  31.82 
 
 		 306 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.872577  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1762  dihydrodipicolinate synthase  28.87 
 
 		 304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000163874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2517  dihydrodipicolinate synthetase  31.58 
 
 		 309 aa  152  5.9999999999999996e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.35455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3706  dihydrodipicolinate synthetase  30.88 
 
 		 295 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1895  dihydrodipicolinate synthetase  30.42 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.305178 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2068  dihydrodipicolinate synthetase family protein  31.12 
 
 		 390 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.790569  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4227  dihydrodipicolinate synthetase  30.42 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0531975  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4139  dihydrodipicolinate synthetase  30.42 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.405813  normal  0.104892 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3380  dihydrodipicolinate synthetase  30.42 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.434141  normal  0.344387 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0921  dihydrodipicolinate synthase  32.46 
 
 		 295 aa  149  4e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2822  dihydrodipicolinate synthetase  28.52 
 
 		 304 aa  149  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0197523  normal  0.589984 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1307  dihydrodipicolinate synthetase  30.45 
 
 		 293 aa  149  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1838  dihydrodipicolinate synthetase  30.42 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1396  dihydrodipicolinate synthase  37.55 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.158147  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0476  dihydrodipicolinate synthase  34.38 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48000  putative dihydrodipicolinate synthetase  29.62 
 
 		 305 aa  146  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00397266  normal  0.801152 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0873  putative dihydrodipicolinate synthase  31.34 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.414654 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4138  putative dihydrodipicolinate synthetase  29.72 
 
 		 305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.565611  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2258  dihydrodipicolinate synthase  32.99 
 
 		 294 aa  145  5e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.269277  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1006  putative dihydrodipicolinate synthase  31.93 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1958  dihydrodipicolinate synthase, putative  31.93 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1160  DapA_1  31.93 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0279  putative dihydrodipicolinate synthase  31.93 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0518166  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02730  putative dihydrodipicolinate synthetase  29.17 
 
 		 293 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0690835 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4559  dihydrodipicolinate synthetase  31.69 
 
 		 301 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0869  putative dihydrodipicolinate synthase  31.93 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0956  putative dihydrodipicolinate synthase  31.93 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6523  dihydrodipicolinate synthetase  29.66 
 
 		 303 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107378 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1484  dihydrodipicolinate synthase  34.49 
 
 		 300 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.853225  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4666  dihydrodipicolinate synthetase  32.04 
 
 		 301 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0656669  normal  0.616699 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0999  putative dihydrodipicolinate synthase  31.93 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0309  putative dihydrodipicolinate synthetase  29.17 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.922253  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0297  dihydrodipicolinate synthetase  30.77 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.168579 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0494  dihydrodipicolinate synthetase  32.52 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.78772  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003669  1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate deaminase  30.14 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2714  dihydrodipicolinate synthetase  30.28 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0341  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  32.14 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4271  dihydrodipicolinate synthetase  30.63 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1492  dihydrodipicolinate synthase  35.93 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.944504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3586  dihydrodipicolinate synthase  30.9 
 
 		 297 aa  139  7.999999999999999e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1449  dihydrodipicolinate synthetase family protein  29.01 
 
 		 304 aa  137  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.365355  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4615  dihydrodipicolinate synthase  29.51 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.330125  hitchhiker  0.00385635 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0848  dihydrodipicolinate synthase  33.06 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.538248 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5442  dihydrodipicolinate synthase  30.14 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3063  dihydrodipicolinate synthase  32.04 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0542018  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4892  dihydrodipicolinate synthase  30.14 
 
 		 298 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0566089 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0697  dihydrodipicolinate synthase  33.22 
 
 		 300 aa  136  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.31564  normal  0.111382 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3705  dihydrodipicolinate synthetase  29.67 
 
 		 305 aa  135  5e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0168037  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0078  dihydrodipicolinate synthase  29.51 
 
 		 298 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00671629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5246  dihydrodipicolinate synthase  29.17 
 
 		 298 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6951  dihydrodipicolinate synthase  29.82 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5613  dihydrodipicolinate synthase  29.17 
 
 		 298 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292937  normal  0.171207 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0883  dihydrodipicolinate synthetase  29.12 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1537  dihydrodipicolinate synthase  29.82 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4439  dihydrodipicolinate synthetase  28.92 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.609265 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6292  dihydrodipicolinate synthase  29.82 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.454745 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3702  dihydrodipicolinate synthetase  33.6 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0124  dihydrodipicolinate synthase  33.88 
 
 		 290 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.139881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0673  dihydrodipicolinate synthase  34.57 
 
 		 294 aa  132  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0566  dihydrodipicolinate synthase  29.82 
 
 		 298 aa  132  6e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.427592 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0033  dihydrodipicolinate synthase  30.99 
 
 		 291 aa  131  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5966  dihydrodipicolinate synthase  29.96 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5586  dihydrodipicolinate synthetase  27.18 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.285938  normal  0.789314 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3086  dihydrodipicolinate synthase  34.02 
 
 		 326 aa  130  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.167482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2542  dihydrodipicolinate synthase  33.88 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0922563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2844  dihydrodipicolinate synthase  25.33 
 
 		 298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0557185  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0882  dihydrodipicolinate synthase  33.88 
 
 		 295 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0103  dihydrodipicolinate synthase  30.18 
 
 		 293 aa  129  5.0000000000000004e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.148353  normal  0.278132 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2449  dihydrodipicolinate synthase  25 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2861  dihydrodipicolinate synthase  24.57 
 
 		 298 aa  128  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.224352  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2641  dihydrodipicolinate synthase  24.67 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.267093  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2838  dihydrodipicolinate synthase  24.67 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000864796 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2832  dihydrodipicolinate synthase  24.67 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.152609  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2635  dihydrodipicolinate synthase  25.91 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2883  dihydrodipicolinate synthase  24.67 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.399498  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01439  dihydrodipicolinate synthetase  33.04 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>