More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2085 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2085  amidase  100 
 
 		 399 aa  793    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.769638  normal  0.071068 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1184  amidase  44.85 
 
 		 392 aa  325  8.000000000000001e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.190673  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4057  amidase  51.97 
 
 		 393 aa  324  2e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2055  amidase  42.18 
 
 		 405 aa  298  9e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.478498  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1937  amidase  48.24 
 
 		 396 aa  297  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0207293  normal  0.545552 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0848  amidase  46.45 
 
 		 393 aa  293  4e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0385  amidase  46.8 
 
 		 394 aa  293  5e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4553  amidase  45.23 
 
 		 400 aa  291  1e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.908293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1059  amidase  44.92 
 
 		 405 aa  291  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178849  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0862  Amidase  43.17 
 
 		 391 aa  276  4e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.272163  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4246  amidase  42.96 
 
 		 395 aa  275  8e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5251  Amidase  43.73 
 
 		 399 aa  271  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0091  amidase  45.53 
 
 		 401 aa  267  2e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0909463  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0099  amidase  44.22 
 
 		 401 aa  266  4e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0451  amidase  41.91 
 
 		 411 aa  264  2e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2714  amidase  43.8 
 
 		 395 aa  264  2e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0243  amidase  45 
 
 		 389 aa  259  6e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_17396  predicted protein  41.13 
 
 		 576 aa  257  2e-67  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.281146 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02494  amidase  38.81 
 
 		 423 aa  251  1e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.245723  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2426  amidase  36.36 
 
 		 398 aa  243  6e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.771538  normal  0.022495 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2081  Amidase  40.11 
 
 		 546 aa  232  7.000000000000001e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2780  Amidase  48.53 
 
 		 579 aa  232  1e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.222213  hitchhiker  0.0000220235 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17220  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  43.63 
 
 		 535 aa  227  2e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5699  Amidase  36.09 
 
 		 386 aa  219  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0950  amidase family protein  40 
 
 		 341 aa  217  4e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.926535  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1572  hypothetical protein  40.63 
 
 		 408 aa  217  4e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0527847  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6652  Amidase  37.67 
 
 		 378 aa  208  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.585485  normal  0.0361109 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3155  amidase  42.01 
 
 		 364 aa  199  6e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0626619 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2939  amidase  32.14 
 
 		 411 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.331336 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1685  putative amidase  30.52 
 
 		 388 aa  172  6.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.308393  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3674  amidase  33.09 
 
 		 464 aa  171  2e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3581  amidase  33.99 
 
 		 422 aa  167  4e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.854746  normal  0.0626995 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4203  amidase  34.64 
 
 		 462 aa  166  8e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.742932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2696  amidase  35.11 
 
 		 457 aa  161  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0910993  normal  0.599715 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1927  amidase  34.13 
 
 		 440 aa  159  7e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.226635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3904  amidase  34.38 
 
 		 449 aa  157  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.793925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2690  amidase  34.13 
 
 		 449 aa  155  1e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0755  amidase  32.24 
 
 		 388 aa  155  1e-36  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0333525 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2851  amidase  36.46 
 
 		 413 aa  155  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.15292 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2155  amidohydrolase, AtzE family  32.74 
 
 		 457 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.83401 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0887  amidase  33.25 
 
 		 452 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.837099 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4752  amidase  36.6 
 
 		 457 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1444  amidase  33.86 
 
 		 456 aa  153  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.223813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1757  amidase  34.66 
 
 		 450 aa  150  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.906922  normal  0.0809775 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3448  Amidase  36.36 
 
 		 447 aa  149  6e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250735  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6340  amidase  32.16 
 
 		 440 aa  149  9e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1388  amidase  36.03 
 
 		 451 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2215  amidase  37.5 
 
 		 379 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.654592  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6070  Amidase  34.61 
 
 		 458 aa  147  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3586  amidase  33.42 
 
 		 449 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1988  amidase  33.86 
 
 		 469 aa  145  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.616818  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4367  Amidase  37.87 
 
 		 416 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2277  amidase  33.51 
 
 		 449 aa  144  3e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.399198  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0746  amidase  37.57 
 
 		 382 aa  143  5e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3744  amidase  36.72 
 
 		 427 aa  143  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1013  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.98 
 
 		 431 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.29966  normal  0.0361636 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4204  amidase family protein  34.01 
 
 		 442 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3028  amidase  34.8 
 
 		 467 aa  140  4.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6031  amidase  36.32 
 
 		 449 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0873  amidase  34.88 
 
 		 470 aa  140  4.999999999999999e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.753798  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5792  hypothetical protein  34.01 
 
 		 456 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0135813 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1824  Amidase  30.5 
 
 		 398 aa  139  7e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.92 
 
 		 486 aa  139  7.999999999999999e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1881  amidase  32.45 
 
 		 463 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.579436  normal  0.0809644 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0622  amidase  33.87 
 
 		 403 aa  139  8.999999999999999e-32  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3977  amidase  32.76 
 
 		 425 aa  138  1e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1335  Amidase  32.29 
 
 		 454 aa  138  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.844408  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1352  amidase  33.68 
 
 		 395 aa  137  2e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.177087 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1980  amidase  31.23 
 
 		 449 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0409762  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5886  hypothetical protein  33.25 
 
 		 459 aa  137  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.371043  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2598  amidase  34.02 
 
 		 441 aa  137  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1297  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.56 
 
 		 433 aa  137  4e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.911419 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  28.19 
 
 		 486 aa  136  5e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0589  amidase  34.64 
 
 		 448 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2771  amidase  34.35 
 
 		 453 aa  135  9e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.170685  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2686  amidase  34.38 
 
 		 437 aa  135  9e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3815  amidase  31.54 
 
 		 408 aa  135  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1052  amidase  37.08 
 
 		 369 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.459045 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2934  amidase  32.37 
 
 		 450 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.721101  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.19 
 
 		 486 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3938  hypothetical protein  34.93 
 
 		 457 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1688  amidase  32.38 
 
 		 449 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.481461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1592  amidase  32.8 
 
 		 401 aa  134  3e-30  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0849  amidase  34.83 
 
 		 457 aa  134  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.144103 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0883  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.33 
 
 		 475 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1333  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.16 
 
 		 479 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0362  amidase  29.09 
 
 		 423 aa  133  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0472212  normal  0.965873 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0220  amidohydrolase, AtzE family  35.96 
 
 		 454 aa  133  6.999999999999999e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0291032 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0928  amidase  33.08 
 
 		 466 aa  133  6.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4054  amidase  32.25 
 
 		 467 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.200253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0857  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.1 
 
 		 434 aa  132  7.999999999999999e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.856443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0772  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.68 
 
 		 433 aa  132  9e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.630554  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2797  amidase  33.59 
 
 		 443 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2100  putative Asp-tRNA Asn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  34.97 
 
 		 374 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.733872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04870  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  29.02 
 
 		 461 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0710  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.56 
 
 		 485 aa  132  2.0000000000000002e-29  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5032  amidase  37.63 
 
 		 446 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.593913 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0721  amidase  32.66 
 
 		 475 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  25.91 
 
 		 485 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1701  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.41 
 
 		 483 aa  130  3e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>