More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4666 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4666  dihydrodipicolinate synthetase  100 
 
 		 310 aa  628  1e-179  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.966084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3971  dihydrodipicolinate synthetase  75.41 
 
 		 309 aa  452  1.0000000000000001e-126  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1021  dihydrodipicolinate synthetase  63.25 
 
 		 310 aa  382  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2247  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  60.6 
 
 		 312 aa  379  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.11858  hitchhiker  0.00000394789 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2596  dihydrodipicolinate synthetase  59.24 
 
 		 313 aa  377  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.354189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3006  dihydrodipicolinate synthetase  58.92 
 
 		 313 aa  374  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6711  dihydrodipicolinate synthetase  58.06 
 
 		 309 aa  371  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1052  dihydrodipicolinate synthetase  60.47 
 
 		 305 aa  374  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0453  dihydrodipicolinate synthetase  57.1 
 
 		 309 aa  366  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3080  dihydrodipicolinate synthetase  61.26 
 
 		 310 aa  363  3e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.151038 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1026  dihydrodipicolinate synthetase  57.24 
 
 		 309 aa  359  3e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2446  putative dihydrodipicolinate synthetase  58.42 
 
 		 303 aa  358  5e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.314144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2738  dihydrodipicolinate synthetase  60.06 
 
 		 309 aa  357  9.999999999999999e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0200643  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2133  dihydrodipicolinate synthase  60.32 
 
 		 309 aa  356  1.9999999999999998e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1630  dihydrodipicolinate synthase, putative  56.45 
 
 		 309 aa  356  1.9999999999999998e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0633747  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4575  dihydrodipicolinate synthetase  60.06 
 
 		 310 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2707  dihydrodipicolinate synthetase  55.63 
 
 		 316 aa  354  8.999999999999999e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.220655 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2837  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  57.57 
 
 		 305 aa  354  1e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.719911  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4983  dihydrodipicolinate synthetase  58.61 
 
 		 309 aa  353  2.9999999999999997e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3204  dihydrodipicolinate synthetase  55.81 
 
 		 309 aa  350  1e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.678825  normal  0.148766 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3398  dihydrodipicolinate synthetase  59.93 
 
 		 311 aa  350  1e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.832582  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0042  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  55.48 
 
 		 309 aa  350  2e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4925  dihydrodipicolinate synthetase  59.41 
 
 		 308 aa  350  2e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00330502 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4923  dihydrodipicolinate synthetase  56.49 
 
 		 309 aa  350  3e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.504721 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5478  dihydrodipicolinate synthetase  55.84 
 
 		 309 aa  347  1e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0261225 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6404  dihydrodipicolinate synthetase  59.27 
 
 		 311 aa  345  4e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6235  dihydrodipicolinate synthetase  59.27 
 
 		 311 aa  345  4e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.366894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6637  dihydrodipicolinate synthetase  59.27 
 
 		 311 aa  345  4e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.207106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5216  dihydrodipicolinate synthetase  56.45 
 
 		 309 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5643  dihydrodipicolinate synthetase  56.45 
 
 		 309 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000370921  normal  0.101795 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4586  dihydrodipicolinate synthetase  56.45 
 
 		 309 aa  338  7e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115595 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3057  dihydrodipicolinate synthetase  57.89 
 
 		 305 aa  334  1e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3210  dihydrodipicolinate synthetase  57.89 
 
 		 305 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5070  dihydrodipicolinate synthetase  57.57 
 
 		 305 aa  328  8e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.903203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5056  dihydrodipicolinate synthetase  56.25 
 
 		 305 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.309505  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5804  dihydrodipicolinate synthetase  56.25 
 
 		 305 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.118412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4375  dihydrodipicolinate synthetase  55.92 
 
 		 305 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3779  dihydrodipicolinate synthetase  34.15 
 
 		 295 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0609  dihydrodipicolinate synthetase  27.21 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.224973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2635  dihydrodipicolinate synthase  32.67 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2592  dihydrodipicolinate synthase  32.67 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2861  dihydrodipicolinate synthase  32.28 
 
 		 298 aa  119  7e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.224352  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2641  dihydrodipicolinate synthase  32.27 
 
 		 298 aa  119  7e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.267093  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2838  dihydrodipicolinate synthase  32.27 
 
 		 298 aa  119  7e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000864796 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2832  dihydrodipicolinate synthase  32.27 
 
 		 298 aa  119  7e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.152609  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2883  dihydrodipicolinate synthase  32.67 
 
 		 298 aa  119  7e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.399498  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2557  dihydrodipicolinate synthase  31.87 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1636  dihydrodipicolinate synthetase  33.68 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3957  dihydrodipicolinate synthetase  32.01 
 
 		 310 aa  116  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.654055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2449  dihydrodipicolinate synthase  31.08 
 
 		 298 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2844  dihydrodipicolinate synthase  30.68 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0557185  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1536  dihydrodipicolinate synthetase  33.45 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.619521 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3424  dihydrodipicolinate synthetase  33.21 
 
 		 308 aa  113  5e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3300  dihydrodipicolinate synthetase  32.65 
 
 		 312 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3658  dihydrodipicolinate synthetase  30.58 
 
 		 310 aa  106  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1658  dihydrodipicolinate synthase  30.24 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2042  dihydrodipicolinate synthetase  31.63 
 
 		 307 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.632197 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4304  putative dihydrodipicolinate synthetase  30 
 
 		 297 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.172011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0707  dihydrodipicolinate synthetase  29.76 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.231 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5002  putative dihydrodipicolinate synthetase  32.11 
 
 		 317 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.265912 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3139  dihydrodipicolinate synthetase  31.91 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3101  dihydrodipicolinate synthetase  30.94 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6523  dihydrodipicolinate synthetase  29.93 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107378 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2714  dihydrodipicolinate synthetase  26.76 
 
 		 304 aa  100  4e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3456  putative dihydrodipicolinate synthase  30.58 
 
 		 308 aa  99.8  6e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3112  dihydrodipicolinate synthetase  32.41 
 
 		 317 aa  99.8  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114447  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3586  dihydrodipicolinate synthase  32.26 
 
 		 297 aa  99  8e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1929  dihydrodipicolinate synthase  30.9 
 
 		 296 aa  99  8e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1170  dihydrodipicolinate synthase  29.55 
 
 		 290 aa  98.6  1e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000026647  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0464  dihydrodipicolinate synthase  28.57 
 
 		 294 aa  97.4  2e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.145976  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2353  dihydrodipicolinate synthetase  32.41 
 
 		 317 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0317457  normal  0.302248 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2036  dihydrodipicolinate synthetase  31.8 
 
 		 295 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1307  dihydrodipicolinate synthetase  31.62 
 
 		 293 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3706  dihydrodipicolinate synthetase  31.45 
 
 		 295 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6033  dihydrodipicolinate synthetase  32.86 
 
 		 306 aa  95.9  9e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2468  dihydrodipicolinate synthetase  30.6 
 
 		 308 aa  95.9  9e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0451761  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02730  putative dihydrodipicolinate synthetase  30.47 
 
 		 293 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0690835 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2062  dihydrodipicolinate synthase  28.52 
 
 		 291 aa  92.8  6e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1568  dihydrodipicolinate synthetase  31.1 
 
 		 295 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2822  dihydrodipicolinate synthetase  28.72 
 
 		 304 aa  92.8  7e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0197523  normal  0.589984 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1528  dihydrodipicolinate synthetase  30.88 
 
 		 311 aa  92  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3603  dihydrodipicolinate synthetase  29.9 
 
 		 317 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3043  dihydrodipicolinate synthase  28.15 
 
 		 290 aa  91.3  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.366614  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1531  dihydrodipicolinate synthetase family protein  26.98 
 
 		 304 aa  89.7  6e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00114549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0309  putative dihydrodipicolinate synthetase  28.52 
 
 		 293 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.922253  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2942  dihydrodipicolinate synthetase  29.93 
 
 		 308 aa  89.7  6e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.340616  normal  0.0534802 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0647  dihydrodipicolinate synthase  25.5 
 
 		 292 aa  89.4  7e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.443428  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0494  dihydrodipicolinate synthetase  27.69 
 
 		 305 aa  89  9e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.78772  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2362  dihydrodipicolinate synthase  28.37 
 
 		 304 aa  89  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000117821  normal  0.484255 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3063  dihydrodipicolinate synthase  28.09 
 
 		 290 aa  88.6  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0542018  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1762  dihydrodipicolinate synthase  27.11 
 
 		 304 aa  88.6  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000163874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3191  dihydrodipicolinate synthase  29.67 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.393919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3515  dihydrodipicolinate synthase  29.67 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.142026 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3387  dihydrodipicolinate synthase  29.33 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3593  dihydrodipicolinate synthetase  29.82 
 
 		 320 aa  87  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2262  dihydrodipicolinate synthase  30.53 
 
 		 296 aa  86.3  7e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0234  dihydrodipicolinate synthase  27.33 
 
 		 290 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2860  hypothetical protein  27.46 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1484  dihydrodipicolinate synthase  28.32 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.853225  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0921  dihydrodipicolinate synthase  28.57 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>