More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1026 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1026  dihydrodipicolinate synthetase  100 
 
 		 309 aa  635    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0453  dihydrodipicolinate synthetase  97.41 
 
 		 309 aa  620  1e-177  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2837  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  85.48 
 
 		 305 aa  524  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.719911  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1052  dihydrodipicolinate synthetase  81.73 
 
 		 305 aa  525  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2707  dihydrodipicolinate synthetase  82.12 
 
 		 316 aa  518  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.220655 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2596  dihydrodipicolinate synthetase  80.13 
 
 		 313 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.354189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3006  dihydrodipicolinate synthetase  79.47 
 
 		 313 aa  501  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6711  dihydrodipicolinate synthetase  77.23 
 
 		 309 aa  497  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1630  dihydrodipicolinate synthase, putative  78.81 
 
 		 309 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0633747  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3204  dihydrodipicolinate synthetase  78.15 
 
 		 309 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.678825  normal  0.148766 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2247  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  77.81 
 
 		 312 aa  490  1e-137  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.11858  hitchhiker  0.00000394789 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5478  dihydrodipicolinate synthetase  77.15 
 
 		 309 aa  486  1e-136  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0261225 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0042  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  76.82 
 
 		 309 aa  486  1e-136  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4923  dihydrodipicolinate synthetase  77.67 
 
 		 309 aa  485  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.504721 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4586  dihydrodipicolinate synthetase  77.15 
 
 		 309 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115595 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5216  dihydrodipicolinate synthetase  77.48 
 
 		 309 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5643  dihydrodipicolinate synthetase  77.48 
 
 		 309 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000370921  normal  0.101795 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4983  dihydrodipicolinate synthetase  72.49 
 
 		 309 aa  464  9.999999999999999e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1021  dihydrodipicolinate synthetase  71.29 
 
 		 310 aa  449  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4575  dihydrodipicolinate synthetase  73.6 
 
 		 310 aa  451  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3057  dihydrodipicolinate synthetase  72.37 
 
 		 305 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5056  dihydrodipicolinate synthetase  72.37 
 
 		 305 aa  442  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.309505  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4375  dihydrodipicolinate synthetase  72.37 
 
 		 305 aa  441  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5804  dihydrodipicolinate synthetase  72.37 
 
 		 305 aa  442  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.118412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3210  dihydrodipicolinate synthetase  71.05 
 
 		 305 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5070  dihydrodipicolinate synthetase  71.38 
 
 		 305 aa  437  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.903203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4925  dihydrodipicolinate synthetase  72.13 
 
 		 308 aa  422  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00330502 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2738  dihydrodipicolinate synthetase  71.76 
 
 		 309 aa  418  1e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0200643  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2133  dihydrodipicolinate synthase  70.1 
 
 		 309 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3080  dihydrodipicolinate synthetase  69.35 
 
 		 310 aa  414  9.999999999999999e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.151038 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6404  dihydrodipicolinate synthetase  68.87 
 
 		 311 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6235  dihydrodipicolinate synthetase  68.87 
 
 		 311 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.366894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6637  dihydrodipicolinate synthetase  68.87 
 
 		 311 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.207106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3398  dihydrodipicolinate synthetase  68.21 
 
 		 311 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.832582  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3971  dihydrodipicolinate synthetase  57.89 
 
 		 309 aa  350  1e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4666  dihydrodipicolinate synthetase  57.24 
 
 		 310 aa  350  2e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.966084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2446  putative dihydrodipicolinate synthetase  54.82 
 
 		 303 aa  319  3e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.314144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3779  dihydrodipicolinate synthetase  32.73 
 
 		 295 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1636  dihydrodipicolinate synthetase  32.86 
 
 		 311 aa  126  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2042  dihydrodipicolinate synthetase  32.63 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.632197 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3424  dihydrodipicolinate synthetase  32.87 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3101  dihydrodipicolinate synthetase  32.16 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3957  dihydrodipicolinate synthetase  31.65 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.654055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3456  putative dihydrodipicolinate synthase  31.8 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3300  dihydrodipicolinate synthetase  32.21 
 
 		 312 aa  113  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2468  dihydrodipicolinate synthetase  31.33 
 
 		 308 aa  113  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0451761  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0921  dihydrodipicolinate synthase  32.59 
 
 		 295 aa  112  8.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0609  dihydrodipicolinate synthetase  28 
 
 		 317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.224973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3658  dihydrodipicolinate synthetase  30.6 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3139  dihydrodipicolinate synthetase  32.4 
 
 		 308 aa  109  6e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2861  dihydrodipicolinate synthase  29.13 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.224352  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4304  putative dihydrodipicolinate synthetase  31.55 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.172011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2635  dihydrodipicolinate synthase  28.92 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0707  dihydrodipicolinate synthetase  30.07 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.231 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2592  dihydrodipicolinate synthase  29.15 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2036  dihydrodipicolinate synthetase  32.38 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2641  dihydrodipicolinate synthase  28.74 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.267093  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1568  dihydrodipicolinate synthetase  32.03 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2832  dihydrodipicolinate synthase  28.74 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.152609  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2838  dihydrodipicolinate synthase  28.74 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000864796 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2557  dihydrodipicolinate synthase  28.51 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1658  dihydrodipicolinate synthase  29.83 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5604  dihydrodipicolinate synthase  27.3 
 
 		 298 aa  99.4  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3706  dihydrodipicolinate synthetase  32.38 
 
 		 295 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0883  dihydrodipicolinate synthetase  30.36 
 
 		 294 aa  99  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2883  dihydrodipicolinate synthase  28.51 
 
 		 298 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.399498  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2714  dihydrodipicolinate synthetase  28.1 
 
 		 304 aa  98.6  1e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02730  putative dihydrodipicolinate synthetase  29.18 
 
 		 293 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0690835 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0309  putative dihydrodipicolinate synthetase  29.54 
 
 		 293 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.922253  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3112  dihydrodipicolinate synthetase  30.56 
 
 		 317 aa  97.4  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114447  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2449  dihydrodipicolinate synthase  27.31 
 
 		 298 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0722  dihydrodipicolinate synthase  31.15 
 
 		 298 aa  96.7  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2844  dihydrodipicolinate synthase  27.31 
 
 		 298 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0557185  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3063  dihydrodipicolinate synthase  29.55 
 
 		 290 aa  96.7  5e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0542018  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7578  dihydrodipicolinate synthetase  29.76 
 
 		 309 aa  96.7  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5002  putative dihydrodipicolinate synthetase  30 
 
 		 317 aa  96.7  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.265912 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1307  dihydrodipicolinate synthetase  29.89 
 
 		 293 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2062  dihydrodipicolinate synthase  24.7 
 
 		 291 aa  95.1  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1528  dihydrodipicolinate synthetase  28.42 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1531  dihydrodipicolinate synthetase family protein  30.52 
 
 		 304 aa  93.6  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00114549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3603  dihydrodipicolinate synthetase  28.22 
 
 		 317 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0234  dihydrodipicolinate synthase  29.48 
 
 		 290 aa  92.8  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2353  dihydrodipicolinate synthetase  29.51 
 
 		 317 aa  92.8  6e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0317457  normal  0.302248 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6523  dihydrodipicolinate synthetase  26.4 
 
 		 303 aa  92.8  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107378 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3043  dihydrodipicolinate synthase  27.84 
 
 		 290 aa  92.4  8e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.366614  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1068  dihydrodipicolinate synthase  29.51 
 
 		 292 aa  91.7  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.126267  normal  0.042063 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4054  dihydrodipicolinate synthase  29.79 
 
 		 290 aa  90.9  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0494  dihydrodipicolinate synthetase  28.46 
 
 		 305 aa  90.9  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.78772  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25250  dihydrodipicolinate synthase  27.18 
 
 		 341 aa  90.5  3e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4144  dihydrodipicolinate synthase  29.79 
 
 		 290 aa  90.9  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0946  dihydrodipicolinate synthase  27.94 
 
 		 294 aa  90.5  3e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1415  dihydrodipicolinate synthase  28.63 
 
 		 294 aa  90.1  4e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3385  dihydrodipicolinate synthetase  28.15 
 
 		 317 aa  90.5  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.341407  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3337  dihydrodipicolinate synthetase  30.27 
 
 		 302 aa  89.7  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.426658  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0803  dihydrodipicolinate synthase, putative  28.37 
 
 		 298 aa  90.1  5e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3586  dihydrodipicolinate synthase  28.8 
 
 		 297 aa  89.4  6e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1271  dihydrodipicolinate synthase  33.54 
 
 		 294 aa  89.7  6e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000148368  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3705  dihydrodipicolinate synthetase  26.86 
 
 		 305 aa  89.7  6e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0168037  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0956  putative dihydrodipicolinate synthase  29.07 
 
 		 298 aa  89.4  7e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1160  DapA_1  29.07 
 
 		 298 aa  89.4  7e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>