More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2353 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2353  dihydrodipicolinate synthetase  100 
 
 		 317 aa  645    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0317457  normal  0.302248 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3112  dihydrodipicolinate synthetase  93.38 
 
 		 317 aa  610  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114447  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3603  dihydrodipicolinate synthetase  88.33 
 
 		 317 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5002  putative dihydrodipicolinate synthetase  79.18 
 
 		 317 aa  526  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.265912 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3385  dihydrodipicolinate synthetase  80.76 
 
 		 317 aa  507  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.341407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3300  dihydrodipicolinate synthetase  72.96 
 
 		 312 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2468  dihydrodipicolinate synthetase  72.31 
 
 		 308 aa  452  1.0000000000000001e-126  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0451761  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7578  dihydrodipicolinate synthetase  71.52 
 
 		 309 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3139  dihydrodipicolinate synthetase  71.52 
 
 		 308 aa  442  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1528  dihydrodipicolinate synthetase  69.68 
 
 		 311 aa  437  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3658  dihydrodipicolinate synthetase  57.81 
 
 		 310 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3957  dihydrodipicolinate synthetase  57.48 
 
 		 310 aa  335  7.999999999999999e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.654055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1636  dihydrodipicolinate synthetase  50.5 
 
 		 311 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1485  dihydrodipicolinate synthetase  52.05 
 
 		 302 aa  290  2e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.177737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3424  dihydrodipicolinate synthetase  49.83 
 
 		 308 aa  283  3.0000000000000004e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3101  dihydrodipicolinate synthetase  47.83 
 
 		 308 aa  278  9e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2042  dihydrodipicolinate synthetase  48.63 
 
 		 307 aa  277  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.632197 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3456  putative dihydrodipicolinate synthase  47.49 
 
 		 308 aa  277  2e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3779  dihydrodipicolinate synthetase  40.75 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6033  dihydrodipicolinate synthetase  31.13 
 
 		 306 aa  123  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2247  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  32.05 
 
 		 312 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.11858  hitchhiker  0.00000394789 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2707  dihydrodipicolinate synthetase  30.49 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.220655 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3308  dihydrodipicolinate synthetase  31.92 
 
 		 324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3204  dihydrodipicolinate synthetase  29.7 
 
 		 309 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.678825  normal  0.148766 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1630  dihydrodipicolinate synthase, putative  30.69 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0633747  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6711  dihydrodipicolinate synthetase  29.97 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4923  dihydrodipicolinate synthetase  30.03 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.504721 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2596  dihydrodipicolinate synthetase  30.74 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.354189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0707  dihydrodipicolinate synthetase  28.24 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.231 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3006  dihydrodipicolinate synthetase  30.39 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5478  dihydrodipicolinate synthetase  29.37 
 
 		 309 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0261225 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1052  dihydrodipicolinate synthetase  30.18 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4983  dihydrodipicolinate synthetase  29.24 
 
 		 309 aa  100  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0453  dihydrodipicolinate synthetase  30.21 
 
 		 309 aa  98.6  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0042  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  29.37 
 
 		 309 aa  96.7  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1026  dihydrodipicolinate synthetase  30.21 
 
 		 309 aa  96.7  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4575  dihydrodipicolinate synthetase  30.2 
 
 		 310 aa  93.6  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1078  dihydrodipicolinate synthetase  29.62 
 
 		 325 aa  93.6  4e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4666  dihydrodipicolinate synthetase  31.72 
 
 		 310 aa  92.4  8e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.966084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1021  dihydrodipicolinate synthetase  29.97 
 
 		 310 aa  90.9  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2837  2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase  30.56 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.719911  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6235  dihydrodipicolinate synthetase  30.3 
 
 		 311 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.366894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6404  dihydrodipicolinate synthetase  30.3 
 
 		 311 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6637  dihydrodipicolinate synthetase  30.3 
 
 		 311 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.207106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5216  dihydrodipicolinate synthetase  30.36 
 
 		 309 aa  86.3  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5643  dihydrodipicolinate synthetase  30.36 
 
 		 309 aa  86.3  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000370921  normal  0.101795 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3398  dihydrodipicolinate synthetase  30.39 
 
 		 311 aa  85.9  8e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.832582  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4586  dihydrodipicolinate synthetase  30.03 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115595 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3971  dihydrodipicolinate synthetase  29.68 
 
 		 309 aa  84.3  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3940  dihydrodipicolinate synthetase  28.62 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4925  dihydrodipicolinate synthetase  31.25 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00330502 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3080  dihydrodipicolinate synthetase  31.18 
 
 		 310 aa  82  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.151038 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4731  dihydrodipicolinate synthase  30.77 
 
 		 287 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0522382  normal  0.189111 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3593  dihydrodipicolinate synthetase  26.62 
 
 		 320 aa  80.5  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0609  dihydrodipicolinate synthetase  26.55 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.224973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1685  dihydrodipicolinate synthetase  26.87 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.805786  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1613  dihydrodipicolinate synthase  27.3 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.390661 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5442  dihydrodipicolinate synthase  30.33 
 
 		 298 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2133  dihydrodipicolinate synthase  30.11 
 
 		 309 aa  78.6  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2738  dihydrodipicolinate synthetase  29.74 
 
 		 309 aa  77.8  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0200643  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3210  dihydrodipicolinate synthetase  29.62 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4375  dihydrodipicolinate synthetase  29.27 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4615  dihydrodipicolinate synthase  30 
 
 		 298 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.330125  hitchhiker  0.00385635 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0921  dihydrodipicolinate synthase  28.78 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0803  dihydrodipicolinate synthase, putative  29.77 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5070  dihydrodipicolinate synthetase  29.27 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.903203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3057  dihydrodipicolinate synthetase  29.27 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2960  dihydrodipicolinate synthase  29.8 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5056  dihydrodipicolinate synthetase  29.27 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.309505  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5246  dihydrodipicolinate synthase  29.14 
 
 		 298 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4892  dihydrodipicolinate synthase  30 
 
 		 298 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0566089 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5613  dihydrodipicolinate synthase  29.14 
 
 		 298 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292937  normal  0.171207 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5804  dihydrodipicolinate synthetase  29.27 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.118412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2258  dihydrodipicolinate synthase  28.63 
 
 		 294 aa  74.3  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.269277  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4271  dihydrodipicolinate synthetase  27.8 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2942  dihydrodipicolinate synthetase  26.63 
 
 		 308 aa  73.6  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.340616  normal  0.0534802 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0410  dihydrodipicolinate synthase  32.3 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.315899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1734  dihydrodipicolinate synthase  26.3 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2524  dihydrodipicolinate synthase subfamily protein  26.83 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0078  dihydrodipicolinate synthase  28.81 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00671629  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0494  dihydrodipicolinate synthetase  28.57 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.78772  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0722  dihydrodipicolinate synthase  28.69 
 
 		 298 aa  71.6  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1738  dihydrodipicolinate synthase  26.26 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4933  dihydrodipicolinate synthetase  28.97 
 
 		 307 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3227  dihydrodipicolinate synthetase  28.97 
 
 		 307 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.535768 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4304  putative dihydrodipicolinate synthetase  28.19 
 
 		 297 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.172011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01439  dihydrodipicolinate synthetase  26.56 
 
 		 302 aa  70.1  0.00000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2503  dihydrodipicolinate synthetase  26.32 
 
 		 304 aa  69.7  0.00000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.143344  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0325  dihydrodipicolinate synthetase  30.73 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.210252  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28170  dihydrodipicolinate synthase  27.95 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00641704  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002793  dihydrodipicolinate synthase  25 
 
 		 292 aa  69.3  0.00000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6005  dihydrodipicolinate synthase family protein  27.52 
 
 		 297 aa  69.7  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0744833 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2446  putative dihydrodipicolinate synthetase  28.76 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.314144  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3702  dihydrodipicolinate synthetase  23.69 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1237  dihydrodipicolinate synthase  25 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.885534 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1267  dihydrodipicolinate synthase  25 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.425377 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5604  dihydrodipicolinate synthase  28.69 
 
 		 298 aa  68.9  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6740  dihydrodipicolinate synthetase  28.24 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6264  dihydrodipicolinate synthetase  28.24 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0032  dihydrodipicolinate synthase  24.15 
 
 		 293 aa  67.8  0.0000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>