More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp0860 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp0860  type III secretion system protein  100 
 
 		 217 aa  436  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0263491  normal  0.0101048 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03406  type III secretion system protein  72.35 
 
 		 214 aa  320  9.000000000000001e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.257955  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5861  type III secretion system protein  66.2 
 
 		 218 aa  293  1e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5644  type III secretion system protein  66.2 
 
 		 218 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.552133  normal  0.103427 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0449  type III secretion system protein  69.7 
 
 		 220 aa  289  2e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.181811 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1908  type III secretion system protein  64.68 
 
 		 216 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0430  type III secretion system protein  64.68 
 
 		 216 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.146015  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2000  type III secretion system protein  64.68 
 
 		 216 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.928178  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5928  type III secretion system protein  62.15 
 
 		 216 aa  269  2e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.128981 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2278  type III secretion system protein  62.26 
 
 		 216 aa  266  1e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1628  type III secretion system protein  61.79 
 
 		 216 aa  265  4e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.735287  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0676  type III secretion system protein  61.79 
 
 		 216 aa  265  4e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115979  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2195  type III secretion system protein  61.79 
 
 		 216 aa  265  4e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.406886  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0637  type III secretion system protein  61.79 
 
 		 216 aa  265  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1957  type III secretion system protein  61.79 
 
 		 216 aa  265  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0754  type III secretion system protein  61.32 
 
 		 216 aa  265  5e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0818991  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5444  type III secretion system protein  55.4 
 
 		 224 aa  252  3e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.176859  normal  0.0389725 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3754  type III secretion system protein  56.34 
 
 		 224 aa  252  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219188 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4737  type III secretion system protein  55.4 
 
 		 224 aa  252  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14844  normal  0.748231 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3526  type III secretion system protein  55.4 
 
 		 224 aa  252  3e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.586711  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4215  type III secretion system protein  55.4 
 
 		 224 aa  252  3e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4840  type III secretion system protein  55.4 
 
 		 224 aa  252  3e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00372455  decreased coverage  0.00110114 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0045  type III secretion system protein  52.06 
 
 		 217 aa  212  3.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01726  type III secretion system protein  50 
 
 		 216 aa  212  3.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003362  yop virulence translocation protein R  50.24 
 
 		 216 aa  211  7.999999999999999e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42620  type III secretion system protein  49.75 
 
 		 217 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2984  type III secretion system protein  47.8 
 
 		 216 aa  197  7.999999999999999e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2439  type III secretion system protein  46.53 
 
 		 216 aa  195  5.000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3902  type III secretion system protein  41.15 
 
 		 236 aa  176  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.161031  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3814  type III secretion system protein  41.15 
 
 		 216 aa  176  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3929  type III secretion system protein  41.15 
 
 		 216 aa  176  3e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1974  type III secretion system protein  40.19 
 
 		 216 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2278  type III secretion system protein  40.19 
 
 		 216 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0242447  normal  0.65037 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0110  type III secretion system protein  40.87 
 
 		 220 aa  170  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.23338  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1530  type III secretion system protein  39.3 
 
 		 215 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1754  type III secretion system protein  39.3 
 
 		 215 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000230874  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1515  type III secretion system protein  39.3 
 
 		 215 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0538219  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1924  type III secretion system protein  39.3 
 
 		 215 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0299336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1552  type III secretion system protein  39.3 
 
 		 215 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0851  type III secretion system protein  40.65 
 
 		 311 aa  164  8e-40  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5075  type III secretion system protein  41.75 
 
 		 217 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.016098 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0745  type III secretion system protein  44.5 
 
 		 223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0296702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0187  surface presentation of antigens protein SpaP  41.15 
 
 		 216 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3122  type III secretion system protein  41.79 
 
 		 211 aa  161  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000952785  hitchhiker  0.00231518 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1395  type III secretion protein HrcR  43.63 
 
 		 200 aa  159  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1536  surface presentation of antigens protein SpaP  37.34 
 
 		 226 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.324595  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0577  surface presentation of antigens protein SpaP  37.34 
 
 		 226 aa  155  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.24233  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2068  surface presentation of antigens protein SpaP  37.34 
 
 		 226 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.365685  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2167  surface presentation of antigens protein SpaP  37.34 
 
 		 226 aa  155  4e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.513654  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0748  surface presentation of antigens protein SpaP  37.34 
 
 		 226 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1666  flagellar biosynthesis protein FliP  42.11 
 
 		 287 aa  155  4e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.226123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2079  surface presentation of antigens protein SpaP  37.34 
 
 		 226 aa  155  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.183628  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1208  type III secretion system protein  42.57 
 
 		 217 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.338753  normal  0.475096 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0836  surface presentation of antigens protein SpaP  37.13 
 
 		 230 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.108898  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2331  flagellar biosynthesis protein FliP  42.58 
 
 		 293 aa  153  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0230003  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2011  flagellar biosynthetic protein FliP  42.72 
 
 		 276 aa  153  2e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2157  flagellar biosynthetic protein FliP  37.32 
 
 		 252 aa  152  4e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.112947  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2402  flagellar biosynthesis protein FliP  37.2 
 
 		 274 aa  150  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2302  flagellar biosynthesis protein FliP  37.2 
 
 		 274 aa  150  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0498  flagellar biosynthetic protein FliP  39.42 
 
 		 253 aa  150  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0698555 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2396  flagellar biosynthesis protein FliP  37.04 
 
 		 257 aa  150  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02877  flagellar biosynthesis protein FliP  38.92 
 
 		 251 aa  149  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4141  surface presentation of antigens protein SpaP  38.14 
 
 		 221 aa  149  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118649 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0427  flagellar biosynthetic protein FliP  38.94 
 
 		 253 aa  149  5e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.248006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0461  flagellar biosynthetic protein FliP  38.94 
 
 		 253 aa  148  5e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.120712 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5212  type III secretion system protein  38.94 
 
 		 215 aa  148  7e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.233197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0846  surface presentation of antigens protein SpaP  38.14 
 
 		 221 aa  147  8e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3184  surface presentation of antigens protein SpaP  37.74 
 
 		 221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4178  flagellar biosynthetic protein FliP  37.2 
 
 		 253 aa  147  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0046  type III secretion system protein  40.59 
 
 		 217 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5881  flagellar biosynthesis protein FliP  37.14 
 
 		 265 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.220237  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1550  flagellar biosynthetic protein FliP  36.19 
 
 		 254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0560  flagellar biosynthesis protein FliP  39.51 
 
 		 260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.39215  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2957  flagellar biosynthesis protein FliP  36.71 
 
 		 274 aa  146  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1610  flagellar biosynthesis protein FliP  38.58 
 
 		 253 aa  145  3e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.799171  normal  0.16765 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3018  surface presentation of antigens protein SpaP  38.14 
 
 		 221 aa  145  3e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000294299  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0962  flagellar biosynthetic protein FliP  40.67 
 
 		 277 aa  145  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1753  flagellar biosynthetic protein FliP  37.04 
 
 		 260 aa  145  5e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1026  flagellar biosynthesis protein FliP  40.59 
 
 		 262 aa  145  5e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0089  flagellar biosynthesis protein FliP  40.19 
 
 		 242 aa  145  5e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1984  flagellar biosynthesis protein FliP  36.54 
 
 		 253 aa  145  6e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.440089  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0786  flagellar biosynthesis protein FliP  41.15 
 
 		 317 aa  144  7.0000000000000006e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000685779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002825  flagellar biosynthesis protein FliP  38.16 
 
 		 289 aa  145  7.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3984  flagellar biosynthesis protein FliP  39.25 
 
 		 244 aa  144  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0837  flagellar biosynthesis protein FliP  35.81 
 
 		 244 aa  144  8.000000000000001e-34  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0907  flagellar biosynthesis protein FliP  35.81 
 
 		 244 aa  144  9e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.275306  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0066  flagellar biosynthetic protein FliP  37.62 
 
 		 213 aa  144  9e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1017  flagellar biosynthesis protein FliP  37.69 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.830482  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2212  type III secretion system protein  40.1 
 
 		 217 aa  144  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0038  flagellar biosynthesis protein FliP  39.02 
 
 		 253 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.853389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0029  flagellar biosynthesis protein FliP  39.42 
 
 		 253 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1140  flagellar biosynthesis protein FliP  36.19 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00639751  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5540  flagellar biosynthetic protein FliP  37.98 
 
 		 251 aa  143  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.237366  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4757  flagellar biosynthesis protein FliP  37.68 
 
 		 249 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.149763  normal  0.910166 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0648  flagellar biosynthesis protein FliP  38.12 
 
 		 261 aa  143  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2142  flagellar biosynthesis protein FliP  36.19 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.666891  hitchhiker  0.00210963 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1965  flagellar biosynthesis protein FliP  39.58 
 
 		 249 aa  143  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1263  flagellar biosynthesis protein FliP  36.19 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.708489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2195  flagellar biosynthesis protein FliP  36.19 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.901091 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0857  flagellar biosynthesis protein FliP  38.28 
 
 		 318 aa  143  2e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.147749  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>