More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5886 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5886  hypothetical protein  100 
 
 		 459 aa  926    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.371043  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6695  hypothetical protein  61.71 
 
 		 456 aa  558  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.626739  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5792  hypothetical protein  61.73 
 
 		 456 aa  543  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0135813 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3413  hypothetical protein  63.19 
 
 		 453 aa  520  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4204  amidase family protein  45.32 
 
 		 442 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1444  amidase  43.59 
 
 		 456 aa  319  7e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.223813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3938  hypothetical protein  44.92 
 
 		 457 aa  317  4e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1881  amidase  42 
 
 		 463 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.579436  normal  0.0809644 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3904  amidase  43.15 
 
 		 449 aa  294  2e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.793925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2696  amidase  45.85 
 
 		 457 aa  291  2e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0910993  normal  0.599715 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1980  amidase  42.03 
 
 		 449 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0409762  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3586  amidase  44.53 
 
 		 449 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2093  hypothetical protein  44.16 
 
 		 477 aa  289  6e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598821 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1688  amidase  41.67 
 
 		 449 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.481461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2690  amidase  44.24 
 
 		 449 aa  283  4.0000000000000003e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3448  Amidase  41.06 
 
 		 447 aa  283  5.000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250735  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2277  amidase  43.75 
 
 		 449 aa  282  1e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.399198  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2771  amidase  46.42 
 
 		 453 aa  282  1e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.170685  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1757  amidase  45.08 
 
 		 450 aa  279  8e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.906922  normal  0.0809775 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0426  amidase  40.96 
 
 		 440 aa  278  1e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0849  amidase  47.31 
 
 		 457 aa  277  4e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.144103 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1388  amidase  41.95 
 
 		 451 aa  271  2e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2898  amidase  40.05 
 
 		 465 aa  270  4e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0193721  normal  0.48619 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2934  amidase  41.71 
 
 		 450 aa  269  7e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.721101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1927  amidase  45.6 
 
 		 440 aa  268  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.226635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1988  amidase  42.08 
 
 		 469 aa  266  8e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.616818  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0375  amidase  40.94 
 
 		 447 aa  261  2e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.72673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0511  amidase  45.05 
 
 		 452 aa  258  1e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.227764  normal  0.354822 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4752  amidase  40.36 
 
 		 457 aa  258  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6340  amidase  41.54 
 
 		 440 aa  258  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2027  Amidase  45.48 
 
 		 475 aa  256  8e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1873  amidase  40.44 
 
 		 450 aa  255  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.028734  normal  0.804563 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5708  Amidase  36.24 
 
 		 447 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.549734  normal  0.148975 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0498  amidase  45.31 
 
 		 453 aa  253  5.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0143  amidase  39.95 
 
 		 441 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0981668  normal  0.141638 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1493  amidase  39.95 
 
 		 436 aa  250  3e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0589  amidase  43.92 
 
 		 448 aa  249  8e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0886  amidase  44.84 
 
 		 458 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.744121  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1980  amidase  42.54 
 
 		 453 aa  248  2e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.078778 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3744  amidase  41.63 
 
 		 427 aa  246  6e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2373  amidase  44.84 
 
 		 458 aa  246  9e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.172114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0543  amidase  44.58 
 
 		 458 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.265653  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1022  amidase  44.58 
 
 		 458 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86906  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2686  amidase  39 
 
 		 437 aa  243  6e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2598  amidase  39.22 
 
 		 441 aa  243  7e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0898  amidase  44.84 
 
 		 458 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0058  amidase  41.16 
 
 		 443 aa  240  4e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.633251  normal  0.72229 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2851  amidase  40.25 
 
 		 413 aa  240  5e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.15292 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1615  amidase  45.09 
 
 		 476 aa  238  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1307  amidase  38.04 
 
 		 451 aa  237  3e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256465  normal  0.0218036 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0715  amidase  41.56 
 
 		 462 aa  233  5e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0457  amidase  44.42 
 
 		 458 aa  232  1e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4134  amidase  44.33 
 
 		 458 aa  232  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0975  amidase  44.42 
 
 		 458 aa  232  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2972  amidase  44.42 
 
 		 616 aa  232  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.943574  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2603  amidase  44.42 
 
 		 616 aa  232  1e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.385736  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0172  amidase  44.42 
 
 		 616 aa  232  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3019  amidase  44.42 
 
 		 472 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2912  amidase  44.42 
 
 		 472 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.593639  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0981  amidase  44.33 
 
 		 458 aa  229  5e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0651175 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2586  amidase  43.99 
 
 		 448 aa  228  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.182756  normal  0.110862 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0887  amidase  35.84 
 
 		 452 aa  227  4e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.837099 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2671  amidase  39.37 
 
 		 441 aa  226  7e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4452  amidase  39.28 
 
 		 446 aa  225  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3988  amidase  39.53 
 
 		 446 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43113 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1437  amidase  38.31 
 
 		 457 aa  223  6e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0362  amidase  37.28 
 
 		 423 aa  223  7e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0472212  normal  0.965873 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3039  amidase  43.97 
 
 		 459 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0144901 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1222  amidase  42.97 
 
 		 448 aa  220  3e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.819816  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0061  amidase  40.64 
 
 		 443 aa  221  3e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.222867  hitchhiker  0.0000105372 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1721  amidase  45.41 
 
 		 427 aa  216  9e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0870166  normal  0.409578 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0327  amidase  42.08 
 
 		 422 aa  216  9e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5041  amidase  42.52 
 
 		 435 aa  211  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0912342  hitchhiker  0.00372211 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0952  amidase  44.22 
 
 		 481 aa  212  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  34.48 
 
 		 470 aa  209  1e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1340  Amidase  34.77 
 
 		 470 aa  207  4e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0573  amidase  34.87 
 
 		 407 aa  206  1e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.403946  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4084  amidase  38.32 
 
 		 460 aa  192  7e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6070  Amidase  38.97 
 
 		 458 aa  191  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2797  amidase  35.97 
 
 		 443 aa  189  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2984  amidase  37.05 
 
 		 435 aa  186  7e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0901  amidase  35.36 
 
 		 463 aa  181  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.53132  normal  0.0184899 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4802  Amidase  36.55 
 
 		 468 aa  176  8e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.271791  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4618  amidase  35.2 
 
 		 473 aa  173  6.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0144003 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  35.54 
 
 		 463 aa  172  1e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3674  amidase  48.7 
 
 		 464 aa  170  4e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0458  Amidase  34.11 
 
 		 549 aa  170  5e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  35.97 
 
 		 463 aa  166  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7797  amidase  35 
 
 		 447 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986021  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3369  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.39 
 
 		 495 aa  162  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1651  allophanate hydrolase  34.14 
 
 		 601 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.426553  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1387  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  31.84 
 
 		 467 aa  162  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.593725  normal  0.886782 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4364  amidase  33.56 
 
 		 471 aa  160  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000480403  normal  0.468217 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2379  amidase  35.75 
 
 		 480 aa  160  5e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.732012  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6420  Amidase  29.09 
 
 		 466 aa  159  8e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0989  amidase  34.7 
 
 		 470 aa  157  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.71 
 
 		 485 aa  157  3e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  33.77 
 
 		 461 aa  156  6e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3585  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  36.3 
 
 		 488 aa  156  7e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.768958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1655  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.53 
 
 		 475 aa  156  7e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>