More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1568 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1568  dihydrodipicolinate synthetase  100 
 
 		 295 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2036  dihydrodipicolinate synthetase  96.27 
 
 		 295 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3706  dihydrodipicolinate synthetase  94.24 
 
 		 295 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02730  putative dihydrodipicolinate synthetase  70.65 
 
 		 293 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0690835 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0309  putative dihydrodipicolinate synthetase  70.83 
 
 		 293 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.922253  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1307  dihydrodipicolinate synthetase  68.04 
 
 		 293 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0883  dihydrodipicolinate synthetase  63.48 
 
 		 294 aa  362  4e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0078  dihydrodipicolinate synthase  60.14 
 
 		 298 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00671629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4615  dihydrodipicolinate synthase  59.79 
 
 		 298 aa  332  6e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.330125  hitchhiker  0.00385635 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5246  dihydrodipicolinate synthase  59.79 
 
 		 298 aa  331  9e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5613  dihydrodipicolinate synthase  59.79 
 
 		 298 aa  331  9e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292937  normal  0.171207 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5442  dihydrodipicolinate synthase  59.79 
 
 		 298 aa  329  4e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0803  dihydrodipicolinate synthase, putative  57 
 
 		 298 aa  328  6e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4892  dihydrodipicolinate synthase  59.79 
 
 		 298 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0566089 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1958  dihydrodipicolinate synthase, putative  57.34 
 
 		 298 aa  317  2e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1160  DapA_1  57.34 
 
 		 298 aa  317  2e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0279  putative dihydrodipicolinate synthase  57.34 
 
 		 298 aa  317  2e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0518166  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0869  putative dihydrodipicolinate synthase  57.34 
 
 		 298 aa  317  2e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1006  putative dihydrodipicolinate synthase  57.34 
 
 		 298 aa  317  2e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0956  putative dihydrodipicolinate synthase  57.34 
 
 		 298 aa  317  2e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4304  putative dihydrodipicolinate synthetase  55.56 
 
 		 297 aa  316  4e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.172011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0999  putative dihydrodipicolinate synthase  57.34 
 
 		 298 aa  316  4e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4439  dihydrodipicolinate synthetase  51.4 
 
 		 290 aa  312  4.999999999999999e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.609265 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0452  dihydrodipicolinate synthetase  52.76 
 
 		 296 aa  301  1e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2860  hypothetical protein  46.71 
 
 		 299 aa  261  8.999999999999999e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2861  dihydrodipicolinate synthase  33.45 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.224352  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2449  dihydrodipicolinate synthase  33.45 
 
 		 298 aa  169  4e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2635  dihydrodipicolinate synthase  33.45 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2844  dihydrodipicolinate synthase  32.76 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0557185  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2883  dihydrodipicolinate synthase  32.76 
 
 		 298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.399498  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2641  dihydrodipicolinate synthase  32.19 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.267093  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2592  dihydrodipicolinate synthase  32.19 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2838  dihydrodipicolinate synthase  32.19 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000864796 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2832  dihydrodipicolinate synthase  32.19 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.152609  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2557  dihydrodipicolinate synthase  32.41 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1685  dihydrodipicolinate synthetase  32.73 
 
 		 295 aa  158  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.805786  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1458  dihydrodipicolinate synthase  33.1 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.370783  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5604  dihydrodipicolinate synthase  33.56 
 
 		 298 aa  155  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2005  dihydrodipicolinate synthase  33.92 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.672271  hitchhiker  0.000000182643 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3716  dihydrodipicolinate synthetase  30.45 
 
 		 291 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.131295 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1492  dihydrodipicolinate synthase  33.22 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.944504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2132  dihydrodipicolinate synthase  33.92 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.769991  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3111  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  31.47 
 
 		 313 aa  152  5e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0921  dihydrodipicolinate synthase  35.21 
 
 		 295 aa  152  5.9999999999999996e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0722  dihydrodipicolinate synthase  33.22 
 
 		 298 aa  152  5.9999999999999996e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3958  dihydrodipicolinate synthetase  29.76 
 
 		 291 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5966  dihydrodipicolinate synthase  31.72 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0494  dihydrodipicolinate synthetase  33.45 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.78772  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1537  dihydrodipicolinate synthase  30.88 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1531  dihydrodipicolinate synthetase family protein  30.34 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00114549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6292  dihydrodipicolinate synthase  30.88 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.454745 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2258  dihydrodipicolinate synthase  35.45 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.269277  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2113  dihydrodipicolinate synthase  32.87 
 
 		 300 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.296264  hitchhiker  0.00390104 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1179  dihydrodipicolinate synthase  32.87 
 
 		 301 aa  149  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000302619 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5401  dihydrodipicolinate synthase  33.22 
 
 		 301 aa  149  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0312051  normal  0.474311 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5982  dihydrodipicolinate synthase  32.87 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.700449  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2095  dihydrodipicolinate synthase  32.87 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1759  dihydrodipicolinate synthetase  29.07 
 
 		 291 aa  148  8e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0300118  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1449  dihydrodipicolinate synthetase family protein  30.29 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.365355  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1370  dihydrodipicolinate synthase  34.33 
 
 		 296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.702797  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6951  dihydrodipicolinate synthase  30.53 
 
 		 298 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0297  dihydrodipicolinate synthetase  32.74 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.168579 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1906  dihydrodipicolinate synthase  32.48 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6523  dihydrodipicolinate synthetase  31.75 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107378 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1396  dihydrodipicolinate synthase  32.53 
 
 		 313 aa  146  4.0000000000000006e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.158147  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6692  dihydrodipicolinate synthetase  33.1 
 
 		 294 aa  145  6e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6698  putative dihydrodipicolinate synthase  29.66 
 
 		 303 aa  145  8.000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.176073 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1658  dihydrodipicolinate synthase  33.45 
 
 		 298 aa  145  9e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4753  dihydrodipicolinate synthetase  33.56 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.102033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0566  dihydrodipicolinate synthase  30.21 
 
 		 298 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.427592 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0826  dihydrodipicolinate synthase  31.16 
 
 		 295 aa  144  1e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.545696  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3137  dihydrodipicolinate synthase  32.12 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1678  dihydrodipicolinate synthase  32.12 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2565  dihydrodipicolinate synthase  32.12 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2699  dihydrodipicolinate synthase  32.12 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2180  dihydrodipicolinate synthase  32.12 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.632855  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2714  dihydrodipicolinate synthetase  32.76 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1585  dihydrodipicolinate synthase  32.61 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.758368 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2619  dihydrodipicolinate synthase  32.12 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1453  dihydrodipicolinate synthase  32.12 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.242804  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2362  dihydrodipicolinate synthase  29.23 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000117821  normal  0.484255 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5586  dihydrodipicolinate synthetase  32 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.285938  normal  0.789314 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01439  dihydrodipicolinate synthetase  35.19 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00780  dihydrodipicolinate synthase  31.25 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.868751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0016  dihydrodipicolinate synthetase  30.66 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1942  dihydrodipicolinate synthase  29.41 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4002  dihydrodipicolinate synthetase  32.76 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003669  1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate deaminase  30.43 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2822  dihydrodipicolinate synthetase  28.87 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0197523  normal  0.589984 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1170  dihydrodipicolinate synthase  29.12 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000026647  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2184  dihydrodipicolinate synthase  28.88 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1427  dihydrodipicolinate synthase  31.93 
 
 		 302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.544407 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2438  dihydrodipicolinate synthase  30.53 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.220136  normal  0.277798 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1402  dihydrodipicolinate synthase  30.36 
 
 		 292 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000702013  hitchhiker  4.69848e-20 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3897  dihydrodipicolinate synthase  30.36 
 
 		 292 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0082714  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1762  dihydrodipicolinate synthase  28.52 
 
 		 304 aa  139  6e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000163874  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3650  dihydrodipicolinate synthase  30.36 
 
 		 292 aa  139  7e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.109215  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3540  dihydrodipicolinate synthase  30.36 
 
 		 292 aa  139  7e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00322291  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1613  dihydrodipicolinate synthase  30.94 
 
 		 296 aa  139  7e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.390661 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3935  dihydrodipicolinate synthase  30.36 
 
 		 292 aa  139  7e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000721965  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>